Estonia jest państwem leżącym na wschodnim wybrzeżu Morza Bałtyckiego, nad zatokami: Botnicką i Ryską. Już Tacyt w I wieku po Chrystusie pisze o istnieniu ugrofińskich plemion Estów. Na rozwój terenów, obejmujących dzisiejszą Estonię, ważny wpływ miało ich położenie na szlaku handlowym, łączącym Ruś i Skandynawię. Od IX do XII wieku ziemie te znajdowały się pod wpływami książąt fińskich. Od 1208 r., biskup ryski Albert von Buxhövden, założyciel Zakonu Kawalerów Mieczowych, starał się podbić Estonię. A kiedy to mu się nie udało, wezwał w 1218 r. do pomocy króla duńskiego Waldemara II, który zajął północną część kraju. W 1237 r. Zakon Kawalerów Mieczowych połączył się z Zakonem Krzyżackim. W latach 1288-1290 udało się im podbić północnych Bałtów, w tym estońskich Liwów. Zaczął się proces narzucania siłą rzymskokatolickiego chrześcijaństwa. Dla ludności podbitych ziem była to religia niemieckich najeźdźców. Ważne w historii kraju jest wydarzenie z Dnia Świętego Jerzego, z 23 kwietnia 1343 r., kiedy wybuchło pogańskie powstanie ludności przeciw panującym katolikom i połączonemu z Krzyżakami Zakonowi Liwońskiemu. Estończycy, lub lepiej Estowie (pojęcia „Estończycy" i „naród estoński" pojawiły się dopiero w XIX wieku), powoli przyjmowali chrześcijaństwo, często przemieszane z dawnymi pogańskimi wierzeniami. W XVI wieku zaczynają się na tych ziemiach coraz większe wpływy Polski i Rosji.

Reformacja zaczyna się na ziemiach estońskich, podległych Zakonowi Kawalerów Mieczowych, w latach 1523-26. W 1561 r. ostatni mistrz Zakonu przechodzi na luteranizm. Z powodu wojny w latach 1558-1583, Estonia została podzielona pomiędzy Polskę i Szwecję. W 1629 r. znalazła się w rękach luterańskich Szwedów. W latach 1710-1721, z powodu Wielkiej Wojny Północnej, stała się częścią Rosji, ale religią kraju pozostał luteranizm. W 1739 r. opublikowana została pierwsza Biblia w języku estońskim. Z biegiem czasu coraz większe wpływy zaczyna odgrywać na tych ziemiach prawosławie. I wkrótce istnieje już tam mały Kościół Prawosławny. W XIX wieku następuje rusyfikacja Estonii i przymuszanie ludności rdzennie estońskiej do wyznawania prawosławia. W 1917r., po rewolucji bolszewickiej, Estonia proklamowała niepodległość, uznaną przez władze radzieckie w 1920 r. Z powodu uzyskania niepodległości i prześladowania prawosławia w ZSRR, prawosławny biskup Talina, Aleksander, poprosił w 1923 r. Meletiosa IV, patriarchę Konstantynopola, o przyjęcie Kościoła pod jego jurysdykcję. Ten zgodził się na prośbę. 7 lipca 1923 r. nadał Kościołowi Estonii autonomię, a biskupa Aleksandra mianował metropolitą Talina i całej Estonii. W 1940 r. Kościół ten liczył już około 210 tysięcy wiernych, 3 biskupów, 156 parafii, 131 księży, 19 diakonów, posiadał 2 klasztory oraz 1 seminarium. Większość jego członków to rdzenni Estończycy.

17 czerwca 1940 r. Estonia została oficjalnie przyłączona przez Stalina do ZSRR. Zaczęły się czystki personalne w Kościele. Ludność kraju więc przychylnie witała wkraczających tam 22 czerwca 1941 r. żołnierzy hitlerowskich, którzy jednak zamordowali około 15 tysięcy osób. W 1944 r. kraj ponownie zostaje przyłączony do ZSRR. Metropolita Aleksander, z 23 swoimi księżmi, uciekł do Sztokholmu. Dając w ten sposób asystencję około 10 tys. Estończykom mieszkającym w różnych krajach i tworząc Kościół na wygnaniu, podporządkowany Konstantynopolowi. W 1953r.,po śmierci metropolity Aleksandra., ekumeniczny patriarcha Konstantynopola konsekrował na prawosławnego biskupa Estończyków Juri Valbe. Zmarł on w 1961 r. Po jego śmierci patriarcha nie dał Estończykom nowego biskupa, ale oddał estońskie parafie pod zarząd (omoforion) miejscowych biskupów patriarchatu ekumenicznego. Tymczasem Kościół prawosławny w Estonii został podporządkowany patriarchatowi moskiewskiemu. Naciskany przez patriarchat moskiewski, patriarcha Konstantynopola ogłosił w 1978 r., że nadana Kościołowi w Estonii w 1923 r. autonomia nie ma już żadnego znaczenia.

Kiedy w 1991 r. Estonia ogłosiła niepodległość, większość wiernych Estońskiego Kościoła Prawosławnego była już pochodzenia rosyjskiego. Rozpoczęła się zaraz gwałtowna dyskusja pomiędzy zwolennikami pozostania pod jurysdykcją patriarchatu moskiewskiego i tymi, którzy chcieli powrotu pod protekcję Konstantynopola oraz ponownego uznania autonomii Kościoła.

Święty Synod Patriarchatu Konstantynopolskiego, wbrew Moskwie, przywrócił 20 lutego 1996r. Estońskiemu Kościołowi Prawosławnemu jego dawną autonomię. Kościół ten ponownie znalazł się pod jurysdykcją Konstantynopola. Wybrano również biskupa Jana z Finlandii na czasowego „locum tenens" Kościoła, pozostawiając na później wybór Estończyka na biskupa. Patriarcha moskiewski zareagował bardzo ostro. Zerwał stosunki z patriarchatem ekumenicznym z Konstantynopola i usunął imię patriarchy ekumenicznego z modlitw liturgicznych.

9 marca 1999 r. zebrał się w Talinie kongres Autonomicznego Estońskiego Kościoła Prawosławnego, aby poddać dyskusji fakt nie posiadania jeszcze swojego, mieszkającego w Estonii biskupa. W kongresie uczestniczyli: arcybiskup Jan z Finlandii i przedstawiciele patriarchy z Konstantynopola. Uczestnicy kongresu uznali, że jeśli Estończycy nie będą mieć swojego własnego kandydata na hierarchę Kościoła, to poproszą patriarchę ekumenicznego o obsadzenie tego stanowiska przez pomocniczego biskupa prawosławnej metropolii greckiej we Francji- urodzonego w 1940 r. Stephanosa de Nazianzus, którego siedziba znajdowała się w Niza. Tak też się stało i 13 marca 1999 r. Święty Synod Patriarchatu Ekumenicznego wybrał Stephanosa na metropolitę Talina i całej Estoni, prosząc go również o zreorganizowanie Kościoła i przygotowanie wyborów przyszłych lokalnych biskupów. Według danych z 1999 r. nowemu biskupowi podlegało około 9 tysięcy wiernych i 58 parafii w kraju oraz w USA, Kanadzie, Szwajcarii, Australii, itd.

Jednak większość mieszkających w Estonii prawosławnych pozostała pod jurysdykcją patriarchatu moskiewskiego, w Diecezji Talin. Jest ich tam około 70 tysięcy i posiadają 30 parafii oraz klasztor w Pjukhtitsa.