Pierwotnie najwyższe zwierzchnictwo nad Kościołem posiadał cesarz rzymski, tym niemniej bywały okresy w których dominowała władza duchowieństwa. Później, na kilka wieków, rozgorzała rywalizacja. „Wikariusze Chrystusa" nierzadko wychodzili zwycięsko z owych bojów o wpływy, papieże strącili z tronów co najmniej sześciu królów, kilkunastu obłożyli ekskomunikami.

We wczesnym Średniowieczu Karol Wielki (742-814) sam uregulował sprawy kościelne, osądził papieża, rozstrzygał nawet, niczym dawni cesarze rzymscy, sprawy doktrynalne Kościoła. W czasie pontyfikatu Mikołaja I (858-867) papiestwo stało się potęgą. Sam Mikołaj rozkazywał władcom, „tak jakby był panem całego globu" (Deschner).

W X w., w czasie odrodzenia się cesarstwa rzymskiego (choć narodu niemieckiego), papieże zostali podporządkowani cesarzom. Papiestwo znalazło się na dnie upadku. Cesarz Henryk III (1017-1056), ojciec upokorzonego w Canossie Henryka IV, pozbawił rzymskie stronnictwo arystokratyczne wpływu na wybór papieża, złożył z urzędu trzech papieży i mianował trzech papieży Niemców.

Próba wyrwania się Kościoła spod władzy świeckiej doprowadziła do otwartego sporu pomiędzy papieżem Grzegorzem VII (1073-1085), a cesarzem Henrykiem IV w roku 1075. Jeszcze kilka lat wcześniej Grzegorz miał dalekosiężne plany osobistej wyprawy na niewiernych. Jego marzeniem było samodzielne poprowadzenie wielkiej krucjaty dla odbicia Jerozolimy. Proponował nawet Henrykowi IV, aby ten pod jego nieobecność kierował sprawami świata chrześcijańskiego, aż do czasu kiedy papież wróci ze Wschodu. Plany te wkrótce runęły i krucjaty musiały zostać odłożone na kilkadziesiąt lat, bowiem papież rozpoczął wielki konflikt z cesarstwem znany pod nazwą tzw. sporu o inwestyturę, w związku z tym, że był rozniecony wokół praktyki wręczania przez króla nowo mianowanemu biskupowi pierścienia i pastorału jako symbolu nadawanego mu biskupstwa. Papież Grzegorz uznał to za zbyt daleko idącą ingerencję władzy świeckiej w sprawy władzy duchowej.

Grzegorz był niewątpliwie osobą o usposobieniu autokratycznym. Arcybiskup Bremy, Liemar pisał o nim: "Ten niebezpieczny człowiek pozwala sobie rozkazywać biskupom niczym swoim ekonomom". Kiedy zaognił się spór o mianowanie biskupstwa mediolańskiego papież wydał dokument zwany Dictatus Papae, który określał absolutną władzę papieża nad światem, cesarzem i innymi władcami.

24 stycznia 1076 r. synod niemieckich biskupów w Wormacji z inspiracji Henryka IV specjalnym oświadczeniem złożył Grzegorza z urzędu papieskiego. Pisał wówczas cesarz do papieża: „Wyrokiem wszystkich naszych biskupów i nas samych jesteś potępiony, uniż się, zejdź z papieskiego tronu, do którego rościłeś sobie prawo. Pozwól innemu zasiąść na Piotrowym tronie — temu, który nie będzie maskował gwałtu udawaną religijnością, lecz będzie nauczał czystej doktryny św. Piotra. Ja, Henryk, z Bożej łaski król, razem ze wszystkimi naszymi biskupami mówię ci: uniż się, uniż się!"

Dumny Grzegorz oczywiście ani o tym myślał. W reakcji na to podjął rękawicę. Niezwłocznie sporządził wówczas i ogłosił podniosłe wezwanie, w którym pisał: „Jest mi powierzona… od Boga dana moc związywania i rozwiązywania w niebie i na ziemi. Wsparty tym zaufanie, za cześć i w obronie Kościoła..., w imieniu Wszechmogącego Boga Ojca i Syna i Ducha Świętego..., zabraniam królowi Henrykowi… występującemu z niesłychaną zuchwałością przeciw Twemu Kościołowi, sprawowania rządów w całym królestwie niemieckim i we Włoszech, a wszystkich chrześcijan zwalniam z więzów przysięgi..., nakładam na niego w Twoim zastępstwie pęta klątwy".

Cała te retoryka bardzo przemówiła do wyobraźni biskupom, z których wielu rychło pognało przez Alpy, paść na kolana i prosić o wybaczenie.

Aby uzyskać odpowiednie wsparcie dla swoich idei supremacji nad cesarzem, papież utworzył krąg sprzymierzeńców Stolicy Apostolskiej. Tworzyły go kraje, które uznały zwierzchność papieża. Należała do nich również Polska. Papież odszukiwał w archiwach watykańskich dokumentów, które dawały jakiekolwiek przesłanki, do tego, aby dany kraj uznało się lennikiem papieskim (np. dawne nadania, płacenie świętopietrza i in.). I tak pisał Grzegorz do władców europejskich:

"Od ludzi starszych twojej ojczyzny mogłeś wiedzieć, że królestwo węgierskie jest własne świętego Kościoła rzymskiego, od króla niegdyś Stefana świętemu Piotrowi ze wszelkim prawem i władzą oddane. Ty jednak, i w innych sprawach od zacności i obyczajów królewskich odstępując, uszkodziłeś prawo i cześć św. Piotra, ile od ciebie zawisło, gdy — jako słyszymy — przyjąłeś jego królestwo jakoby lenno króla niemieckiego. I nie odzyskasz łaski św. Piotra ani naszej przychylności inaczej, jak chyba gdy naprawiwszy swój błąd uznasz, że to berło, które trzymasz jest lennem Majestatu Apostolskiego, a nie królewskiego" (do Salomona, 28 grudnia 1074 r.)

"Sądzę, iż jest Ci wiadome, że królestwo węgierskie, jako też inne przezacne królestwa, powinno istnieć o własnej swobodzie, a nie podlegać królom innych królestw, lecz tylko świętej i powszechnej Matce, Kościołowi rzymskiemu, która swoich poddanych nie ma za sługi, lecz wszystkich jako synów podejmuje" (do Gejzy, 23 marca 1075 r.)

"Chcemy, aby Wam było wiadome, co dla Waszej chwały nie tylko przyszłej, ale i teraźniejszej jest bardzo przydatne, że wedle dawnych ustanowień królestwo hiszpańskie jest nadane św. Piotrowi i św. Kościołowi rzymskiemu na własność, co jednak przeszłych czasów niepokoje i niejaka naszych poprzedników niedbałość przyćmiła..." (do "królów, komesów i innych panów Hiszpanii", 28 czerwca 1077 r.)

Podobnież pisał do władców Anglii i Danii. Ponadto obdarował koronami królewskimi władcę Polski — Bolesława i władcę chorwacko-dalmatyńskiego — Dymitra Swinimira. Ten ostatni składał taką oto przysięgę koronacyjną:

"Ja, Dymitr Wojewoda, przez Ciebie (legata papieskiego) umocowanego chorągwią, berłem, mieczem i koroną inwestowany i do rządzenia królestwem postanowiony, obiecuję wypełnić wszystko, co mi Jego Świętobliwość poleci, tak iż cokolwiek Stolica Apostolska jako też jej legaci w tym królestwie uchwalili albo uchwalą, tego nieodwołalnie dopilnuję; dwieście bizantów trybutu rocznego płacić postanawiam; (...) Ja, Dymitr, z Bożej łaski i z daru Stolicy Apostolskiej król, świętemu Piotrowi i panu memu papieżowi Grzegorzowi, i jego następcom będę wierny" (1076 r.).

Świeccy wrogowie Henryka upatrzyli w klątwie papieża szansy dla siebie na obalenie króla. „Książęta niemieccy z radością powitali tak nieoczekiwane uświęcenie swego buntu, a jesienią mieli już przyjemność sądzić Henryka na zjeździe w Triburze" (Ch. Brooke). Dostał wówczas alternatywę: albo uzyska od papieża absolucję albo zostanie pozbawiony tronu. W początkach roku 1077, zagrożony na wschodzie przez Bolesława Śmiałego i obłożony papieska klątwą, cesarz Henryk, przeciw któremu zbuntowali się poddani — czołgał się na kolanach u wrót zamku Canossa, błagając papieża o zdjęcie anatemy.

Pierwszy etap sporu papiesko-cesarskiego, zapoczątkowanego przez Grzegorza VII, zakończył się konkordatem wormackim. Utorował on drogę prawu elekcji biskupów przez kapituły katedralne. Wywołał doniosłą zmianę w położeniu Kościoła i stanu duchownego w Niemczech. Sama elekcja biskupia wpłynęła na pewne uniezależnienie się biskupów od króla. Następnie inwestytura biskupia nabrała znamion podobnych do znamion świeckiej inwestytury wasali korony. Uposażenia biskupie stały się bowiem w Niemczech terytoriami o charakterze podobnym do świeckich terytoriów książąt terytorialnych. Biskupi niemieccy stali się władcami w księstwach biskupich, książętami Rzeszy. Przestaną być odtąd posłusznym jak dawniej narzędziem władzy monarszej — obok świeckich książąt walczyć będą o uzyskanie pełnego władztwa terytorialnego, staną się wraz z nimi czynnikami rozbicia jedności kraju.

Formowanie przez Hildenbranda (Grzegorza VII) obozu antycesarskiego kontynuowali jego następcy. Pod berłem papieskim znalazły się kolejne kraje: Szwecja, Krzyżacy, Portugalia, Bułgaria, Litwa, i in. Oczywiście wraz z podległością wasalną należało papieżowi uiszczać odpowiedni „podatek", niektórzy się z tym ociągali, jednak zawsze ostro napominano opornych. Hadrian IV (1154-1159) pisał do króla Szwedów: "Umiłowani synowie etc. już bez wątpienia Twoja miłość wie, że królestwo Gotów od momentu, kiedy poznano w nim imię Chrystusa zostało poddane władzy Księcia Apostołów i jego następców, a Goci swoje berła bogobojnie poddają pod stopy św. Piotra, któremu odtąd co roku płacą trybut. Pouczamy tedy waszą miłość i przypominamy, byś bez zwłoki przysłał to, co świętej i powszechnej Matce słusznie się należy…".Również papież Aleksander III (1159-1181) strofował króla Szwecji: "Król ten spóźnia się z płaceniem regularnego podatku, chociaż dobrze wie, że to królestwo jest własnością Matki — Kościoła świętego i powszechnego".

W XII-XIV w. Włochy podzielone są na dwa obozy: stojących po stronie papieża (Gwelfowie — Guelfi — od saskiego rodu Welfów, wówczas głównych rywali cesarza w Niemczech) oraz cesarza (Gibellini - Ghibellini — od Waiblingen, zamku niemieckiej dynastii cesarskiej Hohenstaufów). Najaktywniej podział ten zaznaczył się w XIII w.

W 1202 Innocenty III (1198-1216) wydaje sławną bullę, która kontynuuje myśl o zwierzchniej władzy świeckiej Kościoła: "Nie tylko w Państwie Kościelnym nad którym mamy pełnię władzy w sprawach doczesnych, ale i na innych obszarach — co do niektórych spraw — pełnimy jurysdykcję w sprawach doczesnych w porządku przyczynowym — (dodaje): są trzy rodzaje spraw (sądów): pierwsze między krwią a krwią, przez które rozumie się sprawy kryminalne, ostatnie między trądem a trądem, przez które rozumie się sprawy kościelne i pośrednie przez które rozumie się sprawy między sprawą a sprawą, które odnoszą się do obu: kościelnych i cywilnych. Jeśliby w tych sprawach coś było trudne lub dwuznaczne należy uciec się do rozstrzygnięć Stolicy (Apostolskiej)". Innocenty III zasłynął z podporządkowania sobie Anglii, którą król zmuszony został oddać w papieskie lenno.

W 1245 roku papież Innocenty IV (1243-1254) „zdymisjonował" cesarza i odsądził od korony cesarskiej całą dynastię Hohenstaufów. Był to koniec konfliktu, który wybuchł na początku XIII wieku między papieżem Innocentym III (1198-1216) a cesarzem Fryderykiem II. Był to największy upadek cesarstwa, a zwłaszcza dynastii Hohenstaufów, stanowił on preludium ponad dwudziestoletniego tzw. Wielkiego Bezkrólewia w Niemczech.