Twórcą pojęcia logosu był grecki filozof Heraklit (ok. 540-475 r. p.n.e.), który urodził się i działał w Efezie (miejscu powstania ewangelii Jana).

Był on czymś w rodzaju bohatera narodowego Efezu, a jego nauka o logosie była tam zawsze aktualna i wszechobecna. Heraklit uchodzi za jednego z twórców dialektyki. Podstawą jego filozofii jest pogląd, że świat znajduje się w stanie ustawicznego powstawania i zagłady, że wszystko płynie i ulega przeobrażeniu, że w walce przeciwieństw tkwi źródło rozwoju i postępu. Jeżeli jednak wszechświat urzeczywistnia się w ogniu walki i przeciwieństw, to nie znaczy, że rządzi nim chaos. Ten odwieczny bowiem proces dialektyczny posłuszny jest określonym regułom immanentnej prawidłowości, którą Heraklit nazwał logosem. Naucza on, że wszystko w kosmosie dzieje się zgodnie z logosem, że logos to inteligentna, wieczysta, suwerenna, bo niezależna od bogów, zasada wszechrzeczy, coś w rodzaju powszechnego rozumu.
Pojęcie logosu znajdujemy także u Platona i Arystotelesa, lecz w stanie raczej nie sprecyzowanym i nie rozwiniętym. Dopiero neoplatończycy nawiązują do koncepcji Heraklita, a stoicy przejęli jego ideę logosu, identyfikując go z panteistyczną duszą świata. Pojęcie logosu było więc w hellenizmie powszechnie znane. Modną naówczas hellenistyczną logozofią przejął się na pewno także autor czwartej ewangelii i posłużył się jej terminologią, by za jej pomocą dotrzeć do umysłów inteligencji greckiej i uczynić zrozumiałą dla niej ideę boskości Jezusa Chrystusa.
Jednakże identyfikacja Jezusa z logosem byłaby może nie przyszła Janowi do głowy, gdyby nie wpływ inny jeszcze, bardziej bezpośredni i swoisty. Chodzi tu o liczne prace naukowe Filona z Aleksandrii, jednego z największych myślicieli, jakiego wydał naród żydowski. Filon był wychowany w kulturze hellenistycznej, całe życie poświęcił studiom nad filozofią grecką, a rynsztunek intelektualny, który z tych studiów wyniósł, umiejętnie stosował w egzegezie Starego Testamentu. (...) Filon inspirował Jana także wtedy, gdy ten w prologu swej ewangelii przedstawił swoją koncepcję logosu. Wprawdzie pisaliśmy poprzednio, że do jej sformułowania skłoniła go modna w Efezie filozofia Heraklita (we wprowadzeniu do ewangelii Jana widać wyraźne wpływy Proemium filozofii przyrody Heraklita), jednakże bodźcem silniejszym, bardziej bezpośrednim był Filon z Aleksandrii, choćby z powodu popularności, jaką cieszył się w świecie intelektualnym Żydów i chrześcijan.
Filon pojmował Boga jako Stwórcę transcendentnego, nieskończenie oddalonego od widzialnego świata. Jest to jakaś niepojęta przez rozum ludzki potęga duchowa, bezosobowa i bezcielesna. Ponieważ wszelka materia jest złem, kontakt Najwyższego z życiem może się dokonać tylko za pomocą pośrednika, a tym pośrednikiem u Filona jest logos. Logos jest słowem Boga, emanacją jego ducha, narzędziem kształtowania i kierowania materialnym światem, jest rozumem i prawzorem wszechrzeczy, logos podobnie rządzi światem, jak dusza rządzi ciałem ludzkim.
Filon czasami personifikuje logos nazywając logos „Synem Bożym" lub ( „Pierworodnym synem Boga". Nadając logosowi charakter odrębnej osobowości, Filon stworzył niejako dogodny pomost, który pozwolił Janowi posunąć się dalej jeszcze w kierunku tego samego rozumowania. W czwartej ewangelii następuje już całkowita identyfikacja logosu z Jezusem Chrystusem jako inkarnacją Boga. To co u Filona ma znamiona oderwanej spekulacji czy, jak kto woli, przenośni filozoficznej, u Jana nabiera cech konkretnego, jednorazowego wydarzenia historycznego: logos wciela się w syna ubogiego cieśli z Nazaretu.
Jest jedna okoliczność, która zarówno Filonowi, jak i Janowi ułatwia asymilację idei logosu, mianowicie wspólne starodawne dziedzictwo judaistyczne. Trzeba bowiem wiedzieć, że koncepcja logosu, jakkolwiek przede wszystkim wywodząca się z filozofii greckiej, ma również swój odpowiednik w tradycji religijnej Żydów. Od czasów niewoli babilońskiej na wierzeniach ich wycisnęło głębokie piętno oddziaływanie religii perskiej (mazdaizmu), której podstawą był dualizm w pojmowaniu świata. Według tej wizji świat dzieli się na ducha i materię, a ponieważ materia jest grzeszna, Najwyższy Stwórca nie może z nią wchodzić w kontakt i w konsekwencji bezpośrednio kierować losami widzialnego świata, a zatem także człowieka. W tym celu wyręcza się pośrednikiem, a tym pośrednikiem, jak wyczytujemy z Biblii, jest „Mądrość", zwana także „Słowem Bożym" (po aramejsku „chochma" i „memra"). „Mądrość" w koncepcji biblijnej, będąc emanacją Stwórcy, jest jednocześnie osobowością samodzielną. Nie ulega wątpliwości, że ta daleko posunięta personifikacja dopomogła Janowi dodatkowo do asymilacji popularnej naówczas w świecie helleńskim idei logosu i przekształcenia jej dla potrzeb teologii chrześcijańskiej.
Nie wyczerpuje to jednak genezy idei logosu. Trzeba bowiem jeszcze wziąć pod uwagę niezmiernie doniosły fakt, że była ona niejako ideą epoki, że tkwiła głęboko w tradycji świadomości wszystkich ludów basenu śródziemnomorskiego, i to od setek lat. Chodzi tu o zespół mitów i koncepcji teozoficznych, określonych zbiorową nazwą gnostycyzmu. Słowo greckie „gnozis" znaczy „wiedza". W naszym przypadku „gnozis" znaczy jednak o wiele więcej, mianowicie mistyczną wiedzę o tajemnicy kosmosu, zdobytą przez człowieka dzięki objawieniu. Istnieje ogromne bogactwo mitów tworzących podstawę gnostycyzmu, zasadniczo jednak wszystkie łączy jedna i ta sama myśl przewodnia. Bóg jest gdzieś daleko w przestworzach, dusza ludzka na skutek grzechu pierworodnego została zamknięta w ciele. Chcąc ją wyzwolić z materialnej niewoli, Stwórca przysyła na Ziemię swego syna, który występuje pod rozmaitymi imionami.
Znakomitą definicję gnostycyzmu daje polski filozof, prof. Jan Legowicz, w swojej książce Filozofia okresu cesarstwa rzymskiego. Czytamy tam między innymi: "[Gnoza] Przyjmuje istnienie niezwykle złożonej hierarchii przejść, od bóstwa po materię, dokonujących się za pośrednictwem urealnianych sił bożych albo Eonów, pojmowanych również często jako idee, przez które bóstwo się obiektywizuje i z czego z kolei wyłania się świat, przyroda, poszczególne rzeczy i człowiek, aby następnie przez człowieka i Eony znowu wszystko powróciło do bóstwa. Teoria, która w tej gnozie zajmuje się zstępowaniem Eonów do Absolutu, będzie odpowiadała greckiej filozofii przyrody, teoria zaś, której przedmiotem będzie wstępowanie rzeczy do Absolutu, obejmuje przede wszystkim całą problematykę etyczną, rozumianą jako wyzwalanie się spod wpływu materii. W ten sposób wszechświat, świat, przyroda i człowiek zostaną pojęte jako zmieszanie dwóch elementów, boskiego i materialnego, pozostających w ciągłej wobec siebie opozycji, co postuluje wybawiciela, który wyzwoli dobro z przygniatającego je zła. Do wyzwolenia człowieka z tej sprzeczności potrzeba gnozy, objawienia i ascezy, przez co dusza zamknięta w materii mogłaby powrócić do swego pierwotnego dobra. Dlatego też inne będzie bóstwo-stworzyciel, a inne znowu bóstwo-zbawiciel, które wyzwala świat z zasięgu wpływów Demiurga materii.
Życie ludzkie zatem to ciągłe wyzwalanie się zła. W tym rozumieniu ludzkość składa się tylko z trzech rodzajów jednostek: z wyzwolonych już i dobrych, z tych, które znajdują się dopiero na drodze samowyzwolenia, i z tych, które pogrążone w materii są już poza możliwościami wyzwolenia. Innych różnic między ludźmi gnoza ta nie uznaje i nic więcej nie nakazuje człowiekowi, jak tylko wyzbycie się powiązań ze światem, z życiem ziemskim, ascetyczne samowyniszczenie. Człowiek jako taki o własnych siłach nie może tego dokonać. Potrzeba mu sotera, zbawiciela, który przy zastosowaniu szeregu praktyk »odrodzi go w wieczności«".
Gnostycyzm, od starodawnych czasów zakorzeniony w umysłach ludzi Bliskiego Wschodu, siłą rzeczy musiał przenikać do chrześcijaństwa. Powstawały rozmaite odmiany chrześcijańskiego gnostycyzmu, ale gdyby chodziło o ich definicję, to właściwie wszystkie one sprowadzały się zasadniczo do następującego założenia: Syn Boży albo Eon, jak go niektórzy nazywali, był duchem, nie mógł więc narodzić się cieleśnie, doznawać fizycznych cierpień i umrzeć na krzyżu, bo ciało to materia, a materia jest przejawem zła i grzechu. Duch Święty zagościł w ciele Jezusa w, chwili chrztu i opuścił je przy ukrzyżowaniu. A dowodem, że tak istotnie sprawa się miała, były według gnostyków ostatnie słowa, jakie Jezus wypowiedział przed zgonem: „Boże mój, Boże mój, czemuś mnie opuścił?" (Mk 15,34). W apokryficznych Dziejach Jana (170-180 r.) nieznany autor utrzymuje, że Jezus objawił się Janowi na Górze Oliwnej, podczas gdy po drugiej stronie doliny na krzyżu wisiał tylko jego fantom.
Autor czwartej ewangelii przeciwstawiał się tym tendencjom, które z dramatu Jezusa czyniły jakąś grę czarów i przywidzeń. U niego dzieje męki i śmierci Jezusa są przedstawione wyjątkowo aż nadto realistycznie. Zresztą stosunek swój do tych spraw ujawnia w Pierwszym liście Jana Apostoła. Polemizuje on tam ze sławnym naówczas filozofem efeskim Keryntosem, który zgodnie z dualistycznym światopoglądem gnostyków twierdził, że Chrystus był jednym z Eonów, który wstąpił w ciało Jezusa dopiero w momencie chrztu i że dopiero od tej chwili mógł być nazwany Synem Bożym.
Jednakże mimo tej negatywnej postawy stwierdzono w Ewangelii Jana niewątpliwe wpływy gnostyczne, których wyrazem jest między innymi znana nam już koncepcja logosu. Mity gnostyczne zafascynowały również Pawła; jest rzeczą raczej pewną, że pod ich wrażeniem, może nawet nieświadomie, sformułował on niektóre aspekty swojej teologii. Dotyczy to zwłaszcza jego soteriologii, a więc idei zbawiciela i zbawienia.
Rozmaite sekty gnostyczne i ich bogate piśmiennictwo, którego resztki zachowały się w literaturze apokryficznej, stanowią dowód, jak silny i szeroki wpływ wywierał gnostycyzm na chrześcijaństwo tamtych czasów. Był on tworem spekulacji intelektualnej: rygorystycznie odróżniał Jezusa od Chrystusa, a ideę zbawienia pojmował jako zjawisko mistyczne. Zagrażało to poważnie istnieniu chrześcijaństwa, gdyż oddalało je od potrzeb duchowych szerokich rzesz wyznawców i groziło mu rozpłynięciem się w ogólnym nurcie gnostycznego sekciarstwa. Biskup rzymski Hipolit (III w.) wymienia aż 33 odmiany gnostycyzmu. Niebezpieczeństwo zostało zażegnane dopiero z chwilą zrównania przez Konstantyna religii chrześcijańskiej z innymi religiami, z udzieleniem jej preferencji nad innymi. Pod wpływem prześladowań herezja gnostyczna zanikała i działała tylko jeszcze w podziemiu, ale jej odblask promieniował jeszcze długo w latach następnych, między innymi pozostawił wyraźne ślady w islamie. (...)

Idea logosu stała się zalążkiem później sformułowanej doktryny trynitarnej. (...)

Alogowie, sekta chrześcijańska z II w., która odrzucała doktrynę logosu jako herezję, przypisywała ewangelię Jana jednemu z wyznawców gnostycyzmu, niejakiemu Keryntosowi.

Zenon Kosidowski

Mianem „logosu" określano również innych bogów starożytności, m.in. Zeusa (Zenon Z Kition i Kleantes), Dionizos, Herakles, Hermes (czczony już w III w. p.n.e. jako bóg trójgłowy).