Europejskie standardy w zakresie wolności sumienia i wyznania wyznacza przede wszystkim art. 9 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności z 1950 r. (EKPCz). Ponadto w orzecznictwie organów ochrony praw człowieka Rady Europy wymieniony przepis wiąże się z: art. 8 (prawo do prywatności), art. 10 (wolność wyrażania poglądów) czy z art. 11 (wolność zrzeszania się, wolność zrzeszeń) Konwencji. W szczególny sposób art. 9 Konwencji związany jest z zasadą równości wyrażoną w art. 14 rzeczonej umowy międzynarodowej, gdyż przepis ten zakazuje dyskryminacji m.in. ze względu „wyznanie lub przekonania polityczne lub inne", czyli także przekonania światopoglądowe, etyczne itp. ^{[ 1 ]}

Lex specialis wobec art. 9 jest art. 2 Protokołu 1 do EKPCz, który w ramach prawa do nauki chroni w szczególności prawo rodziców do zapewnienia dzieciom nauczania i wychowania „zgodnie z ich własnymi przekonaniami religijnymi i filozoficznymi". Szczegółowy charakter posiada również art. 4 ust. 3 lit b EKPCz mówiący „o odmowie służby wojskowej ze względu na przekonania". Wyklucza on tego rodzaju służbę z zakresu pojęcia pracy przymusowej oraz pozostawia państwom daleko idącą swobodę w określaniu jej dopuszczalności i zakresu ^{[ 2 ]}.

Właściwe postanowienia Konwencji z 1950 r. odnoszące się do sfery konfesyjnej wywarły ewidentny wpływ na treść przepisów Karty Praw Podstawowych Unii Europejskiej (UE). W szczególności art. 10 ust. 1 Karty jest dosłownym powtórzeniem art. 9 ust. 1 EKPCz. Wpływ Konwencji wykroczył także poza geograficzne granice Starego Kontynentu, ponieważ członkami Rady Europy jest współcześnie 47 państw, które zarazem ratyfikowały EKPCz. Niektóre z pośród nich to państwa, które w całości (Gruzja, Azerbejdżan, Armenia) bądź w przeważającej części swego terytorium (Turcja, Rosja) znajdują się w Azji.

Polska zobowiązała się formalnie respektować standardy wynikające z EKPCz w 1993 r. — 19 stycznia ratyfikowana została EKPCz i tego samego dnia weszła ona w życie w stosunku do Polski, a 1 maja uznała jurysdykcję Europejskiej Komisji Praw Człowieka oraz Europejskiego Trybunału Praw Człowieka. Od tego momentu można było kierować do wymienionych organów skargi indywidualne przeciwko naszemu państwu. 26 lipca 1994 Polska ratyfikowała protokół nr 1 do Konwencji z 1950 r.

Przy określeniu standardów europejskich w sferze wolności sumienia i wyznania należy odwołać się także, niejako uzupełniająco, do prawa Unii Europejskiej, przede wszystkim do prawa pierwotnego. Zostało ono zasadniczo znowelizowane przez Traktat Lizboński podpisany 13 grudnia 2007 r. ^{[ 3 ]} Członkami Unii jest obecnie 27 państw europejskich, czyli wyraźna większość z pośród tych, które choćby częściowo znajdują się w granicach Starego Kontynentu. Poza odpowiednimi postanowieniami Karty Praw Podstawowych ^{[ 4 ]}, koniecznym jest uwzględnienie przede wszystkim art. 17 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej.

Polska nie należy jak dotąd do państw najczęściej skazywanych przez Europejski Trybunał Praw Człowieka za naruszenie art. 9 Konwencji. W sumie w latach 1998-2009 wydano 26 wyroków, w których stwierdzono samoistne naruszenie rzeczonego postanowienia EKPCz; najwięcej wobec państw tradycyjnie związanych z prawosławiem: Rosji — 8 przypadków oraz Grecji — 5 przypadków ^{[ 5 ]}. Art. 9 nie znalazł dotąd szczególnie widocznego w sprawach polskich. W roku 2010 zapadły dwa wyroki ETPCz skazujące Polskę za naruszenie wolności i praw w sprawach wyznaniowych ^{[ 6 ]}.

Za dziedziny, w których występują wyraźne napięcia między standardami europejskimi i literą prawa polskiego, a przede wszystkim praktyką jego stosowania można uznać: 1) ochronę negatywnego aspektu wolności myśli, sumienia i wyznania, 2) obecność pierwiastka konfesyjnego w szkolnictwie publicznym, 3) realizację wolności myśli, sumienia i wyznania przez osoby znajdujące się w instytucjach „zamkniętych" lub wykonujących profesję związaną z obowiązkiem szczególnej subordynacji, 4) gwarancje wewnętrznej autonomii i niezależności wspólnot religijnych wpisanych do rejestru kościołów i innych związków wyznaniowych, 5) neutralność i bezstronność państwa jako gwarancja wolności myśli, sumienia i wyznania, czy 6) określenie pozycji oprawnej organizacji laickich, czy skupiających osoby niewyznające światopoglądu religijnego.

Zakres ochrony wolności myśli, sumienia i wyznania gwarantowanych przez art. 9 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności obejmuje także obejmuje także przekonania niereligijne — zwłaszcza gnostyczne, czy ateistyczne. ETPCz wskazywał na to w swoim orzecznictwie wielokrotnie, poczynając od wyroku z 1993 r. w sprawie Kokkinakis v. Grecja, w którym stwierdził m.in.: [...] art. 9 ma również duże znaczenie dla ateistów, agnostyków, sceptyków oraz osób religijnie obojętnych [...]" ^{[ 7 ]}. W sprawie przypomniano, że „Wolność ta [wolność myśli, sumienia i wyznania] obejmuje m.in. prawo do posiadania i nieposiadania przekonań religijnych, do wyznawania lub niewyznawania religii". Polski prawodawca krajowy słabo dostrzega kategorię osób posiadających światopogląd niefideistyczny. Następstwem tego musi być gorsza ochrona ich uprawnień w dziedzinie wolności w sprawach religijnych. Konstytucja RP z 2 kwietnia 1997 r. w art. 53 posługuje się wąskim pojęciem wolności sumienia i religii. Szczególnie wąska interpretacja pojęcia wolności religii jest zawarta w art. 53 ust. 2 ustawy zasadniczej. Osoby niewierzące nie mogą powoływać się na ten przepis, o ile chcą dochodzić swoich wolności w sprawach konfesyjnych. Mogą co najwyżej powoływać się na wspomnianą w art. 54 ust. 1 wolność wyrażania poglądów, pozyskiwania i przekazywania informacji. Polski ustrojodawca, podobnie jak Europejski Trybunał Praw Człowieka, nie zdefiniował pojęcia religii. Określił natomiast w preambule ustawy zasadniczej najistotniejsze pojęcie religii — Boga, „będącego źródłem prawdy, sprawiedliwości, dobra i piękna". W art. 53 ust. 2 Konstytucji wolność religii została odniesiona do takich zjawisk jak: kult, modlitwa, świątynie, miejsca kultu, praktykowanie, obrzędy. Wspomniany przepis wspomina tylko o wolności przyjmowania religii, natomiast milczy o wolności jej zmiany, w tym porzucenia — przejścia na światopogląd niereligijnych. Pominięto w zakresie wolności religii wolność jej niewyznawania. Ustawa zasadnicza w art. 53 ust. 6 zabrania w szczególności jedynie zmuszania kogokolwiek do uczestniczenia w praktykach religijnych. W szkołach (także niepublicznych) może być nauczana tylko religia związków wyznaniowych o uregulowanej sytuacji prawnej (art. 53 ust. 4). Także polskie sądy oraz organy administracji wyznaniowej przyjmują wąską wykładnię pojęcia religii, odwołując się do jej klasycznej definicji, formułowanej w Polsce przede wszystkim przez część religioznawców związaną z Kościołem katolickim ^{[ 8 ]}. Naczelny Sąd Administracyjny w orzeczeniu z 23 stycznia 1998 r. (sygn, akt I SA 1065/97) odwołał się do pojęcia religii zawartego w Nowej Encyklopedii Powszechnej z 1994 r., w myśl której, "religia jest powiązaniem między człowiekiem a Bogiem, inaczej mówiąc - relacją między człowiekiem a świętością (sacrum). Zakłada aktywność osoby ludzkiej w dążeniu do świętości przez zbliżenie do Boga". Jest to wąskie ujęcie religii, które eliminuje z jej zakresu nawet takie fenomeny jak szamanizm, pierwotny buddyzm, konfucjonizm czy hinduizm. W konsekwencji takiej interpretacji w Polsce nie zostanie zarejestrowana jako związek wyznaniowy wspólnota, która nie przewiduje istnienia Boga jako świętości ^{[ 9 ]}.

W świetle wykładni językowej art. 53 ust. 1 Konstytucji dziwi optymistyczne w swojej wymowie stanowisko polskiego Trybunału Konstytucyjnego, zawarte w wyroku z 16 lutego 1999 r. (sygn. akt. SK 11/98), "że wolność religijna jest ujmowana w normie konstytucyjnej bardzo szeroko [podkr. P.B.], obejmuje bowiem wszelkie religie i przynależność do wszelkich wspólnot religijnych, a zatem nie jest ona ograniczona do uczestnictwa we wspólnotach religijnych tworzących formalną, wyodrębnioną strukturę i zarejestrowanych w stosownych rejestrach prowadzonych przez władzę publiczną. Bez wątpienia tak rozumiana wolność religijna obejmuje również wyznawców należących do kręgu >>Świadków Jehowy<<„. Trybunał nie rozwinął jednak dalej tego wątku i nie stwierdził bezpośrednio, czy wolność religii obejmuje także wolność posiadania i wyznawania światopoglądu nieteistycznego ^{[ 10 ]}.

Wąskie ujęcie pojęcia religii znalazło swoje odzwierciedlenie także w ustawie z 4 marca 2010 r. o narodowym spisie powszechnym ludności i mieszkań w 2011 r. (Dz. U. Nr 47, poz. 277). Ustawodawca przewidział zbieranie wyłącznie na zasadzie dobrowolności m.in. danych dotyczących wyznania — przynależności wyznaniowej (art. 6 ust. 3. pkt.2). Zgodnie z legalną definicją na potrzeby rzeczonej ustawy (i spisu powszechnego) ilekroć mowa jest o wyznaniu-przynależności wyznaniowej - rozumie się przez to formalne uczestnictwo lub emocjonalny związek osoby z określonym wyznaniem religijnym, kościołem lub związkiem wyznaniowym. Całkiem nie przewidziano tym akcie możliwości zadeklarowania, choćby ogólnie światopoglądu niereligijnego ^{[ 11 ]}. Bezwyznaniowość, ateizm czy agnostycyzm są to zatem postawy w sprawach konfesyjnych, których polski ustawodawca krajowy niejednokrotnie nie dostrzega ^{[ 12 ]}. Taki stan normatywny może być interpretowany jako przejaw negatywnego stanowiska państwa do wspomnianych opcji światopoglądowych. Byłoby to równoznaczne z odrzucenie konstytucyjnej zasady bezstronność (neutralności) władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych.

Prawodawca polski deprecjonuje, w porównaniu ze wspólnotami religijnymi — kościołami i związkami wyznaniowymi — organizacje laickie, czyli skupiające jednostki wyznające światopogląd niereligijny (ateistyczny, agnostyczny, itp.). Konstytucja z 1997 r. całkiem nie wspomina o nich w ramach regulacji wolności sumienia i religii (art. 53), wolności przekonań (art. 54), czy tym bardziej w ramach ustrojowej regulacji odniesień związków wyznaniowych i państwa (władz publicznych. Nie dotyczy ich zatem zasada równouprawnienia, odnosząca się wyłącznie do związków wyznaniowych. Wzmianki o tego rodzaju organizacjach wyjątkowo pojawiają się na poziomie aktów rangi ustawowej. Wyjątkami potwierdzającymi ową regułę są: ustawa z 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania (t.j. Dz. U. z 2005 r., Nr 231, poz. 1965 z późn. zm), ustawa z 24 kwietnia 2003 r. o działalności pożytku publicznego i o wolontariacie (Dz. U. Nr 96, poz. 873 z późn. zm.), czy ustawa z 3 grudnia 2010 r. o wdrożeniu niektórych przepisów Unii Europejskiej w zakresie równego traktowania (Dz. U. Nr 254, poz. 1700). Ustawa z 17 grudnia 1989 r. wśród uprawnień jednostki w ramach wolności sumienia i wyznania wymienia w szczególności prawo do zrzeszania się w organizacjach świeckich w celu realizacji zadań wynikających z wyznawanej religii bądź przekonań w sprawach religii (art. 2 pkt. 11). Ustawa z 24 kwietnia 2003 r. stanowi, iż działalność pożytku publicznego może być prowadzona także przez osoby prawne i jednostki organizacyjne działające na podstawie przepisów o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w RP, o stosunku Państwa do innych kościołów i związków wyznaniowych oraz o gwarancjach wolności sumienia i wyznania, jeżeli ich cele statutowe obejmują prowadzenie działalności pożytku publicznego (art. 3 ust. 3 pkt. 1). Do grona tych podmiotów zatem zaliczyć również organizacje kultywujące światopogląd niereligijny ^{[ 13 ]}. Natomiast ustawa z 3 grudnia 2010 r. przewiduje, że jej postanowień nie stosuje się w szczególności do ograniczania przez kościoły i inne związki wyznaniowe, a także przez organizacje, których etyka opiera się na religii, wyznaniu lub światopoglądzie, dostępu do działalności zawodowej oraz jej wykonywania ze względu na wyznawaną religię, wyznanie lub światopogląd, jeżeli rodzaj lub warunki wykonywania takiej działalności powodują, że religia, wyznanie lub światopogląd są rzeczywistym i decydującym wymaganiem zawodowym stawianym danej osobie fizycznej. Rzeczone wymaganie winno być zarazem proporcjonalne do osiągnięcia zgodnego z prawem celu zróżnicowania sytuacji tej osoby; dotyczy to również wymagania od zatrudnionych osób fizycznych działania w dobrej wierze i lojalności wobec etyki kościoła, innego związku wyznaniowego oraz organizacji, których etyka opiera się na religii, wyznaniu, czy światopoglądzie (zob. art. 5 pkt. 7).

Organizacje laickie nie mogą jednak korzystać z szeregu preferencji prawnych, zwłaszcza w zakresie obciążeń publicznoprawnych, które przysługują związkom wyznaniowym ^{[ 14 ]}. Prawo nie gwarantuje im także wewnętrznej autonomii i niezależności. Ich relacje z państwem nie są kształtowane na zasadach bilateralizmu, jako w przypadku wspólnot religijnych ^{[ 15 ]}. Organizacje laickie nie mają także prawa do krzewienia swojej doktryny w formie nauczania w szkołach publicznych ^{[ 16 ]}. Animatorzy organizacji reprezentujących światopogląd niereligijny, odmiennie niż osoby duchowne, nie korzystają ze wsparcie ze środków z budżetu państwa w finansowaniu składek na ubezpieczenie społeczne i ubezpieczenie zdrowotne.

Unia Europejska swój stosunek do organizacji laickich kształtuje natomiast w oparciu o zasadę ich równego traktowania ze związkami wyznaniowymi. Wyraźnie wskazuje na to art. 17 Traktatu o funkcjonowaniu Unii Europejskiej ^{[ 17 ]}. Taką postawę należy traktować jako przejaw bardziej doniosłej cechy tej organizacji — jej neutralności światopoglądowej i niekompetencji w sprawach religijnych ^{[ 18 ]}.

Neutralności państwa (władz publicznych) w sprawach religijnych jest zasadą aprobowaną także przez ETPCz. Wskazuje na to jego orzecznictwo. Stanowisko Trybunału nie jest jednak w pełni konsekwentne. Państwo powinno przyjąć postawę bezstronnego rozjemcy między różnymi wspólnotami religijnymi, czy światopoglądowymi, które prowadzą rywalizację o „rząd dusz". Państwo powinno działać poprzez mediację zapewniając pokojowe współistnienie wspólnot religijnych. Z orzecznictwa ETPCz wynika zakaz ingerencji władz publicznych w swobodę posiadania i kształtowania religii i przekonań. Obejmuje przede wszystkim zakaz państwowego dekretowania jakie mają być przekonania i wierzenia obywateli. Nie do pogodzenia z Konwencją z 1950 r. byłoby wprowadzenie zarówno oficjalnego światopoglądu państwowego, jak i monopolu określonej religii państwowej. W opinii Trybunału bezwzględnym obowiązkiem wszystkich władz publicznych jest zachowanie neutralności i bezstronności oraz „działanie rozsądne, rozważne i w dobrej wierze". Władze nie mogą wdawać się w ocenę legitymizmu poszczególnych wierzeń religijnych i nie mogą faworyzować ani jednych kościołów (wyznań) kosztem innych, ani — gdy doszło do rozłamu — jednej tylko grupy wyznawców kosztem pozostałych.

We współczesnej Polsce, szczególnie w ostatnich latach, narasta liczba regulacji prawnych (w tym ustawowych), a zwłaszcza zjawisk faktycznych, sprzecznych z zasadą neutralności światopoglądowej państwa, czy zasadą bezstronności władz publicznych w sprawach przekonań religijnych, światopoglądowych i filozoficznych. Te zasady zostały wyrażone odpowiednio w art. 10 ust. 1 ustawy z 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności umienia i wyznania oraz w art. 25 ust. 2 Konstytucji z 2 kwietnia 1997 r. Nasilenie wspomnianych zjawisk oraz ich niejednokrotnie ewidentny charakter dają podstawy do sformułowania stanowiska, że zasada neutralności światopoglądowej państwa nie obowiązuje faktycznie we współczesnej Polsce na skutek desuetudo. Sygnalizowane fenomeny prawne, polityczne i społeczne są także bardzo trudne do pogodzenia, by nie rzec — są sprzeczne — ze standardami dotyczącymi postawy państwa (władz publicznych) wobec religii, czy wspólnot konfesyjnych wyrażonymi w orzecznictwie ETPCz.

Trybunał Konstytucyjny w orzeczeniach z grudnia 2009 r. legitymizował odpowiednio wliczanie do średniej ocen na świadectwie szkolnym oraz finansowanie z budżetu państwa papieskich wydziałów teologicznych ^{[ 19 ]}. Państwo polskie wykazuje w swoim systemie prawnym wyraźne preferencje na rzecz katolicyzmu, a szerzej — na rzecz chrześcijaństwa. Ustawa z 7 września 1991 r. o systemie oświaty przewiduje w swej preambule, że nauczanie i wychowanie w ramach systemu oświaty w Rzczypospolitej Polskiej, zatem także w ramach szkół niepublicznych, ma respektować chrześcijański system wartości. Natomiast art. 18 ust. 2 ustawy z 29 grudnia 1992 r. o radiofonii i telewizji (t.j. Dz. U. z 2004 r., Nr 253, poz. Poz. 2531 z późn. zm.) obliguje nadawców radiowych i telewizyjnych, aby audycje szanowały uczucia religijne odbiorców, a zwłaszcza respektowały chrześcijański system wartości. Obowiązek respektowania oznacza coś więcej niż konieczność uznawania, czy uwzględniania. Użycie terminu „respektować" sugeruje, że z zasadniczym zobowiązaniem negatywnym obowiązanego podmiotu wiąże się określony obowiązek pozytywny ^{[ 20 ]}.

Państwo, szczególnie od 1991 r., w coraz większym stopniu finansuje wyższe szkolnictwo konfesyjne, głównie katolickie, kształcące przede wszystkim osoby duchowne ^{[ 21 ]}. Wyraźne preferencje zostały w omawianej dziedzinie przyznane Kościołowi katolickiemu. Z budżetu państwa pośrednio dofinansowywane są katolickie wyższe seminaria duchowne afiliowane przy papieskich wydziałach teologicznych. Dla porównania od ponad pięciu lat nie została uchwalona ustawa o finansowania z budżetu państwa jedynego Prawosławnego Seminarium Duchownego w Warszawie ^{[ 22 ]}. Państwo polskie finansuje krzewienie chrześcijaństwa w krajach misyjnych, pokrywając 100% składek na ubezpieczenie społeczne misjonarzy w okresie ich pracy na misjach. Jaskrawym przejawem odrzucenia przez władze publiczne bezstronności w sprawach religijnych było wsparcie udzielone przez budżet państwa oraz mazowiecki samorząd wojewódzki budowie monumentalnej Świątyni Opatrzności Bożej w Warszawie w latach 2006-2008 na kwotę 110 mln. zł. Opisane wsparcie może być interpretowane, jako wyrażenie przez władze publiczne poparcia dla postrzegania katolicyzmu jako konfesji narodowej Polaków, czyli w istocie rzeczy dla wykluczającego stereotypu Polaka — katolika.

Współcześnie w Polsce krzyż — symbol chrześcijaństwa — nabrał charakteru symbolu państwowego. Okoliczności jego umieszczania w instytucjach państwowych i samorządowych, w których sprawowana jest władza publiczna jednoznacznie wskazują, że w ten sposób państwo legitymizuje chrześcijaństwo (w istocie rzeczy katolicyzm), lansuje treści konfesyjne jako godne powszechnej aprobaty popierając je swoim autorytetem. Krzyże (krucyfiksy) znajdują się w salach posiedzeń izb parlamentarnych, czy szeregu organów stanowiących samorządu terytorialnego. Należy odnotować, iż próby umieszczenia symboli religijnych innych religii czy światopoglądów w salach posiedzeń rad miejskich zakończyły się niepowodzeniem. Albo w ogóle nie pozwolono ich zawiesić, jak w Gdańsku ^{[ 23 ]}, albo zostały one usunięte przez samych radnych (Szczecin) ^{[ 24 ]}.

Ewidentnie świadczą o promowaniu przez najwyższe władze publiczne katolicyzmu liczne uchwały Sejmu i Senatu. Sejm przyjął uchwałę m.in. ws. budowy w Warszawie Świątyni Opatrzności Bożej (1998), ws. 350. rocznicy zakończenia oblężenia Jasnej Góry (2005). ws. uczczenia 350. rocznicy Ślubów Lwowskich króla Jana Kazimierza, ws. 30 rocznicy rozpoczęcia pontyfikatu Jana Pawła II (2008), ws. 10. rocznicy wystąpienia Jana Pawła II w Sejmie, czy ws. przypadków prześladowania chrześcijan w Indiach (2009). Senat podjął uchwały m.in. ws. uczczenia postaci i dokonań błogosławionego Ojca Honorata Koźmińskiego (2008), dla uczczenia rocznicy śmierci Ojca Świętego Jana Pawła II (2008). ws. uczczenia 30. rocznicy wyboru Kardynała Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową (2008), czy ws. uczczenia 70. rocznicy śmierci świętej Urszuli Ledóchowskiej i uznania jej za wzór patriotki (2009). Szczególnie krytyczną, a zarazem pozbawioną podstaw merytorycznych, reakcję polskich izb parlamentarnych wywołał wyrok ETPCz z 3 listopada 2009 r. w sprawie Lautsi v. Włochy, w którym uznano obowiązkową ekspozycję krzyża w sali szkolnej we Włoszech za naruszającą prawo rodziców do wychowania dzieci zgodnie ze swoimi przekonaniami oraz wolność myśli, sumienia i wyznania. W związku z tym Sejm przyjął 3 grudnia 2009 r. uchwałę ws. ochrony wolności wyznania i wartości będących wspólnym dziedzictwem narodów Europy ^{[ 26 ]}. Senat podobnie podjął 4 lutego 2010 r. uchwałę ws. poszanowania Krzyża ^{[ 27 ]}. Postawę  znaczącej części polskich decydentów szczebla krajowego i lokalnego znamionuje w istocie rzeczy instrumentalny stosunek do symboli religijnych, czy ujmując rzecz szerzej — do samej religii. Symbole religijne są traktowana jako narzędzia mobilizacji potencjalnych wyborców, czy instrumenty poszukiwania społecznej legitymizacji w warunkach utrzymującej się od lat stosunkowo niskiej frekwencji wyborczej.

Władze polskie nie zachowały standardów neutralności i bezstronności w regulacji niektórych spornych spraw majątkowych między niektórymi konfesjami. Powyższy zarzut był aktualny w latach 1991 — 2010 r. w odniesieniu do Kościoła katolickiego i Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Na mocy ustawy z 17 maja 1989 r. o stosunku Państwa do Kościoła Katolickiego w RP osoby prawne tej konfesji nabyły własność znajdujących się w ich władania w dniu wejścia w życie wspomnianej ustawy nieruchomości, o ile w szczególności znajdowały się na nich cmentarze, obiekty sakralne z budynkami towarzyszącymi, z wyjątkiem kościołów garnizonowych (art. 60 ust. 1 pkt. 5). Nabycie własności dotyczyło także nieruchomości tego typu, w stosunku do których prawo własności posiadały dotychczas inne związki wyznaniowe. W ten sposób Kościół katolicki uzyskał własność m.in. ok. 100 byłych obiektów sakralnych Kościoła prawosławnego. W trakcie prac legislacyjnych strona prawosławna zgodziła się, że zainteresowane kościoły nie będą nawzajem dokonywać rewindykacji swych nieruchomości znajdujących się we władaniu drugiej strony ^{[ 28 ]}. Tych zasad ustawodawca nie zastosował jednak konsekwentnie wobec Kościoła prawosławnego. W art. 49 ustawy z 4 lipca 1991 r. o stosunku Państwa do PAKP wprowadzono i latami utrzymywano dyskryminujący stronę prawosławną wyjątek. Przewidziano bowiem, że uregulowanie stanu prawnego nieruchomości lub ich części, które przeszły na własność Państwa na podstawie dekretu z 5 września 1947 r. o przejściu na własność Państwa mienia pozostałego po osobach przesiedlonych do ZSRR (Dz. U. Nr 59, poz. 318 z późn. zm.), a były własnością diecezji, parafii, klasztorów lub innych instytucji grecko-katolickich (unickich) Diecezji Przemyskiej obrządku grecko-katolickiego oraz Administracji Apostolskiej Łemkowszczyzny i które pozostają we władaniu prawosławnych kościelnych osób prawnych określi odrębna ustawa. W ten sposób Kościół prawosławny nie nabył własności wobec 24. pounickich cerkwi na Podkarpaciu, przekazanych mu we władanie jeszcze w latach 50. i 60. XX wieku przez władze państwowe. Szereg z tych obiektów PAKP odbudował lub wyremontował własnym nakładem. Spór między Kościołem prawosławnym a obrządkiem unickim Kościoła katolickiego trwał kilkanaście lat ^{[ 29 ]}. Był prawdopodobnie najpoważniejszym konfliktem międzywyznaniowym o charakterze majątkowym po 1989 r. w Polsce. Niepowodzeniem zakończyło się kilka prób uchwalenia odpowiedniej ustawy, inicjowanych przez posłów związanych z PAKP. Rada Ministrów wyraźnie nie zamierzała włączyć się czynnie w jego rozstrzygnięcie, pomimo iż przyczyną sporu były działania naczelnych władz państwowych w minionym okresie historycznym. Rząd III RP uzależniał poparcie dla odpowiedniej regulacji ustawowej osiągnięciem porozumienia między samymi zainteresowanymi konfesjami. Rozstrzygnięcie omawianego sporu poprzez działania legislacyjne było, zdaniem Włodzimierza Bendzy ^{[ 30 ]}, skutecznie blokowane przez hierarchię Kościoła katolickiego w Polsce. Fiaskiem zakończyła się także próba rozstrzygnięcia sporu w drodze orzeczenia Trybunału Konstytucyjnego. Prawosławny Metropolita Warszawski i Całej Polskie wystąpił w imieniu Kościoła 15 lutego 2002 r. z wnioskiem do TK o stwierdzenie niezgodności z art. 25 ust. 1, art. 32, oraz art. 64 ust. 2 Konstytucji m.in. art. 49 ustawy z dnia 4 lipca 1991 r. Trybunał w orzeczeniu z 2 kwietnia 2003 r. (sygn. akt K 13/02) uznał konstytucyjność wspomnianego przepisu. Nie tylko nie rozstrzygnął sporu międzywyznaniowego, ale swoim orzeczeniem w istocie rzeczy utrwalił wadliwy stan prawny. Orzeczenie TK spotkało się z krytyką nie tylko ze względów merytorycznych, ale także z uwagi na poważne uchybienia merytoryczne, kładące się cieniem na bezstronności Trybunału ^{[ 31 ]}. Wnioskodawca wniósł zatem skargę o wznowienie postępowania z powodu nieważności. Skarga została jednak przez TK 17 lipca 2003 r. odrzucona z powodu niedopuszczalności orzekania, a postępowanie w sprawie umorzone. W konsekwencji Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny w dniu 30 września 2003 r. wystąpił do ETPCz ze skargą przeciwko Rzeczypospolitej Polskiej, zarzucając jej naruszenie: art. 6 § 1, art. 9, art. 13 i 14 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności oraz art. 1 Protokołu 1 do Konwencji. Postawa strony rządowej w toku postępowania przed Europejskim Trybunałem może być oceniana jako nosząca znamiona obstrukcji.

Perspektywa rozprawy przed ETPCz, wyznaczonej na 17 czerwca 2008 r., zatem dalszego umiędzynarodowienia, sprawy skłoniła wreszcie Radę Ministrów do aktywnego zaangażowania się w zakończenie tego sporu majątkowego. W wyniku negocjacji między przedstawicielami Kościoła prawosławnego, obrządku unickiego oraz Rządu 16 grudnia 2008 r. zostało osiągnięte pisemne porozumienie ^{[ 32 ]}. Stało się ono podstawą uchwalenia ustawy z 17 grudnia 2009 r. o uregulowaniu stanu prawnego niektórych nieruchomości pozostających we władaniu Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego ^{[ 33 ]}. Na jej podstawie PAKP uzyskał własność 21. cerkwi, Diecezja Przemyska obrządku grecko-katolickiego nabyła własność jednej świątyni, a Skarb Państwa zobowiązał się wypłacić każdemu z Kościołów ekwiwalent pieniężny za w sumie dwie nieruchomości, do których konfesje rościły sobie prawa. Nasuwa się zatem pesymistyczna konstatacje, że aż ponad 18 lat Państwo Polskie dojrzewało do podjęcia roli bezstronnego arbitra w konflikcie międzywyznaniowym, zgodnie ze standardami sformułowanymi w orzecznictwie strasburskim. Do działania najwyższe władze państwowe skłoniła dopiero realna perspektywa prestiżowej porażki przed Europejskim Trybunałem Praw Człowieka.

W III RP potwierdzono niedostateczne respektowanie standardów europejskich (strasburskich) w zakresie tzw. negatywnej wolności myśli, sumienia i wyznania. Zgodnie z utrwaloną linią orzecznictwa ETPCz jednostka ma prawo do niemanifestowania swojej religii lub przekonań i zachowania się w sposób, z którego można wyciągnąć wnioski na temat jego przekonań lub ich braku. W rezultacie władze państwowe nie mają prawa interweniować w dziedzinie wolności jak również domagać się informacji na temat jej przekonań, ani zmuszać ją do manifestowania swoich przekonań dotyczących wiary (zob. Alexandris v. Grecja, 19516/06, § 38). W wyroku z 2 lutego 2010 r. w sprawie Sinan Isik v. Turcja Europejski Trybunał Praw Człowieka orzekł w szczególności, że w sytuacji, gdy dokumenty tożsamości zawierają rubryki poświęcone religii, fakt pozostawienia takiej rubryki pustej będzie pociągał za sobą nieuchronne konotacje. Użytkownicy dokumentu tożsamości bez informacji dotyczącej religii będą się odróżniać, mimowolnie i na mocy ingerencji władz, od osób, które posiadają dokument tożsamości z wpisem o wyznawanej religii. Ponadto, w opinii Trybunału, żądanie, by w dokumencie tożsamości nie został dokonany żaden wpis, ma ścisły związek z najintymniejszymi przekonaniami jednostki. Wobec tego uznano, że w takim wypadku nadal dochodzi do ujawniania najintymniejszych przekonań jednostki. Taka sytuacja według ETPCz przeciwstawia się bez wątpienia koncepcji swobody w braku manifestowania swojego wyznania lub przekonań.

Polskie prawo krajowe zapewnia formalnie ochronę negatywnego aspektu wolności myśli sumienia i wyznania (wolności sumienia i wyznania). Ustawa z 17 maja 1989 r. o gwarancjach wolności sumienia i wyznania (tj. Dz. U. z 2000 r. Nr 26, poz. 319 z późn. zm.) do zakresu wspomnianej wolności zalicza także swobodę zachowania milczenia w sprawach swojej religii lub przekonań (art. 2 pkt. 5). Konstytucja w art. 53 ust. 6 zakazuje zmuszania kogokolwiek do uczestniczenia, ani do nieuczestniczenia w praktykach religijnych. Natomiast tzw. prawo do milczenia w sprawach religijnych i światopoglądowych zostało ujęte przez ustrojodawcę dość wąsko, tzn. w kontekście ograniczenia zakresu kompetencji władz publicznych. Zgodnie z art. 53 ust. 7 nikt nie może być obowiązany do przez organy władzy publicznej do ujawnienia swojego światopoglądu, przekonań religijnych lub wyznania.

W wyroku z 15 czerwca 2010 r. ws. Grzelak v. Polska Europejski Trybunał Praw Człowieka stwierdził jednakże, iż brak oceny w rubryce „religia/etyka", znajdującej się na świadectwie skarżącego, podlega aspektowi ochrony wolności myśli, przekonań i wyznania polegającego na ich nieujawnianiu, ponieważ brak takiej oceny odczytany może zostać, jako brak przynależności do określonej grupy wyznaniowej. Trybunał uznał, że niewpisywanie oceny z „religii/etyki" stanowi formę jego nieuzasadnionego piętnowania. W sumie stwierdzono naruszenie art. 14 w związku z art. 9 Konwencji. Naruszone zostało prawo skarżącego do nieujawniania swojej religii lub przekonań ^{[ 34 ]}.

Standardy obowiązujące w ramach szkolnictwa państwowego w sprawach religijnych i światopoglądowych zostały sformułowane zwłaszcza w orzeczeniu ETPCz w sprawie Lautsi przeciwko Republice Włoskiej, wydanym w pierwszej instancji 3 listopada 2009 r. ^{[ 35 ]} Szereg z istotnych konstatacji zawartych w tym wyroku zostało następnie powtórzonych w wyroku Wielkiej Izby Trybunału 18 marca 2010 r. ETPCz zasadniczą gwarancję w prawa rodziców do wychowania dzieci zgodnie ze swoimi przekonaniami religijnymi i filozoficznymi upatruje w otwartym środowisku szkolnym. Winno ono być "nastawione raczej na akceptację, niż na odrzucenie niezależnie od pochodzenia społecznego uczniów, ich wierzeń religijnych, czy korzeni etnicznych". Ideałem Trybunału jest zatem szkoła pluralistyczna, będąca "miejscem spotkań różnych religii i przekonań filozoficznych, w którym uczniowie mogą poznawać nawzajem swoje idee i tradycje". Proces ten nie może jednak odbywać się w sytuacji presji ze strony wyznawców danej religii czy światopoglądu, ani tym bardziej ze strony państwa. Na aprobatę zasługuje konstatacja Trybunału, że „szkoła nie powinna stanowić ceny dla działalności misjonarskiej, ani dla kazań". Szkoła nie może być zatem miejscem indoktrynacji uprawianej chociażby przez osoby prywatne. Można zatem przyjąć w kontekście powyższego, stabilnego stanowiska ETPCz, że szkoła państwowa powinna być miejscem koegzystencji osób o różnym światopoglądzie, czy wyznaniu. Nie ma być natomiast areną konfrontacji, względnie tłamszenia mniejszości przez większość. Tym większa staję się rola państwa i stanowionego przezeń prawa. W świetle orzeczenia z 3 listopada 2009 r. gwarantem otwartego, pluralistycznego charakteru szkolnictwa ma być zwłaszcza państwo. Taka rola wymaga od niego pewnego samoograniczenia — ma ono czuwać, aby wiedza, czy informacje przewidziane w programach szkolnych „były przekazywane w sposób obiektywny, pluralistyczny i krytyczny". Państwo nie może dążyć do indoktrynacji, będącej przejawem nieposzanowania przekonań religijnych i filozoficznych rodziców. ETPCz zaakcentował, że "tu leży granica, której nie wolno przekraczać. Państwo powinno zapewnić neutralność w państwowych placówkach edukacyjnych, gdzie obecność na lekcjach jest wymagana bez względu na wyznanie [...]". Ten ogólny postulat zapewnienia neutralności pociąga za sobą, jak można wnioskować, potrzebę limitowania przez państwo sposobów wyrażania przekonań w sprawach religijnych.

W praktyce polskie szkolnictwo podstawowe i średnie ma w zdecydowanej większości znamiona konfesyjne — katolickie. Lekcje religii, według danych Ministerstwa Edukacji Narodowej z 2010 r. prowadzone były w 72% szkół wszystkich szczebli i rodzajów (to ponad 27 tys. placówek), natomiast etyka nauczana była w 2,4% placówek (887), aczkolwiek odsetek ten wykazuje wzrost ^{[ 36 ]}. Zajęć ani z etyki ani z religii nie prowadzono w 2010 r. w ok. 10 tys. szkół ^{[ 37 ]}. W szkołach, w których jest nauczana religia, w przytłaczającej większości jest to religia katolicka. Jedynie na Śląsku Cieszyńskim oraz w niektórych rejonach Podlasia prowadzone są także lekcje odpowiednio religii ewangelicko-augsburskiej oraz prawosławnej. W pojedynczych placówkach publicznych nauczana jest religia niektórych innych konfesji mniejszościowych ^{[ 38 ]}. Trzeba odnotować, że ze środków publicznych finansowane jest zatrudnienie ponad trzydziestu tysięcy katechetów (w 2010 r. było to 31 625 osób) ^{[ 39 ]}. Są nimi w większości osoby duchowne (księża, zakonnicy, zakonnicy) konfesji rzymskokatolickiej. Niejednokrotnie w szkołach organizowane są nabożeństwa rzymskokatolickie, w których siłą faktów muszą uczestniczyć także dzieci i nauczyciele innych wyznań. W marcu i w kwietniu 2005 r., w związku z chorobą i agonią Jana Pawła II, miały miejsce przypadki organizowania wizyt całych grup przedszkolnych i klas szkolnych pod przewodnictwem nauczycieli przedmiotów świeckich w katolickich kościołach w celu wspólnego uczestniczenia w aktach kultu religijnego w intencji papieża. Nie zawsze odbywało się to za wiedzą i zgodą rodziców. W pomieszczeniach szkolnych w placówkach publicznych mogą wisieć tylko chrześcijańskie symbole religijne — krzyże. Praktyka w tym zakresie jest zróżnicowana. Są placówki publiczne, których krzyże zawieszono są tylko salach, przeznaczonych do prowadzenia katechezy. Znane są także przypadki szkół publicznych, w których klasach wiszą krzyże, a brak jest godła państwowego. Są także szkoły na terenach zamieszkałych przez różne wyznania chrześcijańskie, w których klasach zawieszane są krzyże o kształtach zgodnych z tradycją tych wyznań, np. katolickie i prawosławne. Są także takie publiczne placówki oświatowe, w których krzyże, w tym krucyfiksy, o rozmiarach ostentacyjnych, zawieszane w pomieszczeniach ogólnie dostępnych, np. na korytarzach szkolnych, przed wejściem do sekretariatu dyrekcji. Znany jest nawet przypadek umieszczenia w publicznej szkole podstawowej w jednym z największych miast w Polsce ołtarza katolickiego ^{[ 40 ]}.

Szczególnym fenomenem są szkoły publiczne, których patronami są wybitne postacie określonych wyznań, zwłaszcza święci, czy błogosławieni. Związane to jest przede wszystkim z nasilającym się w ostatnich latach zjawiskiem nadawania szkołom, również wyższym, imienia Jana Pawła II. W przypadku wymienionych postaci niezwykle trudne wręcz niemożliwe jest abstrahowanie od aspektu religijnego (kościelnego) ich życia i działalności publicznej. Tego rodzaju patronaty stają czynnikiem konfesjonalizacji placówek. Na eksponowanym miejscu znajduje się wizerunek patrona szkoła, rocznice związane z jego życiem są w placówce świętowane, a w uroczystościach bierze udział ogół uczniów i pracowników. Zdarzają się nawet przypadki zawieszania normalnych zajęć szkolnych w celu uczestnictwa w nabożeństwach. W opisanych warunkach cała szkoła publiczna może uzyskać charakter konfesyjnym, zaś stopień immisji treści religijnych oraz jej powszechność pozwala mówić o realnym niebezpieczeństwie indoktrynacji religijnej uczniów ^{[ 41 ]}. Generalnie rzecz biorąc polskie szkolnictwo publiczne nie służy upowszechnianiu postaw tolerancji w sprawach konfesyjnych, poszanowania pluralizmu religijnego i światopoglądowego. Jest ono natomiast częstokroć miejscem indoktrynacji religijnej ze strony katolickiej, a nawet prób standaryzacji wyznaniowej uczniów.

Niestety ustawa z 3 grudnia 2010 r. o wdrożeniu niektórych przepisów Unii Europejskiej w zakresie równego traktowania (Dz. U. Nr 254, poz. 1700) nie ustanawia zakazu nierównego traktowania osób fizycznych ze względu na religię, wyznanie, czy światopogląd w zakresie oświaty i szkolnictwa wyższego (art. 7).

W Polsce występują także niedostatki w zakresie respektowania wolności myśli, sumienia i wyznania osób znajdujących się w szczególnym stosunku podporządkowania. Wskazuje na to zwłaszcza wyrok z 7 grudnia 2010 r. ws. Jakóbski v. Polska. ETPCz stwierdził w nim naruszenie przez Państwo Polskie art. 9 Konwencji o ochronie praw człowieka i podstawowych wolności. Skarżącemu, skazanemu na karę pozbawienia wolności, wyznania buddyjskiego (szkoła mahajana) władze zakładów karnych, w których przebywał nie zapewniły, pomimo jego wielokrotnych próśb, diety bezmięsnej (wegetariańskiej), zgodnej z wyznawaną przez niego religią. Skarżący podnosił, że odmowa zapewnienia mu w zakładzie karnym bezmięsnych posiłków zgodnie ze wskazaniami wyznawanej przez niego religii stanowi naruszenie jego prawa do uzewnętrzniania wyznania poprzez przestrzeganie reguł buddyzmu. Trybunał oceniając zasadność skargi zwrócił uwagę na pozytywne obowiązki państwa w zakresie zagwarantowania wolności uzewnętrznia religii. Za istotne uznano zalecenie Komitetu Ministrów Rady Ministrów do państw członkowskich w sprawie Europejskich Reguł Więziennych, przyjęte w dniu 11 stycznia 2006 r., pomimo, że z formalnego punktu widzenia nie ma ono charakteru wiążącego. Wspomniany akt określający standardy diety więziennej stwierdza m.in., że więźniowie otrzymują pożywienie uwzględniające zwłaszcza ich religię i kulturę (reguła 22). W konkluzji ETPCz skonstatował, że władze nie zdołały odpowiednio wyważyć interesów władz więziennych i skarżącego wyrażających się w jego prawie do uzewnętrzniania swojego wyznania poprzez przestrzeganie zasad buddyzmu.

Stwierdzić należy w związku ze wspomniana sprawą brak pełnej zgodności polskiego prawa krajowego z ze standardami wynikającymi z Europejskich Reguł Więziennych. Na mocy art. 109 Kodeksu karnego wykonawczego z 6 czerwca 1997 r. skazani powinni otrzymywać posiłki uwzględniające zatrudnienie, wiek oraz, w miarę możliwości , przekonania religijne i tradycje kulturowe. W oparciu o wspomniany artykuł Minister Sprawiedliwości wydał w dniu 22 września 2003 r. Rozporządzenie w sprawie określenia wartości dziennej normy wyżywienia oraz rodzaju diet wydawanych osobom osadzonym w zakładach karnych i aresztach śledczych. Rozporządzenie dotyczy dwóch rodzajów specjalnych diet: diety lekkostrawnej i cukrzycowej. Nie przewidziano w nim diety wegetariańskiej. Natomiast standardy europejskie nie przewidują elementu uznaniowości przy realizacji wymogu respektowania przez władze zakładów karnych norm dietetycznych wynikających z religii wyznawanej przez osadzonego.

W prawie polskim utrzymują się ograniczenia wewnętrznej niezależności związków wyznaniowych. Jak potencjalne naruszenie standardów wynikających z orzecznictwa ETPCz można oceniać ograniczenie tylko do obywateli polskich możliwości występowania z wnioskami o rejestrację związku wyznaniowego przez Ministra Spraw Wewnętrznych i Administracji ^{[ 42 ]}. O rejestrację może wystąpić jedynie co najmniej 100. obywateli polskich posiadających pełną zdolność do czynności prawnych. Rejestracja jest konieczną przesłanką uzyskania przez wspólnotę religijną osobowości prawnej w formie organizacyjnej przewidzianej przez jej prawo wewnętrzne (statut) oraz uzyskania pewnych szczególnych uprawnień, które polski system prawnych przyznaje związkom wyznaniowym. ETPCz orzekł natomiast 5 października 2006 r. w sprawie Moscow Branch of the Salvation Army v. Russia, że obce pochodzenie założyciela wspólnoty nie stanowi dostatecznego uzasadnienia odmowy rejestracji ^{[ 43 ]}.

Ponadto ustawa o gwarancjach wolności sumienia i wyznania przewiduje odmienne, jak można generalnie sądzić — szerzej określone — przesłanki odmowy rejestracji związków wyznaniowych oraz ich wykreślenia z rejestru (zob. art. 33 ust. 3 oraz art. 36 ust. 1 pkt. 3, art. 36a ust. 1), niż przewidziane w art. 9 ust. 2 EKPCz przesłanki ograniczenia wolności uzewnętrzniania religii. Ustawodawca zwłaszcza nie przewidział jako wymogu odmowy rejestracji, czy wykreślenia z rejestru, konieczności tego rodzaju ograniczeń w demokratycznym społeczeństwie. Wprowadził natomiast nie przewidzianą w Konwencji przesłankę sankcjonujących działań władz publicznych - sprzeczność z przepisami ustaw chroniącymi władzę rodzicielską, czy ogólniejszą przesłankę sprzeczności przepisami ustaw chroniącymi bezpieczeństwo (a nie bezpieczeństwo publiczne). Zarazem jednak ustawa z 1989 r. przewiduje niektóre kryteria odmowy rejestracji, czy wykreślenia z rejestru wspólnot konfesyjnych w stopniu bardziej ograniczonym niż Konwencja ^{[ 44 ]}. Wydaje się, że dopiero ewentualne orzeczenie Trybunału w sprawie konkretnej skargi skierowanej przeciwko Polsce, rozstrzygnie, czy odmienności jej szczegółowego ustawodawstwa wewnętrznego w kontekście standardów zawartych w art. 9 ust. 2 EKPCz mieszczą się w ramach dopuszczalnego przez ETPCz tzw. „marginesu oceny". Generalnie trzeba jednak stwierdzić za Leszkiem Garlickim, że orzecznictwo ETPCz nakłada obecnie bardzo wysokie wymagania na władze publiczne w zakresie rejestracji wspólnot religijnych ^{[ 45 ]}.

Jako nieodpowiadające w pełni standardom Konwencji w zakresie respektowania wewnętrznej niezależności związków wyznaniowych można oceniać również postanowienia Konkordatu polskiego z 28 lipca 1993 r. wymagające, aby Stolica Apostolska mianowała biskupami w Polsce duchownych, którzy są obywatelami polskimi (art. 7 ust. 3). Biskup należący do Konferencji Episkopatu Polski, według traktatu, nie może należeć do krajowej Konferencji Episkopatu w innym państwie (art. 6 ust. 4), zaś biskup nie będący obywatelem polskim nie może należeć do Konferencji Episkopatu Polski. Taki hierarcha nie może sprawować jurysdykcji w Rzeczpospolitej Polskiej, z wyjątkiem legata lub innego wysłannika papieskiego (art. 6 ust. 5). Ograniczenia dotyczą także tworzenia struktur kościelnych ^{[ 46 ]}. Zgodnie z art. 6 ust. 2 umowy z 1993 r., żadna część terytorium polskiego nie może być włączona do diecezji lub prowincji kościelnej mającej swoją siedzibę poza granicami RP. Podobnie, żadna diecezja mająca swoją stolicę w Polsce nie będzie się rozciągała poza granice Państwa Polskiego (art. 6 ust. 3). Wymienione postanowienia Konkordatu wskazują na postrzeganie hierarchicznego Kościoła katolickiego przez właściwe władze polskie nie tylko jako organizacji religijnej ale jako podmiotu o charakterze politycznym, którego działalność może potencjalnie stać w sprzeczności z interesami państwa ^{[ 47 ]}.

Analogicznie krytycznie należy oceniać ograniczenia samorządności wyznań zawarte w art. 14 ust. 4 ustawy o gwarancjach wolności sumienia i wyznania oraz w art. 11 ust. 2 ustawy z 4 lipca 1991 r. o stosunku Państwa do Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego (Dz. U. Nr 66, poz. 287 z późn. zm.). W pierwszym przypadku ustawodawca wymaga ogólnie, aby o ile odrębna ustawa lub ratyfikowana umowa międzynarodowa nie stanowią inaczej, władze kościoła lub innego związku wyznaniowego upewniły się, czy minister właściwy do spraw wyznań religijnych nie wyraża sprzeciwu, wobec objęcia przez cudzoziemców stanowisk w kierowniczych organach wykonawczych związku wyznaniowego, w diecezjach (okręgach i porównywalnych jednostkach organizacyjnych), a nawet w parafiach (zborach, gminach i porównywalnych jednostkach organizacyjnych). Zgodnie z ustawą z 1991 r. przed utworzeniem jednostki organizacyjnej Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego poza granicami Rzeczypospolitej Polskiej Święty Synod ma obowiązek zasięgnąć opinii ministra właściwego do spraw wyznań religijnych. Ustawodawca w przypadku obu regulacji przewidział, że niezgłoszenie przez naczelny organ administracji wyznaniowej zastrzeżeń (w przypadku PAKP — uzasadnionych zastrzeżeń) w terminie 60 dni od daty powiadomienia uznaje się za wyrażenie zgody. W obu przypadkach również nie wskazano żadnych precyzyjnych przesłanek odmowy udzielenia owej zgody, co nadaje decyzjom ministra w tym zakresie charakter uznaniowy, pomimo że limitują wolność wyznawania religii w aspekcie kolektywnym ^{[ 48 ]}. Reasumując należy stwierdzić, że polskiego ustawodawcę charakteryzuje wyraźna nieufność w stosunku do cudzoziemców w zakresie realizacji przez nich wolności myśli sumienia i wyznania w ramach związków wyznaniowych. Opisany stan prawny zasługuje na negatywną ocenę w świetle art. 14 Konwencji, ustanawiającego zakaz dyskryminacji w szczególności ze względu na przynależność państwową, zwłaszcza w zakresie urzeczywistnienia gwarantowanej przez art. 9 EKPCz wolności uzewnętrzniania religii.

EKPCZ nie zakazuje istnienia kościoła państwowego, ani pomocy, czy współdziałania państwa dla najsilniej ustabilizowanych kościołów ^{[ 49 ]}. Na krytykę zasługuje wszakże długoletnie oczekiwanie przez szereg nierzymskokatolickich kościołów i innych związków wyznaniowych na regulację ich sytuacji prawnej zgodnie z art. 25 ust. 5 Konstytucji RP. Od 21 lutego 1997 r. nie zostały żadne nowe szczegółowe ustawy określające kompleksowo, zarazem szczegółowo stosunki między Państwem a określonymi wspólnotami wyznaniowymi. Przepis ustawy zasadniczej z 2 kwietnia 1997 r. przewidujący uregulowanie stosunków między RP a innymi, poza Kościołem katolickim, kościołami i związkami wyznaniowymi w formie ustaw uchwalonych na podstawie umów zawartych przez Radę Ministrów z ich właściwymi przedstawicielami doczekał się dotychczas tylko jednego przypadku urzeczywistnienia — 6 kwietnia 2011 r. ^{[ 50 ]} Polskie prawo krajowe nie zna podziału na związki wyznaniowe posiadające osobowość publicznoprawną oraz związki wyznaniowe mające osobowość prawną prawa prywatnego. Jednak można mówić w praktyce o zjawisku prawnej stratyfikacji wyznań. Istnieje przede wszystkim wyraźna różnica w zakresie statusu prawnego między związkami wyznaniowym zarejestrowanym a wspólnotami konfesyjnymi działającymi na podstawie odrębnych ustaw wyznaniowych. Zgodnie z ustrojową zasadą równouprawnienia związków wyznaniowych w przypadku uchwalenia odpowiednich szczegółowych ustaw wyznaniowych właściwym wspólnotom religijnym winny zostać na ich podstawie zagwarantowane takie same uprawnienia, jakie przysługują wyznaniom, które uzyskały już szczegółowe ustawy wyznaniowe, zwłaszcza w latach 1989-1991. Należy podkreślić, że ani polski ustrojodawca, ani ustawodawca nie przewidzieli żadnych kryteriów wszczęcia i prowadzenia odpowiednich negocjacji oraz zawarcia stosownych umów a następnie uchwalenia odpowiednich ustaw. Związki wyznaniowe są w praktyce zdane na uznanie Rady Ministrów w tym zakresie. Od momentu wejścia w życie Konstytucji RP, czyli od 17 października 1997 r., około trzydzieści kościołów i innych związków wyznaniowych reprezentujących różnorodne tradycje religijne wystąpiło do Rządu z wnioskami indywidualnymi bądź grupowymi o uregulowanie ich statusu prawnego zgodnie z art. 25 ust. 5 Konstytucji. Niektóre z pośród nich, jak Kościół Nowoapostolski, oczekują na wydanie odpowiedniej szczegółowej ustawy wyznaniowej ponad dwadzieścia lat ^{[ 51 ]}.

Potrzeba ustanowienia nowego ustawodawstwa wyznaniowego zgodnego z art. 25 ust. 5 Konstytucji, ale przede wszystkim respektującego ustrojową zasadę równouprawnienia kościołów i związków wyznaniowych (art. 25 ust. 1) jest szczególnie aktualna wobec wspólnot religijnych działających formalnie nadal na podstawie szczegółowych aktów ustawodawczych z lat 1928-1936 ^{[ 52 ]}. Są to akty nie respektujące w pełni zwłaszcza zasady wewnętrznej niezależności oraz autonomii związków wyznaniowych. Zostały one ustanowione w warunkach państwa wyznaniowego, sprawującego zwierzchnictwo nad związkami wyznaniowymi. W związku z tym przewidują istotne uprawnienia nadzorcze dla organów państwowych, a nawet łamią niekiedy wolność wyznawania religii w wymiarze kolektywnym. Około pięć lat temu Wschodni Kościół Staroobrzędowy nieposiadający hierarchii duchownej oraz Muzułmański Związek Religijny zwróciły się do Rady Ministrów o ustanowienie nowych ustaw odpowiadających w pełni standardom Konstytucji w zakresie wolności sumienia i wyznania oraz relacji państwo- związki wyznaniowe. Odpowiednie ustawy nie zostały jeszcze uchwalone ^{[ 53 ]}. W odniesieniu do wspomnianych wspólnot religijnych utrzymujący się niejasny stan prawny stanowi realną barierę dla realizacji kolektywnych uprawnień ze sfery wolności myśli, sumienia i wyznania.

Przedłużającą się procedurę uchwalenia dalszych ustaw wyznaniowych można oceniać w kontekście wyroku z 31 lipca 2008 r. ETPCz ws. Religionsgemeinschft der Zeugen Jehovas and Other v. Austria jako naruszająca zasadę niedyskryminacji (art. 14 EKPCz) w związku z kolektywną wolnością uzewnętrzniania religii (art. 9 ust. 1 EKPCz) ^{[ 54 ]}.

Polska w ostatnich latach w nielicznych, potwierdzonych orzeczeniami ETPCz, przypadkach naruszyła standardy europejskiej w dziedzinie wolności sumienia i wyznania. Szczegółowa analiza stanu prawnego, a przede wszystkim praktyki funkcjonowania organów władzy publicznej oraz życia publicznego nie daje jednak powodów do satysfakcji. Za dziedziny, w których odstępstwa od standardów strasburskich są bodaj najbardziej widoczne, zarazem mogące spowodować najbardziej szkodliwe następstwa dla poszczególnych osób oraz grup religijnych czy światopoglądowych, można uznać oświatę publiczną oraz postawę władz publicznych (m.in. w sferze symboliki i oficjalnego ceremoniału) wobec różnorodnych religii i światopoglądów funkcjonujących w społeczeństwie. W kwestii zmiany tego stanu w kierunku respektowania standardów wynikających z Konwencji 1950 r., należy zachować bardzo ostrożny optymizm.