Prawo własności przysługujące kościołom i innym związkom wyznaniowym jest przede wszystkim gwarancją wolności sumienia i wyznania w wymiarze kolektywnym ^{[ 1 ]}. W szczególności własność zabezpiecza wolność kultu. Daje najdalej idące uprawnienia w sferze praw rzeczowych wspólnotom konfesyjnym wobec przedmiotów kultu religijnego, a zwłaszcza do miejsc — gruntów, budynków i lokali, w których kult ten jest sprawowany. Analogicznie prawo własności zabezpiecza także wolność działalności związków wyznaniowej w sferze pozakultowej, m.in. w zakresie aktywności charytatywno-opiekuńczej, oświatowo-wychowawczej, czy naukowej. Bardzo ważną funkcją prawa własności i innych praw majątkowych jest zabezpieczanie niezależności (autonomii) wspólnot religijnych we właściwym im zakresie w relacjach z władzami publicznymi ^{[ 2 ]}. Własność chroni wspólnoty konfesyjne, którym przysługuje, przed wasalizacją w stosunku do państwa. Zapewnia im zwłaszcza niezależne źródła dochodów, koniecznych do utrzymania infrastruktury religijnej oraz duchowieństwa.

Powyższe stwierdzenia pozwalają zrozumieć, dlaczego szereg reżimów absolutystycznych, autorytarnych, czy totalitarnych dokonywało masowych konfiskat własności, szczególnie nieruchomości, należących do kościołów i innych związków wyznaniowych ^{[ 3 ]}. Te same motywy tłumaczą także ustanawianie w ustrojach niedemokratycznych ograniczeń w nabywaniu praw rzeczowych przez wspomnianą kategorię podmiotów. Przybierały one formy m.in. wymogów uzyskania zgody organów administracji na nabycie prawa własności, przede wszystkim nieruchomości, czy ograniczenia, a nawet pozbawienia zdolności prawnej, względnie zdolności do czynności prawnych, jednostek organizacyjnych wspólnot religijnych. We wszystkich bodaj państwach komunistycznych miały miejsce, szczególnie w pierwszym okresie formowania się nowego ustroju, liczne formalne, względnie faktyczne, wywłaszczenia własności kościelnej.

Własność i inne prawa rzeczowe oraz obligacyjne mogą stanowić jednak dla wspólnot religijnych także wyzwanie. Nadmierna koncentracja aktywność związków wyznaniowych na powiększeniu swego stanu posiadania w wymiarze materialnym może przesłonić zasadniczy cel ich działalności, jaki jest zaspokojenie potrzeb religijnych swoich wiernych. Tym samym może zostać podważona kluczowa wartość, konieczna dla skutecznego działania kościołów - wiarygodność ich przesłania duszpasterskiego. Doświadczenie uczy, że odbudowanie zaufania wiernych w takich okolicznościach to proces długotrwały.

W Polsce wraz z początkiem procesu demokratyzacji prawodawca likwidował prawne ograniczenia dotyczące własności kościołów i innych związków wyznaniowych. Proces wspomniany został zapoczątkowany jeszcze na podstawie uchwalonych 17 maja 1989 r. przez Sejm PRL IX kadencji: ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w Polskiej Rzeczypospolitej Ludowej oraz ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania ^{[ 4 ]}. Już wówczas wprowadzono w pierwszej z wymienionych ustaw preferencje na rzecz Kościoła większościowego w zakresie nabycia własności nieruchomości pozostających w jego władaniu oraz przywrócenia własności niektórych kategorii nieruchomości przejętych w przeszłości przez państwo. Te korzystne regulacje prawne były motywowane zwłaszcza aktualnymi względami politycznymi. Stosując niektóre analogiczne metody, jak na początku lat siedemdziesiątych XX wieku ekipa Edwarda Gierka ^{[ 5 ]}, rządząca ekipa gen. Wojciecha Jaruzelskiego pragnęła zapewne pozyskać, jeśli nie przychylność, to przynajmniej neutralność Kościoła instytucjonalnego przed częściowo demokratycznymi wyborami parlamentarnymi 4 czerwca 1989 r. Celem działań władz mogło być także zyskanie poparcia przynajmniej części z pośród przytłaczającej większości obywateli identyfikujących się z Kościołem ^{[ 6 ]}. Oczekiwania te okazały się jednak chybione. Na analogicznych, chociaż niekiedy istotnie odmiennych zasadach w latach 1991 — 1997 stopniowo uregulowano problematykę restytucji własności nieruchomości wobec pozostałych kościołów i innych związków wyznaniowych. Nastąpiło to na podstawie ustaw szczegółowych odpowiednio: o stosunku Państwa do niektórych kościołów chrześcijańskich oraz do gmin wyznaniowych żydowskich w RP ^{[ 7 ]}, a także w wyniku nowelizacji ustawą 29 czerwca 1997 r. m.in. ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania ^{[ 8 ]}.

Na mocy ustawy z 28 lipca 1990 r. nowelizującej Kodeks cywilny został uchylony jego art. 36, który ograniczał zdolność prawną wyznaniowych osób prawnych do posiadania praw majątkowych niezbędnych do realizacji celów religijnych. ^{[ 9 ]} Nowelizacja ta zniosła również przepisy uzależniające nabycie praw majątkowych przez wyznaniowe osoby prawne w drodze spadku, zapisu i darowizny lub w drodze umowy dożywocia od zezwolenia organów administracji państwowej. W następstwie wydania ustawy z 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania występujące dotąd różnorodne ograniczenia w zbywaniu nieruchomości przez związki wyznaniowe mające ustawową regulację prawną, pochodzącą jeszcze z okresu II RP, lub te, których byt prawny oparty był na prawie o stowarzyszeniach, utraciły swoje podstawy prawne. Zachowały natomiast moc obowiązującą ograniczenia przewidziane przez ogólnie obowiązujące przepisy, dotyczące określonego rodzaju nieruchomości ^{[ 10 ]}.

Problematyka własności związków wyznaniowych w III RP swoim znaczeniem wykracza poza sferę konfesyjną, ekonomiczną, czy cywilistyczną. Wiąże się w szczególności z realizacją szczegółowych norm ustrojowych związanych z ideą państwa prawnego, urzeczywistniającego zasady sprawiedliwości społecznej. Miała i nadal posiada implikacje międzynarodowe ^{[ 11 ]}.

Do najistotniejszych problemów związanych z prawem własności oraz funkcjonowaniem kościołów i innych związków wyznaniowych w Polsce można zaliczyć: 1) zakres i zasady reprywatyzacji mienia nieruchomego na rzecz niektórych wspólnot religijnych, 2) uwłaszczenie się niektórych kościołów i innych związków wyznaniowych na nieruchomościach znajdujących się w ich władaniu i związane z tym konflikty międzywyznaniowe, 3) przekazywanie gruntów pod inwestycje sakralne za bonifikatą, w trybie bezprzetargowym zwłaszcza Kościołowi katolickiemu, 4) preferencyjne, zarazem zróżnicowane, zasady przyznawania nieruchomości niektórym kościołom z zasobów publicznych (tzn. państwowych lub samorządowych) na tzw. Ziemiach Zachodnich i Północnych, 5) problem zakończenia postępowań regulacyjnych, 6) kwestię wiarygodnej informacji o wielkości nieruchomości przekazanych przez państwo oraz jednostki samorządu terytorialnego wspólnotom religijnym, jako ewentualnej jednej z przesłanek likwidacji Funduszu Kościelnego.

Kościoły i inne związki wyznaniowe są jedyną grupą podmiotów prawa, które w wyniku decyzji ustawodawcy objęte zostały na zróżnicowanych zasadach procesem reprywatyzacji mienia nieruchomego. Żadnym innym kategoriom osób fizycznych i prawnych ustawodawca nie stworzył prawnych możliwości reprywatyzacji mienia nieruchomego, nawet tego przejętego przez państwo polskie począwszy od 1944 r. z naruszeniem obowiązujących wówczas aktów normatywnych ^{[ 12 ]}. Wobec krajowych (polskich) podmiotów niewyznaniowych skutki powojennych aktów wywłaszczeniowych usuwane są w drodze indywidualnych aktów prawnych ^{[ 13 ]}. Do chwili obecnej państwo polskie nie naprawiło szkód majątkowych wobec obywateli polskich, polskich osób prawnych, względnie ich sukcesorów prawnych, będących w przeszłości właścicielami ziemskimi, właścicielami nieruchomości miejskich, szczególnie tych położonych na terenie Warszawy, czy właścicielami przejętych przez państwo zakładów przemysłowych i handlowych. Nierozwiązany kompleksowo pozostaje także problem uregulowania zobowiązań z tytułu papierów wartościowych emitowanych przed 1 września 1939 r. przez państwo, państwowe osoby prawne, czy jednostki samorządu terytorialnego.

Szczególne regulacje prawne dotyczące kościołów i innych związków wyznaniowych w zakresie reprywatyzacji nieruchomości znajdują zapewne oparcie w argumentacji, że zrzeszenia tego rodzaju pełnią istotne funkcje o charakterze społecznym: zaspokajają potrzeby religijne wiernych, prowadzą działalność charytatywno-opiekuńczą, oświatowo-wychowawczą, czy naukową. Należy jednak zarazem odnotować, że na podstawie aktów wywłaszczeniowych utraciły w szczególności własność nieruchomości także osoby fizyczne i instytucje świeckie prowadzące działalność o znaczeniu ogólnospołecznym w wielu dziedzinach. Ponadto, o ile masowe wywłaszczenia nieruchomości związków wyznaniowych miały na celu nie tyle ich likwidację, co przede wszystkim uzależnienie ich oraz duchowieństwa od państwa, to akty nacjonalizacyjne odnoszące się do ziemiaństwa, burżuazji czy mieszczaństwa zmierzały bezpośrednio do likwidacji tych klas i grup społecznych jako takich ^{[ 14 ]}. Ponadto nacjonalizacja dóbr ziemskich kościołów i innych związków wyznaniowych nastąpiła później, aniżeli reforma rolna w odniesieniu do dóbr ziemskich podmiotów prywatnych o charakterze niekonfesyjnym ^{[ 15 ]} i przewidzianą od niej istotne wyjątki zwłaszcza w odniesieniu do Kościoła katolickiego. W wyniku powojennych aktów nacjonalizacyjnych unicestwione zostały klasy społeczne o charakterze kulturotwórczym, a niekiedy — państwowotwórczym, grupy, które w istotnej mierze, szczególnie w okresie zaborów oraz obu wojen światowych, były nośnikami polskiej świadomości narodowej oraz aspiracji niepodległościowych. Opisany stan prawny znamionujący się wieloletnim zaniechaniem ustawodawcy i wyraźnymi preferencjami na rzecz jednej kategorii podmiotów wywołuje poważne wątpliwości w punktu widzenia zgodności w szczególności z takimi zasadami konstytucyjnymi, jak zasada sprawiedliwości społecznej, zasada zaufania obywateli do państwa i stanowionego przezeń prawa (art. 2), z zakazem dyskryminacji z jakiejkolwiek przyczyny w szczególności w życiu społecznym i gospodarczym, czy z prawem do równego traktowania przez władze publiczne (art. 32 ust. 1). Przedstawiony stan prawny koliduje także jak można sądzić, z normą zawartą w art. 64 ust. 2 Konstytucji, iż własność i inne prawa majątkowe podlegają równej dla wszystkich ochronie prawnej. Ustawodawca, kierując się normami konstytucyjnymi, powinien rozszerzyć proces reprywatyzacji także na inne kategorie podmiotów prawa, niż tylko wyznaniowe osoby prawne. Byli właściciele, czy wierzyciele oraz ich spadkobiercy, zwłaszcza ci będący obywatelami polskimi, mają prawo czuć się pokrzywdzenie niejako dwukrotnie — po raz pierwszy przez bezprawne działania władz Polski Ludowej, odbierające im własność, czy wykluczające zaspokojenie należnych wierzytelności, częstokroć niezgodnie nawet z obowiązującym wówczas prawem, a po raz drugi w wyniku zaniechania ustawodawczego w III RP, która okazała się generalnie niezdolna do usunięcia naruszeń prawa własności i innych praw majątkowych wobec wymienionych wyżej podmiotów ^{[ 16 ]}. Przyczyną tego stanu rzeczy są nie tylko ograniczone możliwości finansowe i majątkowe państwa, ale także zasadnicze dysproporcje w zakresie siły oddziaływania politycznego związków wyznaniowych, na czele z Kościołem katolickim, w porównaniu z wewnętrznie zróżnicowanymi i słabymi organizacyjnie środowiskami byłych właścicieli.

Negatywnie należy ocenić tryb reprywatyzacji nieruchomości na rzecz kościołów i innych związków wyznaniowych, czyli tzw. postępowanie regulacyjne. Rażące nadużycia ujawnione zostały w pracy Komisji Majątkowej orzekającej w sprawach Kościoła katolickiego. Została ona zlikwidowana w wyniku presji części środków masowego przekazu oraz opinii publicznej z dniem 1 marca 2011 r. ^{[ 17 ]} W toku dwudziestoletniej działalności zdołała jednak rozpatrzyć zdecydowaną większość z pośród ponad 3063 wniosków zgłoszonych przez kościelne osoby prawne ^{[ 18 ]}. Pozostało zaledwie 216 spraw, które mogą być przez wnioskodawców skierowane na drogę postępowania sądowego. Nadal działają, zorganizowane analogicznie jak Komisja Majątkowa, komisje regulacyjne do spraw odpowiednio: Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego, Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego, gmin wyznaniowych żydowskich; Międzykościelna Komisja Majątkowa rozpatruje wnioski pozostałych związków wyznaniowych. Wymienione wyżej ciała kolegialne, pomimo że pełniły lub nadal pełnią funkcje sądów, orzekając o roszczeniach cywilnoprawnych, nie są (nie były) organami niezależnymi, a ich członkom nie przysługują gwarancje niezawisłości. Komisje regulacyjne, a do niedawna także Komisja Majątkowa, składają się z — powoływanych na zasadzie parytetu — dwunastu członków. W ramach Międzykościelnej Komisji Majątkowej działają zespoły powoływane do rozpatrzenia wniosków danej wspólnoty religijnej, także zorganizowane na zasadzie parytetu. Członkowie komisji, chociaż sprawują (sprawowali) w istocie rzeczy wymiar sprawiedliwości, nie muszą, w świetle obowiązującego prawa spełniać żadnych standardów w zakresie wykształcenia, zwłaszcza prawniczego, czy ekonomicznego, doświadczenia zawodowego oraz przymiotów osobistych. Ustawodawca nie sformułował nawet wymogu niekaralności. Członkowie omawianych organów są, względnie byli, powoływania całkowicie uznaniowo, w połowie przez centralne organy kierownicze odpowiednich kościołów i innych związków wyznaniowych, a w połowie przez ministra właściwego do spraw wyznań religijnych. Mogą i mogli być w każdej chwili odwołani. Najważniejszym kryterium powołania osób do składu komisji były i są ich lojalność oraz dyspozycyjność wobec odpowiedniej władzy nominującej. Główny instrument służący zapewnieniu wspomnianych przymiotów to bardzo godziwe w kontekście faktycznego czasu pracy wynagrodzenie członków komisji. Znane są przypadki telefonicznych ingerencji przełożonych w prace niektórych komisji podczas ich posiedzeń.

Jednym z najpoważniejszych zarzutów formułowanych w odniesieniu do trybu działania Komisji Majątkowej oraz komisji regulacyjnych jest wyraźnie przewidziany przez ustawodawcę brak możliwości odwołania od orzeczeń wspomnianych kolegiów. Zarzut ten podzielił Europejski Trybunał Praw Człowieka, który rozpatrując skargę Związku Nauczycielstwa Polskiego w wyroku z 21 września 2004 r. stwierdził naruszenie art. 6 § 1 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności (prawo dostępu do sądu). Orzeczenie to nie wpłynęło jednak na zmianę ustawodawstwa wyznaniowego w zakresie postępowania regulacyjnego. Należy odnotować, że w postępowaniu przed komisjami regulacyjnymi mogą uczestniczyć, co najwyżej zainteresowane jednostki samorządowe, państwowe i wyznaniowe. Takich uprawnień nie posiadają jednak podmioty prywatne, na których sytuację faktyczną i prawną postępowanie przed komisjami może wpływać. Szczególnie wadliwa była regulacja prawna dotycząca postępowania regulacyjnego przed Komisją Majątkową. Nie przewidywała ona prawa do uczestnictwa w postępowaniu jednostek samorządu terytorialnego, pomimo że Komisja w podejmowanych rozstrzygnięciach dysponowała nieruchomościami należącymi do wspomnianych podmiotów. Chociaż od 1990 r. w Polsce przywrócono samorząd terytorialny ^{[ 19 ]}, to ustaw z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w RP nie została odpowiednio znowelizowana. Zaniechanie to szczególnie w kontekście kompleksowej reformy administracyjnej w latach 1998-1999 trudno uznać za przypadkowe.

W sumie regulacje ustawowe dotyczące organizacji odpowiednich komisji oraz postępowań regulacyjnych można oceniać zasadnie, jako niezgodne z szeregiem istotnych postanowień Konstytucji RP, m.in.: z art. 45 ust. 1, zapewniającym każdemu prawo do sądu, z art. 77 ust. 2, stwierdzającym, że ustawa nie może nikomu zamykać drogi sądowej dochodzenia naruszonych wolności i praw, z art. 175 ust. 1, to znaczy z zasadą sądowego wymiaru sprawiedliwości w Rzeczypospolitej Polskiej, a także z art. 6 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności, gwarantującym prawo do rzetelnego procesu sądowego m.in. w sprawach cywilnych oraz z art. 13 tej umowy zapewniającym prawo do skutecznego środka odwoławczego. W przypadku regulacji prawnych odnoszących się do Komisji Majątkowej i postępowania regulacyjnego w sprawach Kościoła katolickiego można także postawić zarzut niezgodności właściwych postanowień ustawy z dnia 17 maja 1989 r. z art. 64 ust. 1 i 2 Konstytucji, gwarantującym każdemu zwłaszcza prawo własności i inne prawa majątkowe oraz ich równą dla wszystkich ochronę prawną, z art. 165 ust. 1 i 2 ustawy zasadniczej zapewniających jednostkom samorządu terytorialnego własność i inne prawa majątkowe, a ponadto wyrażających zasadę samodzielności samorządu terytorialnego i jej sądowej ochrony.

W styczniu 2009 r. grupa posłów lewicowych złożyła wniosek do Trybunału Konstytucyjnego o stwierdzenie niezgodności niektórych przepisów ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w RP z wybranymi postanowieniami Konstytucji oraz Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności (sygn. akt K 3/09). Prokurator Generalny oraz Sejm RP, co znamienne, podzielili zasadność niektórych zarzutów wnioskodawców. Trybunał Konstytucyjny na rozprawie 31 stycznia 2011 r. odroczył rozpatrzenie wniosku na czas nieokreślony ^{[ 20 ]}. Tak długie nierozpatrywanie wniosku przez kompetentny organ może być przez postronnego obserwatora interpretowane jako uchylanie się od orzekania i legitymizowanie przez Trybunał Konstytucyjny działalności Komisji Majątkowej ^{[ 21 ]}.

Wątpliwości mogą budzić, z punktu widzenia realizacji w odniesieniu do właściwych kościołów i innych związków wyznaniowych konstytucyjnego prawa do równego traktowania przez władze publiczne, istotne różnice w efektywności prac Komisji Majątkowej oraz poszczególnych komisji regulacyjnych. Według danych z końca kwietnia 2010 r. Komisja Majątkowa rozpatrzyła pozytywnie 78,92% wszystkich rozstrzygniętych wniosków, zaś negatywnie — 24,94% rozstrzygniętych; Komisja Regulacyjna do Spraw Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego odpowiedni: 41,89% oraz 11,53%; Komisja Regulacyjna do Spraw Kościoła Ewangelicko-Augsburskiego odpowiednio: 45,19% — pozytywnie, zaś 54,81% — negatywnie; Komisja Regulacyjna do Spraw Gmin Wyznaniowych Żydowskich odpowiednio: 41,79% — pozytywnie i 58,70% — negatywnie, natomiast Międzykościelna Komisja Regulacyjna: 21,42% — pozytywnie, a 78,57% - negatywnie ^{[ 22 ]}.

Konflikty społeczne niekiedy wywołuje zagwarantowanie Kościołowi większościowemu na mocy art. 42 ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego, że plany zagospodarowania przestrzennego obejmują także  inwestycje sakralne i kościelne oraz katolickie cmentarze wyznaniowe. Przeznaczenie terenu na wspomniane cele ustala się w tych planach na wniosek biskupa diecezjalnego lub wyższego przełożonego zakonnego. Grunty przeznaczone w planach zagospodarowania przestrzennego na te cele, stanowiące własność Skarbu Państwa lub jednostek samorządu terytorialnego mają być oddawane w wieczyste użytkowanie lub sprzedawane kościelnym osobom prawnym ^{[ 23 ]}. Grunty stanowiące własność jednostek samorządu terytorialnego przeznaczone na inwestycje sakralne lub kościelne albo na cmentarze wyznaniowe mogą być sprzedawane za cenę ustaloną uchwałą właściwej rady sejmiku danej jednostki. Stwarza to niebezpieczeństwo oparcia rozstrzygnięć na racjach politycznych a nie ekonomicznych. Decydujący głos w lokalizacji inwestycji sakralnej, czy kościelnej, względnie cmentarza wyznaniowego mają odpowiednie władze kościelne. Zdarzały się przypadki, że wspomniane wybory były kontestowane przez społeczności lokalne, władze samorządowe a nawet osoby prywatne. Ustawa z21 sierpnia 1997 r. o gospodarce nieruchomościami ^{[ 24 ]} w art. 37 ust. 2 pkt 10 dopuszcza zbycie w drodze bezprzetargowej na rzecz kościołów i związków wyznaniowych mających uregulowane stosunki z państwem nieruchomości na cele działalności sakralnej. Zaś zgodnie z art. 68 ust. 1 pkt 6 rzeczonej ustawy organ zbywający może udzielić bonifikaty w przypadku zbycia nieruchomości tym związkom wyznaniowym na cele wyżej wymienionej działalności. Znane są przypadki, że nieruchomości na podstawie decyzji organów stanowiących jednostek samorządu terytorialnego sprzedawane były kościelnym osobom prawnym za cenę stanowiącą 1% ich wartości.

Preferencje na rzecz kościołów i innych związków wyznaniowych w zakresie reprywatyzacji majątku nieruchomego, zbywania na ich rzecz nieruchomości z zasobów samorządu terytorialnego a także opodatkowania w majątku nieruchomego wyznaniowych osób prawnych okazują się we współczesnej Polsce katalizatorem antyklerykalizmu ^{[ 25 ]}. Powyższe stwierdzenie jest aktualne szczególnie w odniesieniu do Kościoła katolickiego, zwłaszcza po ujawnieniu nieprawidłowości, a niekiedy wręcz czynów mających znamiona przestępstwa w toku postępowań regulacyjnych. W listopadzie 2010 r. Prokuratura Apelacyjna wszczęła śledztwo w sprawie działalności Komisji Regulacyjnej. Szeregu jej byłym członkom zostały postawione formalnie zarzuty popełnienia przestępstw. Podważa to wiarygodność przede wszystkim Kościoła w kontekście głoszonego przez tą instytucję przesłania religijnego, w myśl którego wartości transcendentalne, duchowe winny mieć wyższa wartość niż wartości materialne. Sygnalizowane zjawiska wskazują na demoralizację części duchowieństwa i laikatu ^{[ 26 ]}. Pozostają w wyraźnej sprzeczności z nauczaniem kardynała Stefana Wyszyńskiego, który w okresie Polski Ludowej nie koncentrował się na utrzymaniu finansowych i majątkowych przywilejów Kościoła, czy jego materialnego stanu posiadania, lecz kładł nacisk na pracę duszpasterską ^{[ 27 ]}. W jednym z wystąpień adresowanych do duchowieństwa w latach 60. XX wieku Episkopat stwierdził znamiennie: Od tronów doczesnych jak najdalej, a jak najbliżej ludu, z którego wyrośliśmy i z którym pragniemy iść ku lepszej przyszłości materialnej i razem z nim kroczyć do zbawienia wiecznego ^{[ 28 ]}. Innym razem Prymas S. Wyszyński głosił: Kościół nie chce dla siebie przywilejów, nie oczekuje i nie potrzebuje zabezpieczenia politycznego czy ekonomicznego. Damy sobie radę z pomocą naszego ludu Bożego ^{[ 29 ]}.

Kwestia własności obiektów sakralnych była także po 1989 r. w Polsce katalizatorem konfliktów międzywyznaniowych. Przykładem na to może być spór między obrządkiem łacińskim Kościoła katolickiego oraz Polskim Autokefalicznym Kościołem Prawosławnym o monastyr w Supraślu ^{[ 30 ]}, a szczególnie, mający międzynarodowe reperkusje konflikt między prawosławnymi a grekokatolikami o prawo własności kilkudziesięciu cerkwi pounickich na Podkarpaciu.

Na podstawie szczegółowych ustaw wyznaniowych z lat 1989-1997 właściwe kościoły oraz związki wyznaniowe uwłaszczyły się na nieruchomościach, które znajdowały się we władaniu odpowiednich wyznaniowych osób prawnych w dniu wejścia w życie właściwych ustaw i ewentualnie spełniały inne dodatkowe kryteria. Ustawodawca nie zastosował jednak równych — takich samych — kryteriów uwłaszczenia wobec wszystkich uprawnionych wspólnot religijnych. Najkorzystniejszą sytuację prawną uzyskał, generalnie rzecz ujmując, Kościół katolicki. Uwłaszczył się on jako pierwszy na podstawie wspomnianej ustawy z 17 maja 1989 r. Nabył w szczególności własność znajdujących się w jego władaniu obiektów sakralnych wraz z obiektami towarzyszącymi oraz cmentarzy, w szczególności tych, do których prawo własności przysługiwało innym związkom wyznaniowym ^{[ 31 ]}. Wykluczyło to zwrot wspomnianych nieruchomości w naturze aspirującym do tego konfesjom nierzymskokatolickim w ramach odpowiednich postępowań regulacyjnych Były to m.in. niektóre poprotestanckie obiekty sakralne na terenie dawnych Prus Wschodnich, które wierni Kościoła katolickiego zawłaszczyli w drodze działań faktycznych pod koniec lat 70. i na początku lat 80. minionego wieku, a także około 100 cerkwi prawosławnych przejętych przez Kościół katolicki począwszy od 1945 r.

Tych samych zasad w zakresie uwłaszczenia nie zastosowano wobec PAKP i to pomimo tego, że w trakcie prac nad ustawą z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła katolickiego oba Kościoły uzgodniły, że nie będą nawzajem rewindykować swych byłych świątyń znajdujących się we władaniu drugiej strony. W ustawie z 4 lipca 1991 r. o stosunku Państwa do Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego znalazł się jednak, wyniku poprawki wniesionej przez Senat, wyjątek dyskryminujący stronę prawosławną. Został on ujęty w art. 49 o brzmieniu:

Art. 49. 1. Uregulowanie stanu prawnego nieruchomości lub ich części, które przeszły na własność Państwa na podstawie dekretu z dnia 5 września 1947 r. o przejściu na własność Państwa mienia pozostałego po osobach przesiedlonych do ZSRR (Dz. U. Nr 59, poz. 318, z 1949 r. Nr 53, poz. 404, z 1958 r. Nr 17, poz. 72 i z 1969 r. Nr 13, poz. 95), a były własnością diecezji, parafii, klasztorów lub innych instytucji grecko-katolickich (unickich) Diecezji Przemyskiej obrządku grecko-katolickiego oraz Administratury Apostolskiej Łemkowszczyzny i które pozostają we władaniu prawosławnych kościelnych osób prawnych określi odrębna ustawa.

2. Do czasu wydania tej ustawy Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny i Kościół Katolicki obrządku bizantyjsko-ukraińskiego na mocy porozumienia biskupów diecezjalnych mogą wspólnie użytkować świątynie pozostające we władaniu prawosławnych kościelnych osób prawnych w dniu wejścia w życie niniejszej ustawy.

W następstwie takiej regulacji prawnej Kościół prawosławny nie nabył z mocy prawa własności 24 pounickich obiektów sakralnych na Podkarpaciu. Obiekty te zostały mu decyzją władz państwowych przekazane w latach 50. i 60. XX wieku. Kościół prawosławny własnym nakładem kosztów obiekty te wyremontował lub w ogóle odbudował. W trakcie prac parlamentarnych nad ustawą zaognił się konflikt pomiędzy PAKP a obrządkiem unickim Kościoła katolickiego. Wyrazem tego były m.in. publikacje prasowe, czy pielgrzymki wiernych do parlamentu na posiedzenie odpowiedniej komisji sejmowej. Kilkakrotne próby uchwalenia ustaw regulujących kwestię własności spornych świątyń nie powiodły się. Władze państwowe wyraźnie nie chciały angażować się w rozwiązanie tego bodaj najpoważniejszego konfliktu międzywyznaniowego na tle majątkowym w ówczesnej Polsce.

Niepowodzeniem zakończyło się także wystąpienie 15 lutego 2002 r. Prawosławnego Metropolity Warszawskiego i Całej Polski do Trybunału Konstytucyjnego z wnioskiem o stwierdzenie niekonstytucyjności m.in. art. 49 ustawy z 4 lipca 1991 r. Ponieważ wyrok Trybunału zapadł z naruszeniem istotnych przepisów ustawy z 1 sierpnia 1997 r. o Trybunale Konstytucyjnym, a skarga na wznowienie postępowania z powodu nieważności została przez Trybunał oddalona, Metropolita Sawa wystąpił 30 września 2003 r. ze skargą do Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Postawił Państwu Polskiemu zarzut naruszenia art. 6 § 1, art. 9, art. 13 i 14 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności oraz art. 1 Protokołu 1 do Konwencji. Perspektywa postępowania przed ETPCz i dalszego umiędzynarodowienia sprawy skłoniła Rząd do aktywnego zaangażowania się w zakończenie tego sporu majątkowego. W wyniku negocjacji między przedstawicielami Kościoła prawosławnego, obrządku unickiego oraz Rządu 16 grudnia 2008 r. zostało osiągnięte pisemne porozumienie ^{[ 32 ]}. Stało się ono podstawą uchwalenia ustawy z 17 grudnia 2009 r. o uregulowaniu stanu prawnego niektórych nieruchomości pozostających we władaniu Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego ^{[ 33 ]}. Na jej podstawie PAKP nabył własność 21 cerkwi, Diecezja Przemyska nabyła własność jednej świątyni, a Skarb Państwa zobowiązał się wypłacić każdemu z Kościołów za w sumie dwie nieruchomości, do których konfesje rościły sobie prawa.

Na tle kwestii własności nieruchomości doszło do podziałów niektórych społeczności wyznaniowych. Ewidentnym tego przykładem są rozłamy w społeczności żydowskiej w Polsce w ostatniej dekadzie. Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich jest na mocy ustawy o stosunku Państwa do gmin wyznaniowych żydowskich jedynym judaistycznym związkiem wyznaniowym uprawnionym do restytucji niektórych kategorii mienia nieruchomego po przedwojennych mozaistycznych związkach wyznaniowych na terenie dzisiejszej Polski. Na tle sporów o charakterze majątkowym doszło do rozłamu w ZGWŻ. W 2000 r. były skarbnik Związku — Jakub Szadaj — utworzył Niezależną Gminę Wyznania Mojżeszowego i wkrótce zgłosił do Komisji Regulacyjnej do Spraw Gmin Wyznaniowych Żydowskich kilkaset wniosków o wszczęcie postępowań regulacyjnych na rzecz swej wspólnoty konfesyjnej. Wnioski te zostały przez Komisję oddalone. W 2003 r. rozstała zarejestrowana Gmina Wyznaniowa Starozakonnych w RP z siedzibą w Nowej Iwicznej. Jej lider Bolesław Szenicer publicznie krytykował przywódców ZGWŻ za wyprzedaż majątku żydowskiego. W 2009 r. został zarejestrowany przez MSWiA Beit Polska — Związek Postępowych Gmin Żydowskich w RP, aspirujący do bycia sukcesorem judaizmu reformowanego w Polsce. W związku z tym jego liderzy chcieliby, włączenia swej wspólnoty w proces restytucji mienia żydowskiego, szczególnie na Ziemiach Zachodnich i Północnych, gdzie przed wojną działały żydowskie tzw. gminy synagogalne mające charakter reformowany. Przywódcy Beit Polska także formułują pod adresem ZGWŻ zarzuty „wyprzedaży za bezcen" odzyskanego majątku żydowskiego. Z kolei Związek Gmin Wyznaniowych Żydowskich podjął kroki prawne zmierzające do delegalizacji tzw. niezależnych gmin żydowskich oraz Beit Polska, głosząc, iż w świetle odpowiednich postanowień ustawy o stosunku Państwa do gmin wyznaniowych żydowskich Związek i skupione w nim gminy wyznaniowe mają charakter obligatoryjnego samorządu wyznaniowo-narodowościowego. Inną konsekwencją wspomnianych sporów stała się centralizacja w ramach ZGWŻ, przejawiająca się w likwidacji niektórych żydowskich gmin wyznaniowych, jak w Gdańsku, czy we Wrocławiu.

Wśród polski decydentów wciąż nie wygasły tendencje, charakterystyczne dla systemu powiązania państwa ze związkami wyznaniowymi, do wykorzystywania zwłaszcza potencjału Kościoła większościowego do realizacji zadań i osiągania celów o charakterze pozareligijnym. W tych kategoriach można oceniać zróżnicowanie przez ustawodawcę preferencyjnych możliwości otrzymywania tylko przez osoby prawne niektórych kościołów chrześcijańskie, które podjęły działalność po dniu 8 maja 1945 r. na Ziemiach Zachodnich i Północnych, na ich wniosek gruntów z zasobów państwowych, względnie samorządowych, w celu utworzenia lub powiększenia gospodarstw rolnych. Najkorzystniejsze zasady dotyczą w tym zakresie Kościoła katolickiego, ustawodawca ustalił bowiem górną granicę wielkości gospodarstw, dla których utworzenia lub uzupełnienia mogą być przyznane nieruchomości na: do 15 ha dla parafii, do 50 ha dla odpowiednio diecezji, seminarium duchownego oraz domu zgromadzenia zakonnego prowadzącego działalność charytatywno-opiekuńczą, oświatowo-wychowawczą lub opiekuńczo-wychowawczą ^{[ 34 ]}. Z pośród innych kościołów analogiczne uprawnienia otrzymały jedynie: Kościół prawosławny, Kościół Ewangelicko-Augsburski, Kościół Polskokatolicki, Kościół Adwentystów Dnia Siódmego, Kościół Chrześcijan Baptystów, Kościół Ewangelicko-Metodystyczny, Kościół Ewangelicko-Reformowany i Kościół Zielonoświątkowy. Uprawnienie tego rodzaju zostało jednak ograniczone do możliwości otrzymaniu gruntów jedynie do 15 ha odpowiednio dla parafii, zboru czy osoby prawnej. Możliwość wystąpienia z odpowiednimi wnioskami przez kościelne osoby prawne została także ograniczona terminami zawitymi, które już dawno minęły. Tego rodzaju ograniczania nie zostały sformułowane w odniesieniu do odpowiednich osób prawnych Kościoła katolickiego. Nadto brzmienie odpowiednich przepisów ustawy o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego nie wyklucza możliwości występowania przez katolickie kościelne osoby prawne wielokrotnie z wnioskami o przyznanie gruntów, po uprzednim zbyciu już otrzymanych. Omówione regulacje prawne stwarzały, a w odniesieniu do osób prawnych Kościoła katolickiego nadal stwarzają możliwości spekulowania gruntami rolnymi. Za sygnalizowanymi zróżnicowanymi rozwiązaniami prawnymi kryją się w istocie historyczne stereotypy, oparte na wartościowaniu związków wyznaniowych i nakazujące uznawać Kościół katolicki za instrument umacniania polskości na dawnych ziemiach poniemieckich. Prowadzą one do zróżnicowania położenia prawnego i podważenia ich konstytucyjnej zasady równouprawnienia (art. 25 ust. 1).

Zniesienie ograniczeń w obrocie oraz reprywatyzacja niektórych kategorii nieruchomości na rzecz związków wyznaniowych zapewne przyczyniło się do ożywienia działalności wspólnot konfesyjnych. Wskazuje na to m.in. przykład Związku Gmin Wyznaniowych Żydowskich. Po 1989 r. własność związków wyznaniowych uzyskała dobre, w szczególności — konstytucyjne oraz międzynarodowoprawne gwarancje. Dla pewnych kategorii własności nieruchomości, jak np. cmentarze, należących do niektórych związków wyznaniowych, są to gwarancje na wyraźnie lepszym poziomie niż wobec własności przysługującej innym podmiotom prawa.

Trudno oprzeć się wrażeniu, iż po roku 1989 r. część świeckich elit politycznych traktowała kwestię własności nieruchomości zwłaszcza w odniesieniu do Kościoła katolickiego instrumentalnie — dążąc do uzyskania przychylności konfesji większościowej szczególnie w okresie przedwyborczym. Była to postawa zasadniczo zbieżna do prezentowanej przez władze komunistyczne w schyłkowym okresie PRL ^{[ 35 ]}.

W toku procesu reprywatyzacji mienia związków wyznaniowych zwłaszcza niektórzy prominentni reprezentanci duchowieństwa i laikatu Kościoła katolickiego uznali wyższość własnego interesu korporacyjnego, czy wręcz osobistego, nad interesem publicznym. Dla części byłych członków Komisji Majątkowej, czy współcześnie niektórych członków istniejących komisji regulacyjnych, w tym niektórych polityków oraz urzędników państwowych, zasiadanie w tego typu zespołach było i jest dobrze płatną synekurą nie wymagającą szczególnych kwalifikacji. Nie byli oni zatem, względnie nie są nadal, zainteresowani przyspieszaniem prac komisji.

Proces reprywatyzacji oraz przekazywania nieruchomości z zasobów publicznych na rzecz niektórych związków wyznaniowych odbywał się i trwa na podstawie zróżnicowanych kryteriów prawnych. Jest to stan normatywny niezgodny z ustrojową zasadą równouprawnienia wspólnot religijnych. W najszerszym zakresie reprywatyzacja nieruchomości, względnie ich przekazywanie z zasobów państwowych i samorządowych dotyczy osób prawnych Kościoła katolickiego. Najwęższy zakres w porównaniu z wielkością utraconego mienia ma postępowanie regulacyjne wobec gmin wyznaniowych żydowskich oraz ich Związku.

Począwszy od 1989 r. w związku z regulacją kwestii własności związków wyznaniowych, a zwłaszcza w związku z działalnością Komisji Majątkowej, uwidoczniło się niedostatków w funkcjonowaniu polskiego systemu prawnego i aparatu władzy publicznej. Skala tych negatywnych zjawisk i procesów, w tym również zaniechań — szczególnie ze strony niektórych organów władzy sądowniczej, w praktyce poddaje w wątpliwość urzeczywistnienie we współczesnej Polsce zasady demokratycznego państwa prawnego realizujące zasadę sprawiedliwości społecznej. Podważa także wizerunek związków wyznaniowych, a zwłaszcza Kościoła katolickiego, jako wiarygodnych i pożytecznych uczestników życia społecznego. Sprzyja natomiast upowszechnieniu negatywnego stereotypu, który każe postrzegać związki wyznaniowe na czele z Kościołem większościowym, jako korporacje troszczące się przede wszystkim o swoje partykularne, częstokroć bardzo przyziemne interesy, i w związku z tym pasożytujące na państwie ^{[ 36 ]}. To zaś w sumie może przyczynić się do nasilenia procesów laicyzacyjnych w Polsce.