Aleksandria to starożytne miasto założone przez Aleksandra Wielkiego około roku 332-331 przed Chrystusem. Sławne ze swojej wielkiej biblioteki, uniwersytetu, muzeum, stolica myśli hellenistycznej w Afryce. Szybko stała się również jednym z najważniejszych ośrodków rozpowszechniania wiary chrześcijańskiej. Według tradycji, miał ją w Aleksandrii zaszczepić ewangelista i apostoł Marek. Od samego początku w tutejszym Kościele pojawiło się wiele wybitnych postaci i różnego rodzaju szkół teologicznych ,filozoficznych, które przyczyniły się do rozpowszechnienia myśli chrześcijańskiej w całej północnej Afryce. Bardzo rozwinęło się w Kościele aleksandryjskim życie monastyczne. Wzmacniało ono chrześcijańską wspólnotę, która musiała przeciwstawić się istniejącej tam otwartej społeczności, w której istniało wiele innych, silnych ośrodków rozpowszechniania myśli pogańskiej, żydowskiej, gnostyckiej i innych.

W 325 r. Sobór w Nicei potwierdził ważność Aleksandrii i jej autorytet nad całym Egiptem i nad Abisynią. W 451 r., na Soborze w Chalcedonie, nadano oficjalnie biskupowi Aleksandrii tytuł „Papieża" i „Patriarchy". W 680 r., III Sobór Konstantynopolitański potwierdził jego trzecie miejsce w Kościele, zaraz po Rzymie i Konstantynopolu.

Niestety, Kościół aleksandryjski, który do 451 r. był silny i zjednoczony, z powodu przyjętego przez Sobór Chalcedoński dogmatu o dwóch naturach istniejących w Jezusie Chrystusie, utracił swoją jedność. Większość członków Kościoła w Egipcie (Koptowie) odrzuciła postanowienia soboru, a tylko mniejszość pochodzenia greckiego je przyjęła. Przypuszcza się, że na początku VII wieku żyło w Egipcie około 17-18 milionów Koptów, a tylko 200 tysięcy zwolenników doktryny Soboru Chalcedońskiego, w większości urzędnicy cesarscy, żołnierze, handlarze, itd.

W tamtych czasach jeszcze obie grupy używały liturgii w rycie aleksandryjskim, który jednak z biegiem czasu został zastąpiony przez ryt bizantyjski.

Po zdobyciu Egiptu przez muzułmańskich Arabów pod dowództwem Amru Ibn Al-Ass i po stopniowym wycofaniu się wojsk bizantyjskich (639-642), egipscy Grecy zaczęli być prześladowani z powodu swoich związków z Konstantynopolem. Sytuacja ta miała ulec pogorszeniu wraz ze zdobyciem Egiptu przez Turków Otomańskich w 1517 r. Odtąd bizantyjscy patriarchowie aleksandryjscy wielokrotnie musieli przenosić swoją siedzibę do Konstantynopola i często byli wybierani właśnie przez tamtejszego, ekumenicznego patriarchę bizantyjskiego. W końcu to właśnie z Konstantynopolem grecki patriarchat aleksandryjski był zawsze bardzo blisko związany. Zwłaszcza od czasów, kiedy bizantyjski patriarcha Eergios II, wraz z cesarzem Basilym Bulgaroctonem, nawiązali pokojowe stosunki z aleksandryjskim patriarchą Teofilem, nadając mu tytuł „Ekumenicznego Sędziego". Tytuł został odtąd przejęty przez aleksandryjskich patriarchów, którzy dodatkowo zaczęli używać podczas mszy dwóch mitr i dwóch „petrarchiles".

Sytuacja uległa zmianie dopiero w pierwszej połowie XIX wieku, kiedy w Egipcie przejął władzę Mohamad Ali Pasza. To wówczas, w 1846 r., aleksandryjski grecki papież i patriarcha, Hieroteos I, na nowo objął swoją siedzibę w Aleksandrii. Patriarcha Konstantynopola starał się jeszcze wtrącać w sprawy wewnętrzne patriarchatu aleksandryjskiego, ale te interwencje ostatecznie skończyły się wraz ze śmiercią Hieroteosa I w 1858 r. Grecki patriarchat aleksandryjski nabierał coraz większego znaczenia wraz ze znacznym napływem greckich i prawosławnych, rytu bizantyjskiego, arabskich emigrantów, których w Egipcie w 1950 r. było około 190 tysięcy, a w innych krajach afrykańskich około 35 tysięcy. Jednakże z powodu nagłych zmian polityczno-społecznych na tym kontynencie, zaczęli oni uchodzić z Egiptu i z Afryki, począwszy od roku 1956. W 1997 r. w Egipcie zostało ich już tylko około 1600 osób.

Ważną rolę we wzmocnieniu roli patriarchatu w Egipcie odegrała postawa patriarchy Meletiosa II (1926-1935), który zebrał i opracował patriarsze statuty oraz udał się z nimi do rządu egipskiego. Dzięki tym statutom mógł uzyskać niezależność i rządową opiekę. To on również założył Seminarium Świętego Atanazego, zorganizował kościelną biurokrację i rozciągnął aleksandryjską jurysdykcję patriarszą nad całą Afryką, wprowadzając do swojego patriarszego tytułu zamiast słów „Całego Egiptu", słowa „Całej Afryki".

Kościół Prawosławny (ortodoksyjny) wśród czarnoskórej ludności afrykańskiej zaczął rozwijać się w latach 30-tych XX wieku. Początkowo w Ugandzie, gdzie dwóch anglikańskich księży, Rubens Mukasa i Obadiah Kabanda, przeszło w szeregi Greckiego Aleksandryjskiego Kościoła Ortodoksyjnego. Nowa wspólnota została oficjalnie przyjęta do Kościoła w 1946 r., a w 1953 r. została uznana w Ugandzie i w 1956 r. w Keni. Prawosławne wspólnoty, około roku 1958, zostały zorganizowane jako Archidiecezja Irinoupolis (Dar-es-Salam, a w 1970 r. siedziba tej metropolii została przeniesiona do Nairobi). W 1963 r. została utworzona pierwsza parafia w Tanzani i ksiądz Rubens Mukana otrzymał tytuł archimandryty, przyjmując imię Spartos. Odtąd kapłani Kościoła zaczęli być kształceni w seminariach w Grecji. W 1972 r., na Świętym Synodzie w Aleksandrii, archimandryta Spartos został zatwierdzony na biskupa tytularnego Nilópole, przyjmując imię Christophorosa. Stał się też biskupem pomocniczym metropolity Frumenzia z Irinoupolis na Ugandę. Konsekrowano jeszcze dwóch biskupów: Artura Gadunę na biskupa tytularnego Nitiry (przyjął imię Ovidias) i na biskupa pomocniczego metropolity na Kenię oraz Teodora Nankyamę, na biskupa tytularnego Nankratis i na biskupa pomocniczego metropolity na Tanzanię.

Już w 1997 r. Kościół we Wschodniej Afryce posiadał 3 biskupów, około 80 księży w Kenii, 22 w Ugandzie i 11 w Tanzanii. W listopadzie 1994 r. Święty Synod Patriarszy z Aleksandrii utworzył dla Ugandy oddzielną diecezję. Prawosławnymi misjami w Afryce zajmę się jeszcze przy innej okazji.

Dzięki greckiemu patriarsze aleksandryjskiemu Partheniosowi III (1987-1996) Kościół zaczął bardzo mocno udzielać się na polu ekumenicznym. Sam patriarcha Parthenios III był jednym z prezydentów Światowej Rady Kościołów. Patriarcha Piotr VII również zaangażował się w prace Światowej Rady Kościołów i Afrykańskiej Rady Kościołów. To on zreorganizował struktury działania patriarchatu, a specjalną uwagę skierował w stronę działalności misyjnej w tzw. Czarnej Afryce.

Patriarchat jest zarządzany poprzez serię regulacji, które początkowo były powolnie adaptowane aż do końca XIX wieku. Zamiast rządów jednej osoby, patriarchy, system administracyjny jest oparty na grupie synodalnej, a sam patriarcha może być wybierany nie tylko przez biskupów, ale również przez zwykłych księży i świeckich Kościoła. Święty Synod, złożony z siedmiu metropolitów, powinien zebrać się przynajmniej raz na rok, ale w praktyce zbiera się raz na pół roku.

Dzięki pomocy arcybiskupa Makariosa III z Cypru, w 1981 r. zostało otwarte seminarium kształcące kapłanów w Nairobi, w Kenii. Nazywane było najpierw „Makarios", ale od 1998 r. przyjęło nazwę Ortodoksyjnej Szkoły Patriarchalnej. W 1998 r. uczyło się w nim 42 studentów z najróżniejszych regionów Afryki. Przypuszcza się, że w chwili obecnej do greckiego patriarchatu aleksandryjskiego należy około 300 tysięcy wiernych, w tym ponad 100 tysięcy czarnoskórych Afrykańczyków. A jeśli misje dalej będą się rozwijać się tak prężnie jak dotychczas, wkrótce powinni dogonić liczebnie członków Kościoła pochodzenia greckiego.

W historii greckiego Kościoła Patriarchatu Aleksandryjskiego istniały tendencje do doprowadzenia do unii lub przynajmniej do zbliżenia z Konstantynopolem, Rzymem, z monofizyckimi Koptami, a nawet z protestantami. W 1210 r. papież Innocenty III usiłował doprowadzić do unii z papieżem i patriarchą Aleksandrii Mikołajem I, prosząc go w 1211r. o wyświęcenie. na kapłana łacińskiego diakona. W 1213 r poprosił też o uczestnictwo w Soborze Laterańskim, na który grecki papież aleksandryjski posłał swojego przedstawiciela.

Od 1555 r. do zbliżenia z papieżem i patriarchą greckim z Aleksandrii dążyli protestanci. W 1581 r. doszło do rozmów patriarchy z Suleimanem Schueigerem na temat różnic pomiędzy prawosławiem i protestantyzmem, zakończonych odrzuceniem kalendarza gregoriańskiego.

W 1594 r. ponownie usiłowano dokonać zbliżenia pomiędzy patriarchatami aleksandryjskim, greckim i koptyjskim, Melétio Pigasem i Gabrielem. Takich zabiegów nigdy wcześniej i później nie brakowało. W końcu patriarchowie obydwu Kościołów w Egipcie żyją i zarządzają swoimi wiernymi z tego samego kraju.

W 1616 patriarcha Cyryl Lukari zacieśnił stosunki z Kościołem Anglikańskim. Warto wspomnieć, że w 1764 r. w Londynie został wybudowany pierwszy kościół podporządkowany greckiemu patriarsze aleksandryjskiemu Mateuszowi.

Zmarły tragicznie na początku września 2004 r. Patriarcha Piotr VII , który urodził się w 1949 r., na patriarchę został wybrany w 1997 r. Zginął on lecąc wraz z innymi hierarchami helikopterem w Grecji na Górę Athos. 9 października 2004 r. jego następcą wybrano Theodorosa II. Kościelny tytuł patriarchy brzmi: Papież i Patriarcha Aleksandrii i Całej Afryki; Papież i Patriarcha Dużego Miasta Aleksandrii, Libii i pięciu Miast, Etiopii, Egiptu i Całej Afryki; Papież Papieży, Pasterz Pasterzy, Trzynasty Apostoł i Sędzia Świata.