Śmiercią za herezję karano już w starożytności, średniowieczny zaś Kościół zadekretował ją w 1197 r. Na soborze latarańskim IV w 1215 r. ustalono, że sądzenie za herezje należy do władzy duchownej, wymierzanie zaś orzeczonej kary do władzy świeckiej.

W tym też wieku powstaje zakon dominikanów powołany specjalnie do walki z albigensami, (jak potem powołano zakon jezuicki do walki z reformacją). Wiadomo jak „psy pańskie" przyczyniały się do walki z kacerzami; właśnie dominikanie i franciszkanie byli najczęściej inkwizytorami. To właśnie im w roku 1233 papież Grzegorz IX powierzył „inkwizycję" czyli „badanie" podejrzanych, gdy odjął ją biskupom. „Inkwizycja" znaczy właśnie „badanie". Sama instytucja zwana Inkwizycją powołana została przez papieża Lucjusza III w roku 1184, ale to Grzegorz IX zmienił działanie systemu „badania", jak powiedzieliśmy w zdaniu wyżej. Jak się zresztą wydaje nie ma jednego jednolitego aktu powołującego tę instytucję. W każdym razie na arenę dziejów inkwizycja wkroczyła podczas likwidowania społeczności heretyckich waldensów i albigensów, a papieżem uważanym jeszcze i dziś na największego w historii Kościoła, który położył na tym polu znaczne zasługi był Innocenty III. Nie zapominajmy jednak, że nie tylko organ, zwany Świętą Inkwizycją zajmował się tropieniem heretyków. Skłonni jesteśmy bowiem obarczać tylko tę jedną kościelną instytucję, podczas gdy winien jest cały Kościół! Ściganiem heretyków zajmowali się przecież również biskupi. Ba, oni byli pierwszymi, którzy to robili, to wręcz wchodziło w zakres ich obowiązków. A potem właśnie im, jako panom na diecezjach powołanie zależnych tylko od Rzymu funkcjonariuszy (inkwizytorów) niezbyt się podobało, bo traktowali to jako ingerencję w ich obszar władzy.

"Innocenty IIIuznał, że najlepiej będzie oprzeć tę represję na sieci parafii, w których księża, wspomagani przez ruchome oddziały braci żebrzących, mieć będą wiernych pod nadzorem. W walce z herezją cały świat chrześcijański dokładnie pokratkowano. (...) każdy wieśniak był odtąd czyimś parafianinem (...). Sobór laterański nakładał na wszystkich świeckich obowiązek pójścia raz w roku do spowiedzi i komunii; miało to dostarczyć proboszczowi wykazu opornych, umożliwić odszukanie potajemnych heretyków, ułatwić polowanie na czarownice". Już wszystko jasne, prawda? Wiadomo dlaczego budowano silny system parafii i skąd wynikało staranie o to, by wierny odbywał regularne praktyki, to znaczy zachodził do kościoła. Głową diecezji zaś był biskup i „jemu to przypadły określone zadania. Nadzoru antyheretyckiego przede wszystkim. Biskupi trybunał rozpatrywał normalnym trybem, z oskarżenia, uchybienia przeciw dyscyplinie kościelnej. Obok tego powstała jednak procedura wyjątkowa, inkwizycja. W tym wypadku nie czekano, aż wpłynie skarga, biskup sam podejmował dochodzenie." ^{[ 1 ]}. Jednolite ciało sprawnie zorganizowane i podległe Rzymowi zwane potem Inkwizycją powołano właśnie dlatego, że biskupi nie zawsze wywiązywali się ze swych obowiązków, i dochodziło do gorszącej niejednorodności, bo na przykład w jednej diecezji biskup karał jakiś „występek", a na ten sam występek inny biskup patrzył przez palce. Zdaniem Rzymu mniej gorszące było powołanie dbającej o jednolitość instytucji, która za dany czyn wymierzała określoną, taką a nie inna karę. Jak palić na stosie, albo obcinać język to za to samo. Czyż to nie budujący wkład Kościoła w dziedzinę prawa karnego?