Początkowo działania rewolucyjne we Francji nie były skierowane przeciwko religii i katolicyzmowi. Ojcowie rewolucji nie mieli zakusów zgniecenia Kościoła, a jedynie jego reformy, w szczególności zniesienia wszystkich próżniaczych zakonów oraz pozbawienia Kościoła bogactw. Antyreligijny rys Rewolucji wypracowali sami ludzie Kościoła i teologowie. To jeden ze sztandarowych błędów w ocenie rewolucji: Kościół dostał główny cios nie z zewnątrz, lecz od zbuntowanych duchownych.

Francuski Kościół osiemnastowieczny poddany był procesowi rozkładu moralnego i intelektualnego, jednak wciąż był ogromny i bogaty, siłą 130 tys. duchowieństwa i posiadaniem wielkiej części ziem (w Pikardii własnością Kościoła było 30%, podczas gdy w Cambresis — ponad 60%; w całej Francji Kościół posiadał co najmniej szóstą część ziemi). Stan duchowny nie był oczywiście monolitem i wewnętrznie targany był równie silnymi podziałami, co całe społeczeństwo. Jego „stanem trzecim" byli księża parafialni, zarabiający po kilkaset liwrów, jakieś 1300 razy mniej niż główni hierarchowie krajowego Kościoła.

Była to „osobliwa mieszanka próżniactwa i pracowitości" (P. Johnson). Pracowici byli na ogół szeregowi księża i niektórzy zakonnicy opiekujący się biednymi i chorymi. Próżniactwo uprawiała cała nadmiarowa reszta. Przy czym parafialnych nie było wcale najwięcej. Np. w Angers w 1789 r. na 34 tys. ludności przypadało siedemdziesięciu dwóch kanoników i czterdziestu paru duchownych parafialnych, sześćdziesięciu mnichów, czterdziestu braciszków zakonnych oraz ponad trzysta siostrzyczek. Istniała ogromna liczba różnorakich instytucji kościelnych, walących w dzwony na każdą godzinę dnia i nocy, przez co domy przy rynku „nieomal nie nadawały się do zamieszkania".

Część kleru sympatyzowała z les philosophes. Benedyktyni z klasztoru św. Albina wystawili gipsowe popiersia Woltera i Rousseau, zaś o. Cotolle de la Blandiniere, lokalny teolog i autor Podręcznika diecezjalnego poświęcił Wolterowi entuzjastyczny wykład inauguracyjny w Akademii w Angers. Najbardziej sztandarowym przedstawicielem tej części kleru okazał się Jean Meslier, proboszcz w Etrépigny i But, we francuskiej Szampanii. Był człowiekiem niezwykle prawym, wstrzemięźliwym, surowych obyczajów. Żył samotnie i ascetycznie, oddając się kształcącym lekturom. Jako kapłan niezwykle troszczył się o swoją trzodę, wspomagał z własnych dochodów biedotę. Był nieustraszonym obrońcą sprawiedliwości, piętnował nadużycia panów wobec ludu, umierając rozdał wszystko swym parafianom. Niesłychany wyzysk ludu jakiego ówcześnie był świadkiem, żyjąc wśród chłopstwa gniecionego z jednej strony przez panów świeckich, a z drugiej przez duchownych, popchnęły go do sformułowania postulatów przeobrażeń społecznych w duchu wzajemnej miłości i egalitaryzmu. Głosił on: „Wszyscy ludzie są równi z natury", w czasie kiedy papieże potępiali to w encyklikach (np. w tym samym wieku Pius VI pisał o „równości wyuzdanej", sprzecznej z zamysłem boskim, dodając: „społeczeństwo ludzkie nie jest niczym innym niż ogólną umową słuchania królów"). Po swej śmierci zostawił parafianom dzieło swego życia — testament duchowy, w którym wyznaje całą prawdę o religii, której był funkcjonariuszem. Żaden ateista, heretyk, schizmatyk czy innowierca nie napisał nigdy tak antyreligijnej książki jak ten wiejski proboszcz, który umierając prosi o przebaczenie, że nauczał chrystianizmu. W zakończeniu pisał: "Religia w samej swojej istocie jest wrogiem radości i dobrobytu ludzi. Błogosławieni ubodzy! Błogosławieni, którzy płaczą! Błogosławieni są ci, co cierpią! Biada tym, którzy żyją w obfitości i radości! Oto rzadkie odkrycia, głoszone przez chrystianizm! (...) Myślę, drodzy przyjaciele, że dostatecznie zabezpieczyłem was przed tymi szaleństwami. Rozum wasz sprawi więcej jeszcze niż moje wywody. (...) Kończąc błagam Boga, tak przez tę sektę znieważonego, aby raczył nas przywrócić do religii naturalnej, której chrystianizm jest otwartym wrogiem, do tej świętej religii, którą Bóg włożył w serca wszystkich ludzi i która uczy, abyśmy nie czynili bliźniemu, co nam nie jest miłe. A wtedy świat składać się będzie z dobrych obywateli, ze sprawiedliwych ojców, posłusznych dzieci i czułych przyjaciół". Tuż po ukazaniu się pierwszego wydania zostało ono natychmiast skazane na spalenie na stosie przez Parlament paryski. Później wielokrotnie było skazywane na tęż samą karę przez inne trybunały (ostatni raz w 1838). Zachwycali się tym dziełem francuscy filozofowie. Wolter pisał o nim w listach do swych znajomych : „Jan Meslier musi nawrócić ludzkość. Dlaczego ewangelia jego trafiła do rąk tak niewielu?"; „Za mało jest Meslierów, a za dużo łajdaków". W roku 1793 Konwent Narodowy Francji uchwalił wniosek skierowany do Komitetu Oświecenia Publicznego „z propozycją wzniesienia pomnika proboszczowi Janowi Meslier … pierwszemu księdzu, który miał odwagę i siłę przekonania, aby wyrzec się błędów religijnych" — głosi dekret Konwentu z 17 listopada.

Dla kontrastu, wszystko to tonęło w istnym średniowieczu, ciemnocie i wyzysku. Dwa razy w miesiącu w katedrze paryskiej wystawiano publicznie relikwie. W publicznych procesjach stale obnoszono wydumane części anatomiczne świętych, które miały służyć za cudowne amulety katolicyzmu — takie jak głowa św. Lupusa, kości Sereniusza i Godeberta, ramię św. Juliana, strzępek szaty Najświętszej Panienki i pukiel jej włosów, krew św. Maurycego czy ząb św. Decentego. Kiedy w 1757 r. otwarto w katedrze średniowieczny grób wśród tłumu rozeszła się pogłoska o niezwykłym odkryciu - odnalezieniu nowego świętego. Oszalałe pospólstwo rozdrapało szczątki na części, nie zostawiając ani jednego zęba. Klasztor benedyktynek traktowano jako bezpieczną przechowalnię dla „dobrze urodzonych", lecz niezamożnych, aby mogły żyć na odpowiednim do urodzenia poziomie, bez wykonywania zajęć upokarzających na które skazywałby je brak środków.

Najgłośniejsze wołanie o reformę w Kościele było z szeregów kleru parafialnego, który większość les philosophes uważała za pożyteczny społecznie. W 1787 r. zniesiono obowiązek wyznawania i praktykowania katolicyzmu. Co ciekawe, na wniosek kardynała i arcybiskupa Tuluzy, Loménie de Brienne, przyjaciela Woltera. Uzyskał on od Ludwika XVI edykt zapewniający wolność sumienia; sądy otrzymały prawo rejestrowania urodzin i małżeństw osób, które ze względu na sumienie lub wyznanie nie chciały korzystać z usług proboszczów w tym zakresie. Niemniej wciąż prawo do kultu publicznego zastrzeżone było wyłącznie dla Kościoła Katolickiego. „Wszyscy się zgadzali, że mnisi muszą odejść" (Paul Johnson). W 1790 r. wydano dekret o rozwiązaniu i sprzedażywszystkich klasztorów, poza tymi, które prowadziły działalność oświatową lub dobroczynną. Nikt nie protestował przeciwko temu. Ale katolicyzmu niszczyć nie zamierzano. Zgromadzenie Narodowe „widziało w Kościele ważną część etycznej maszynerii państwa: któż bowiem, gdyby nie było Kościoła, przeszkodziłby służącym kraść łyżeczki?" (Johnson). Stany Generalne zwołane na wiosnę 1789 rozpoczęły się procesją z Najświętszym Sakramentem, niesionym przez abpa Paryża, de Juigné, za którym ze świecami paradowali m.in. Mirabeau i Robespierre. Od konkordatu z 1516 r. pomiędzy Franciszkiem I a wyjątkowym papieżem Leonem X, Kościół gallikański był państwowy. Ojcowie rewolucji nie tylko nie zamierzali wprowadzać rozdziału Kościoła i państwa, lecz przeciwnie wręcz — związek ten zacieśnić.

Dzięki samym ludziom Kościoła: biskupom nawróconym na ateizm i proboszczom niewierzącym w etyczny wymiar Kościoła jako instytucji i chrześcijaństwa jako ideologii, ostatecznie Rewolucja nabrała charakteru także antyreligijnego i antyklerykalnego. Zmiany polityczne oraz decyzje w Zgromadzeniu Narodowym katalizował zaangażowany teatr antyklerykalny. Dziesięciny zniesiono na wniosek księcia de Châtelet, któremu na stopę nadepnął biskup Chartres planowanym cofnięciem praw łowieckich. Przejęcie i sprzedaż majątków kościelnych nie napotykały na praktycznie żaden sprzeciw. Z entuzjazmem cofnięto annaty papieskie, czyli daninę, którą nowo mianowany biskup przekazywał do Rzymu. 4 sierpnia 1789 r., po zburzeniu Bastylii, kierowany strachem kler złożył wszystkie swe prawa „w ręce tak sprawiedliwego i tak szlachetnego narodu jak naród francuski", jak prawił wówczas z egzaltacją arcybiskup Paryża. W końcu września w obliczu pustki w skarbie państwa kler zaakceptował wniosek o przekazanie państwu wszystkich złotych i srebrnych naczyń liturgicznych oraz ozdobnych szat.

Sukcesywne ustępstwa zakończyły się wreszcie wnioskiem biskupa Talleyranda, zgłoszonym 10 października 1789 o sekularyzacji wszystkich dóbr Kościoła. Wniosek został przyjęty przez Konstytuantę 2 listopada. Uchwała nakładała na państwo obowiązek finansowania potrzeb kultu i innych służb Kościoła oraz uposażeń dla kleru. Dekret Konstytuanty przekazywał na rzecz państwa dobra ziemskie o szacowanej wartości 3 miliardów franków. Zaczęła się wówczas sprzedaż tych ziem, zakończona na krótko przed zawarciem konkordatu z 1801 r. Przez dziesięć lat państwo żyło z uzyskanych stąd dochodów.

Kulminacyjnym elementem zmian w stosunkach wyznaniowych było opracowanie przez Komitet Kościelny Konstytuanty „Konstytucji cywilnej kleru", mającej na celu przystosowanie Kościoła do nowych porządków. Jej projekt został przyjęty 12 lipca 1790 r. Dwa dni później biskup Talleyrand odprawił uroczystą mszę w rocznicę zdobycia Bastylii. „Była to wspaniała manifestacja braterstwa" (J. Hajjar, Historia Kościoła). Dokument ten podzielił na dwa obozy całe duchowieństwo francuskie. Niemniej zawierał zapowiedzi takich zmian spośród których wiele stało się normalnym elementem państw świeckich, inne wciąż czekają na realizację i wchodzą w skład postulatów liberalnych środowisk kościelnych. Konstytucja zmieniała przede wszystkim podział administracyjny Kościoła dopasowując go do podziału państwa (diecezje dopasowano do departamentów). Zmniejszono liczbę metropolii. Parafie przeludnione podzielono, zaś wyludnione połączono. Wprowadzano stałe państwowe wynagrodzenia dla urzędników kościelnych. Pod groźbą utraty pensji wprowadzono obowiązek przebywania przez duchownych w miejscach ich zatrudnienia, co likwidowało dawne nadużycia w tej kwestii. Zniesiono beneficja kleru niezwiązane z duszpasterstwem (m.in. tzw. kanonikaty). Kluczowym elementem Konstytucji było wprowadzenie nowoczesnej demokracji w Kościele: biskupi mieli być wybierani przez wszystkich przedstawicieli departamentów, elektorzy w gminach i dystryktach mieli wybierać proboszczów. Biskupi mieli zawiadamiać Stolicę Apostolską o dokonanych wyborach. Uważa się, iż była to ostateczna konsekwencja gallikanizmu, która przekazała ludowi uprawnienia, które przysługiwały dotąd królowi. W walce Rzymu oraz części francuskiego Kościoła przeciwko Konstytucji cywilnej należy mocno podkreślić jeden fakt: nie chodziło o odebranie przywileju obsadzania stanowisk władzom kościelnym, gdyż te nie miały go już od dawna, nie tylko zresztą we Francji papiestwo akceptowało obsadzanie stanowisk biskupich przez władców świeckich. Chodziło o demokrację w Kościele, o przekazanie tych uprawnień ludowi, wiernym. Z tym tak zacięcie walczył kler, nierzadko poświęcając na ołtarzu kościelnego absolutyzmu i monarchizmu własne życie. Konstytucja została przez papieża potępiona w brewe Quod aliquantum z 10 marca 1791 r. Niemniej jednak w Kościele francuskim od listopada 1790 do maja roku następnego niemal w każdą niedzielę odbywały się wybory i zaprzysięganie demokratycznie wybranych biskupów.

W tych warunkach rodziła się koncepcja państwa świeckiego, sięgająca korzeniami w głąb Oświecenia.