Przejął od Lutra koncepcję o całkowitym upadku natury człowieka

Modelem idealnego państwa była dla Kalwina republika rządzona absolutystycznie, której suwerenem był Bóg (poprzez swoich sterników). Absolutyzm i boskość to to samo. Odrzucał luterańską koncepcję kierowania władzy państwowej sprawami religii. Władza świecka miała być podporządkowana kościołowi. Sklerykalizowane państwo miało za zadanie krzewić i utrzymywać chrześcijaństwo za pomocą odpowiednich praw i systemu kar, pilnować czystości wiary i tępić katolickie bałwochwalstwo. Razem z konsystorzem miało badać, czy obywatele uczęszczają na nabożeństwa, dochowują małżeńskiej wierności, odpowiednio wychowują swoje dzieci (w posłuszeństwie religijnym); wreszcie miało państwo pilnować surowości obyczajów — w Genewie zabroniono publicznych zabaw, gry w kości i kręgle, a także zbytkownego ubierania się. Sankcje za nieprzestrzeganie Dekalogu miały mieć charakter zarówno kościelny jak i państwowy (włącznie z karą śmierci).

Był człowiekiem bardzo nietolerancyjnym. Z jego woli zginął na stosie teolog i wybitny lekarz hiszpański Michel Servet.