W pięćdziesiątą rocznicę śmierci Piusa XII w zeszłym roku odżyły nadzieje na jego beatyfikację. Proces beatyfikacyjny zaczął się w 1990 roku i choć do jego zakończenia brakuje już tylko podpisu papieża Benedyktowi XVI zadrżała ręka przed podpisaniem stosownego dokumentu. Oficjalnie nieoficjalną przyczyną była obawa przed pogorszeniem stosunków z Izraelem, gdzie Watykan zabiega o podpisanie konkordatu regulującego prawo własności do sześciu kościołów oraz gwarantującego przywileje podatkowe. Papież poruszył tę sprawę w rozmowie z prezydentem Izraela Szymonem Peresem podczas swej niedawnej podróży apostolskiej (zwanej w Polsce pielgrzymką). Watykan negocjuje sprawę konkordatu z Izraelem (zwanego „porozumieniem ekonomicznym”) już 10 lat – od marca 1999 roku. Następna runda negocjacji odbędzie się 10-go grudnia w Watykanie.

Jakkolwiek perspektywa podpisania długo oczekiwanego „porozumienia ekonomicznego” wydaje się w zupełności wyjaśniać problemy Eugenio Pacellego z dostaniem się do grona beatyfikowanych, jego słynne „milczenie wobec Holocaustu” raczej nie jest największym problemem jaki ma z nim jego następca. To bowiem zawsze można wyjaśnić obawą przed „większym złem” w czym jego adwokaci doszli już do perfekcji. Jest, niestety, gorzej i może to całkiem pogrzebać szanse na beatyfikację – Pius XII był osobiście odpowiedzialny za ludobójstwo co najmniej pół miliona prawosławnych Serbów, Żydów i Romów w Chorwacji, Bośni i Krajinie przez zbrodniczy reżim ustaszy w latach 1941-45 .

Ustasze byli wspierani i organizowani przez zakon franciszkanów – przy pełnej wiedzy Watykanu. Aktywnie uczestniczyli też w rzeziach, m.in. w obozie koncentracyjnym w Jasenovcu, gdzie zamordowano ponad 700 tysięcy osób. Ofiarom rabowano tam kosztowności, które stały się potem znane jako „złoto ustaszy”. Trafiły one następnie do Banku Watykańskiego i zostały wykorzystane do zorganizowania „szczurzej drogi” – kanału przerzutowego zbrodniarzy i nazistów do Ameryki Południowej. „Ze złota wyrwanego z zębów członków mojej rodziny Watykan sfinansował ucieczkę nazistów do Argentyny” – powiedział William Dorich dochodzący obecnie sprawiedliwości po ponad 60-iu latach. Lider ustaszy Ante Pavlic był czule przyjmowany w Watykanie przez Piusa XII, który nazywał go „drogim synem” i – podczas gdy jego ludzie zajęci byli ludobójstwem – napominał go, by wprowadził w Chorwacji zakaz aborcji. Pius XII był dokładnie informowany o eksterminacji i przymusowych nawróceniach przez swojego legata Marcone oraz arcybiskupa Zagrzebia Alojzego Stepnica – skazanego po wojnie na 16 lat więzienia za zbrodnie wojenne. Kiedy wyszedł z więzienia po sześciu latach Pius XII nie zapomniał o nim i w 1952 roku awansował go na kardynała. Ostatni papież, który nosił się w lektyce, mając dokładny obraz sytuacji błogosławił ustaszy aż do ich upadku w maju 1945 roku. Akcja przymusowych nawróceń się opłaciła – by uniknąć wyrafinowanych tortur do grona Ludu Bożego przystąpiło 300 tysięcy osób, nie licząc korzyści z uniformizacji społeczeństwa.

Zbrodniarze wojenni wiedzieli jednak, gdzie szukać ratunku. Tuż przed upadkiem zrabowane ofiarom „złoto ustaszy” zostało wywiezione dziesięcioma ciężarówkami do konfraterni franciszkanów św. Hieronima w Rzymie, która stała się azylem dla ustaszy po wojnie. Na miejscu czekało na nie dwóch dygnitarzy kościelnych. Pierwszym był funkcjonariusz reżimu ojciec Krunoslaw Draganovic, mianowany wizytatorem apostolskim w Chorwacji. Drugim – rasista i sympatyk ustaszy, skarbnik franciszkanów (OFM) ojciec Dominik Mandic. Ante Pavelic i jego kamraci zostali ukryci w różnych budynkach kościelnych na terenie Rzymu do czasu przerzucenia do Ameryki Południowej. Przed ucieczką Pavelic wielokrotnie spotykał się z późniejszym Pawłem VI. Przed śmiercią błogosławieństwa udzielił mu zaś Jan XXIII. Biorąc pod uwagę, że „złoto ustaszy” szacuje się na 200 milionów franków szwajcarskich w cenach z 1945 roku aż dziw, że on sam jeszcze nie został beatyfikowany. Kościół za wiedzą i aprobatą Piusa XII wykorzystał majątek pomordowanych, by pomóc uciec ich oprawcom.

Watykan przez wiele lat ukrywał kompromitującą prawdę. W 1998 roku amerykański Departament Stanu wydał raport wiceministra Stuarta Eizenstata znany jako „Eizenstat report ”. Rozpoczęło to wieloletni proces w San Francisco Alperin przeciwko Bankowi Watykańskiemu i Zakonowi franciszkańskiemu , który prawnicy kościelni chcieli storpedować za wszelką cenę. Dowodem w sprawie jest raport agenta specjalnego amerykańskiego kontrwywiadu Williama Gowena z 1947 roku w którym napisał, że ojciec Krunoslav Draganovic powiedział mu, iż „skarb ustaszy”, załadowany na dziesięć ciężarówek, został zdeponowany w Banku Watykańskim a reżim Pavelicia cieszył się ochroną najwyższych władz Kościoła. Gowen napisał także, że dowódcą konwoju był pułkownik ustaszy Ivan Babic. Używając wszystkich możliwych kruczków prawnych i składając apelacje przez kolejne instancje do Sądu Najwyższego prawnicy pozwanych doprowadzili do przeciągania spraw proceduralnych przez dziesięć lat w czasie których zmarła większość skarżących (pozew jest zbiorowy). Obecnie została ich tylko garstka. Kiedy odejdzie ostatnia ofiara łatwiej będzie twierdzić, że te dotąd nie osądzone zbrodnie nigdy nie miały miejsca. Franciszkanie i bank watykański zażądali, by raport Gowena nie był publikowany. Przedostał się jednak do prasy w 2006 roku. W efekcie bank osiągnął tyle, że nie jest oskarżony o zbrodnie wojenne i łamanie praw człowieka a jedynie o kradzież majątku. To rozgraniczenie sprawia, że nie można będzie w sądzie mówić o tym, że Kościół katolicki aktywnie uczestniczył w masakrach a tym samym udowodnienie zarzutów będzie trudniejsze. Ogłosił także, że wszystkie dokumenty dotyczące tej sprawy zostały zniszczone. Proces opiera się więc na dokumentach spoza źródeł kościelnych. Pokazują one także, że pod koniec II wojny światowej bank watykański (Instytut Dzieł Religijnych) pośredniczył w wyprowadzeniu pieniędzy z niemieckiego Reichsbanku do kontrolowanych przez nazistów banków szwajcarskich. Miało to posłużyć to sfinansowania „szczurzej linii” i operacji Odessa bez zostawiania śladów na które mogłyby wpaść kontrwywiady aliantów.

Sprawa ta i toczący się w San Francisco proces (który wkrótce wyjdzie z etapu formalnego i zacznie być rozpatrywany) mogą nie tylko oddalić sine die beatyfikację Piusa XII, ale uderzają także w innego kandydata do kultu – Pawła VI, wymienionego w pozwie. Jako Monsignore Montini był przełożonym Draganovica, który kierował przez wiele lat po wojnie pomocą ustaszom i nazistom. Jest to także zła wiadomość dla Jana Pawła II, który miał być beatyfikowany zbiorowo ze swoimi poprzednikami umoczonymi w zbrodnie.