Jak podaje Wolter: "pewien biskup Warmii miał dzierżawcę anabaptystę i poborcę socyniana. Proponowano mu, aby wygonił i prześladował jednego za to, że nie wierzy w konsubstancjalność, a drugiego za to, że chrzcił swego syna dopiero w piętnastu latach. Odpowiedział, że na tamtym świecie będą potępieni na wieki, ale że na tym są mu bardzo potrzebni .

"Sprawa dysydentów— pisał w 1766 r. Nikita Panin do Mikołaja Repnina — nie ma być zupełnie pretekstem do rozkrzewienia w Polsce naszej wiary i protestanckich wierzeń, lecz jedynie dźwignią gwoli pozyskaniu sobie za pomocą naszych jednowierców i protestantów silnego i przyjaznego stronnictwa z prawem uczestnictwa we wszystkich polskich sprawach [...] Religie protestanckie, uśmierzając przesądy i ograniczając władzę duchowieństwa, łatwo mogłyby nadmiernym swoim rozpowszechnieniem wyprowadzić Polaków z ciemnoty, w której dotąd jeszcze w większości swej są pogrążeni, a wyzwoleniem ich z niej mogłyby doprowadzić ich stopniowo do zaprowadzenia u siebie nowych porządków, które ześrodkowując w jednym miejscu całą ich wewnętrzną siłę [...] mogłyby rychło zwrócić się na szkodę Rosji, opiekunki ich w obecnym czasie, a rywalki pierwszej i głównej w przyszłości" ^{[ 1 ]}.

"Bar, mieścina żydowska, kończono ja palsadować, albo, powiem, dobrym płotem obwodzić, jak na niego wjeżdżałem, błyszczał tylko na wjeździe klasztor karmelitański murowany, z nowym cmentarzem również murem obwiedziony, gdzie ów sławny Marek[ks. Jandołowicz, karmelita, kapelan i religijny przywódca grup konfederackich] przeorował i cuda miał stwarzać ! [...] Józefa Pułaskiego, marszałka związkowego, zastałem okrytego obrazami i relikwiami; za jego przykładem, a raczej za mocą opinii, wszyscy te świątobliwe pozawieszali na się szyszaki [...] Nie piszę tego duchem wyszydzenia, wiem dobrze z mych dziejów jak waleczni nasi przodkowie zaśpiewawszy: Boga rodzica Dziewica [...] uderzali i znosili hufce nieprzyjaciół, ale muszę też dodać, że gdy nasze Piasty śpiewały pobożnie, bili się walecznie; wzywali podług swej opinii duchowej Wojciecha i Stanisława, męczenników, pomocy, ale używali broni zaczepnej i odpornej jakiej używać wieki kazały. ale militarność ich była do militarności czasów i nieprzyjaciół; my, powiedzmy prawdę, zachowawszy zabobonność naddziadów, zachowaliśmy razem tylko i ich piki z wieku dwunastego na wiek osiemnasty. ^{[ 2 ]}".

Klemens XIV stwierdził, że rozbiór Polski jest w interesie religii
Rozwiązanie zakonu jezuitów najlepiej spożytkowała Austria i Polska. W Polsce z ich majątku powstała Komisja Edukacji Narodowej — pierwsze w Europie ministerstwo edukacji. Szkoły jezuickie zastąpiono szkołami Komisji, w których po raz pierwszy nauczano „nauki moralnej", czyli etyki świeckiej.

Dążeniom do podporządkowania Kościoła państwu sprzyjał prymas Gabriel Podolski, który już w 1767 r. wystąpił z koncepcją znacznego ograniczenia wpływu Rzymu na hierarchie polską. Projekt prymasowski upadł z powodu sprzeciwu Rosji. Koncepcje te odżyły ponownie w przygotowanym nowym kodeksie pod kierownictwem Andrzeja Zamoyskiego. Oto niektóre postanowienia w dot. Kościoła:

• zakaz apelowania do Kurii Rzymskiej
• wszystkie sprawy związane z Kościołem rozstrzygane przez miejscowy trybunał złożony z biskupów polskich pod przewodnictwem nuncjusza
• miejscowy trybunał kościelny kieruje całością życia kościelnego w Rzeczypospolitej
• bulle i inne dekrety papieskie mogą być publikowane po uzyskaniu zgody Warszawy
• podporządkowanie zakonów władzy polskich biskupów
• ograniczenie przyjęć do zakonów
• ograniczenie zapisów testamentowych na rzecz Kościoła

Katolicki nuncjusz papieski Jan Andrzej Archetti zawarł porozumienie z prawosławnym ambasadorem Rosji w Polsce Stackelbergem które miało doprowadzić do obalenia postępowego kodeksu prawa, co osiągnięto na sejmie w 1780 r. Rzym przestrzegał wcześniej nuncjusza, aby ów sojusz nie wyszedł "nieopatrznie na jaw z naszą szkodą". "Sejm roku 1780 potępił i odrzucił Zbiór praw sądowych eks-kanclerza Andrzeja Zamoyskiego. Posłowie rwali księgę, pluli między jej karty, deptali nieszczęsne strzępy. Niemal nikt z potępiających kodeksu nie przeczytał. Ludzie działali na ślepo, zostali bowiem zawczasu odpowiednio nastawieni, spreparowani propagandą. Batalią pokierował, rozegrał ją nuncjusz papieski, Jan Andrzej Archetti. Projekt Zamoyskiego zmierzał do uporządkowania stosunków kościelnych, był w tym względzie dość radykalny. Można w nim dopatrzyć się znamion niejakiego antyklerykalizmu, antykatolicyzmu nie było ani cienia. Wiara i wolność kultu nie doznałyby żadnego uszczerbku. Przewidywano ograniczenia materialne, polegające na zakazie nabywania nowych dóbr i działalności zarobkowej, konkurencyjnej w stosunku do mieszczaństwa. Jedynie proboszczowie, obarczeni obowiązkiem zakładania szkół, mogliby nabywać ziemię. Majątki uzyskane nieprawnie, wbrew konstytucjom, powróciłyby do skarbu państwa. Projekt zakładał utworzenie — pod prezydencją każdorazowego nuncjusza ! — trybunału duchownego, instancji ostatecznej w procesach o charakterze religijnym, zabraniał publikowania bulli i rozporządzeń papieskich bez uprzedniego rozpatrzenia ich przez władze państwowe" ^{[ 3 ]}.

Projekt Andrzeja Zamoyskiego zdecydowanie przekroczył zakres pojęcia „praw sądowych", sięgnął w dziedzinę prawa państwowego i dlatego powinien być uważany za uśmierconego poprzednika Konstytucji Trzeciego Maja. Zmierzał do wzmożenia autorytetu króla, dawał mu ogromnie ważne prawo wystawiania glejtów bezpieczeństwa, listów żelaznych dla mieszczan i chłopów, poszukujących sprawiedliwości u władzy państwowej. Wprowadzał zasadę karnej odpowiedzialności źle pracujących, niedbałych urzędników wszelkich stopni. Urzędy, dygnitarstwa i dostojeństwa sprawowała w Rzeczpospolitej szlachta, magnaci. Odpowiedzialność karna za szkodliwą działalność publiczną to koniec anarchii, fundament porządku państwowego. Nigdy i nigdzie nie da się wydajnie pracować, jeśli wielmożni lub w ogóle możni nie odpowiadają za swe uczynki.

Nie zakończyło to jeszcze prób emancypacji Kościoła polskiego. Bez rozgłosu, jednakże skutecznie, politykę józefińską realizował kolejny prymas Polski, brat króla — Michał Poniatowski. Prymas przeprowadził sekularyzację wielu klasztorów; identycznie jak Józef II w Austrii starał się kierować działalność kleru parafialnego ku zadaniom oświatowym i administracyjnym. Reformie tej sprzyjała część wyższego duchowieństwa, z księciem biskupem warmińskim Ignacym Krasickim. Biskup w swej twórczości ośmieszał zacofanie i próżniactwo kleru zakonnego.

W Konstytucji 3 Maja kler miał zagwarantowany dominujący wpływ na szkolnictwo (prymas jako wirylista był prezesem komisji edukacyjnej — odpowiednik dzisiejszego ministra edukacji) oraz rządy w państwie (prymas był pierwszym elementem Straży Praw — odpowiednik dzisiejszej Rady Ministrów).