>bezpośrednie korzyści z bioróżnorodności...

W tej materii najlepsza jest moja żona.
Tego lata serwowała sałatki z pokrzyw i łopianu.
Czekam właśnie na korzysci.

>serwowała sałatki z pokrzyw i łopianu.
>Czekam właśnie na korzysci.

Nie zauważysz ich. Te korzyści to wolniejsze starzenie się, mniej zachorowań, dłuższe życie... ale to nie jest temat tego wątku.

---

doku

Cytat:

Wal śmiało. Raczej mnie nie obchodzi. Ogólnie zgadzam się z Tobą co do korzyści z biotechnologi ale nie znaczy to ,że możemy wszystkie gatunki utrzymać przy życiu. Za wyginięcie wielu odpowiedzialny jest człowiek ale mnóstwo ginie z innych przyczyn. W miejsce jednych przychodzą następne, lepiej przystosowane więc może czasem od nich/ z nich można się więcej nauczyć.

>(...) Ogólnie zgadzam się (...) co do korzyści z biotechnologi ale nie znaczy to ,że możemy wszystkie gatunki utrzymać przy życiu. Za wyginięcie wielu odpowiedzialny jest człowiek ale mnóstwo ginie z innych przyczyn. W miejsce jednych przychodzą następne, lepiej przystosowane więc może czasem od nich/ z nich można się więcej nauczyć.

Chodzi właśnie o te które giną wskutek ekspansji człowieka. Dzieje się to na coraz szybszą i większą skalę. Natomiast powstawanie nowych gatunków trwa bardzo długo, no i muszą mieć z czego ewoluować.

>Chodzi właśnie o te które giną wskutek ekspansji człowieka.

Nie wyrozumiałem tego z tekstu. Może masz rację.

no i muszą mieć z czego ewoluować.

To prawda.

Należałoby także przypominać że ekologia to również dziedzina nauki zajmująca się badaniem relacji organizmów ze środowiskiem.

>Należałoby także przypominać że ekologia to również dziedzina nauki zajmująca się badaniem relacji organizmów ze środowiskiem.

Przypominajmy więc. Przy tej okazji pozwolę sobie zwrócić uwagę na dwa aspekty.

Po pierwsze, wszystkie organizmy na Ziemi są organizmami symbiotycznymi w tym sensie, że są organizmami złożonymi z różnych genomów lub są składnikami takich organizmów złożonych. Na ten fakt zwracała uwagę Lynn Margulis - najgenialniejszy biolog w historii i zdaniem niektórych fizyków, jedna z najgenialniejszych osób w historii nauki w ogóle. Margulis zwraca uwagę na fakt, że wiedza naukowa na temat związków symbiotycznych jest w powijakach. Jest dla mnie oczywiste, że złożoność tych zagadnień i ogrom potrzebnej wiedzy na ten temat (którą powinniśmy mieć ze względu na jej użyteczność dla jakości życia ludzi), przekracza sumę wszystkich dyscyplin wiedzy, jaką ludzkość dotychczas zgromadziła. Nie jesteśmy w stanie przewidzieć, gdzie i kiedy nastąpią kluczowe odkrycia w tej dziedzinie.

Warto wiedzieć, że Margulis jest jak dotychczas autorką jedynej ścisłej definicji gatunku i jedynej ścisłej teorii powstawania nowych gatunków - teorii symbiogenezy. W uproszczeniu gatunek jest zdefiniowany poprzez zbiór organizmów posiadających tę samą kombinację organizmów symbiotycznych, a nowy gatunek powstaje wtedy, gdy powstanie nowa kombinacja składowych organizmów symbiotycznych, np. w wyniku udanej inwazji na organizm, który nie utraci zdolności rozmnażania się i matka potrafi przekazać dzieciom nowego symbionta. Wydaje się, że trudno przecenić wartość bioróżnorodności dla nauki z tej perspektywy.

Po drugie, jednym z najważniejszym mechanizmów odpowiedzialnych za wynalazczość organizmów żywych w celu coraz lepszego dostosowania do warunków życia, jest kradzież technologii (w celu lepszego zobrazowania zagadnienia celowo używam antropomorfizacji). Istnieją wirusy i bakterie (a także inne organizmy i byty biologiczne), które potrafią skopiować lub wyciąć i ukraść komuś jakiś gen, a potem wkleić go do genomu innego organizmu, np. człowieka. Jest to mechanizm wielokrotnie efektywniejszy i bezpieczniejszy niż zwyczajne głupie mutacje - jest on głównym źródłem prawdziwych wynalazków w przyrodzie, a nie takich zwyczajnych wynalazków, które daje nam mechanizm crossing over - które niejako tylko czekają na swojego odkrywcę. Jeżeli teraz pomyślimy o tym, ile gatunków zostało wytępionych przez człowieka i jak bardzo wzrosło niedawno (wskutek wycinania lasów pod plantacje biopaliwowe) tempo niszczenia kolejnych gatunków, możemy wyobrazić sobie, jak wiele genów wyginie, bez szansy sprawdzenia się w nowych kombinacjach z genami innych gatunków.

Jestem pewien, że gdzieś tam, w genomie jakiejś żmii czy ośmiornicy, czeka na nas jakiś gen, który po wszczepieniu do naszego genomu, w kombinacji z genami, które już mamy, da nam zdolności, o jakich nam się nie śniło. I wcale nie musimy czekać na przypadkowe przeniesienie tego genu przez jakiegoś wirusa - rozwijamy przecież własną inżynierię genetyczną.

Niszczenie przyrody przez człowieka jest najgłupszą stroną jego działalności.

---

doku

>(...) Niszczenie przyrody przez człowieka jest najgłupszą stroną jego działalności.

Najgłupszą bo też samobójczą, człowiek sam podcina gałąź na której siedzi.

>W uproszczeniu gatunek jest zdefiniowany poprzez zbiór organizmów posiadających tę samą kombinację organizmów symbiotycznych, a nowy gatunek powstaje wtedy, gdy powstanie nowa kombinacja składowych organizmów symbiotycznych

A czym "organizmy symbiotyczne" w definicji Margulis różnią się od genów?

>Jestem pewien, że gdzieś tam, w genomie jakiejś żmii czy ośmiornicy, czeka na nas jakiś gen, który po wszczepieniu do naszego genomu, w kombinacji z genami, które już mamy, da nam zdolności, o jakich nam się nie śniło. I wcale nie musimy czekać na przypadkowe przeniesienie tego genu przez jakiegoś wirusa - rozwijamy przecież własną inżynierię genetyczną.

Nie, nie musimy czekać na przypadkowe przeniesienie genu ośmiornicy przez wirusa, bo to niemożliwe. W pierwszej kolejności to geny ośmiornicy musiałby dokonać inwazji na geny wirusa...

Obcy gen, który po wszczepieniu da nam zdolności o jakich nam się nie śniło... Trochę mi to pachnie Spidermanem, ale może kiedyś... czemu nie.

Za to bardzo mnie dziwi, że w ewentualnej możliwości wszczepiania nam cudzego DNA widzisz powód ochrony przyrody. Bo jak wytępimy jakąś mrówkę to nigdy się nie dowiemy co by było jakbyśmy mieli jakiś jej gen.
No nie wiem, czy to zachęca do segregacji śmieci.

>A czym "organizmy symbiotyczne" w definicji Margulis różnią się od genów?

Tym samym, czym w innych defincjach organizmu. Organizm jest zbiorem komórek, z których każda ma cały genom, a dopiero ten składa się z genów. Gen jest więc czymś malutkim, a organizm czymś ogromnym.

>W pierwszej kolejności to geny ośmiornicy musiałby dokonać inwazji na geny wirusa...

Niekoniecznie.

> bardzo mnie dziwi, że w ewentualnej możliwości wszczepiania nam cudzego DNA widzisz powód ochrony przyrody.

Każdy nieznany DNA może okazać się cenny.

> jak wytępimy jakąś mrówkę to nigdy się nie dowiemy co by było jakbyśmy mieli jakiś jej gen.

Dlatego trzeba oszczędzić mrówkę.

---

doku

>>A czym "organizmy symbiotyczne" w definicji Margulis różnią się od genów?
>Tym samym, czym w innych defincjach organizmu. Organizm jest zbiorem komórek, z których każda ma cały genom, a dopiero ten składa się z genów. Gen jest więc czymś malutkim, a organizm czymś ogromnym.
Czyli organizm człowieka składa się z organizmów będących zbiorem komórek?
A gdzie przebiegają granice tych organizmów?

>>W pierwszej kolejności to geny ośmiornicy musiałby dokonać inwazji na geny wirusa...
>Niekoniecznie.
Zamieniam się słuch.

>> jak wytępimy jakąś mrówkę to nigdy się nie dowiemy co by było jakbyśmy mieli jakiś jej gen.
>Dlatego trzeba oszczędzić mrówkę.
Nie tylko dlatego.

>Czyli organizm człowieka składa się z organizmów będących zbiorem komórek?

...oraz będących jednokomórkowcami, oraz będących bakteriami, oraz ...

>A gdzie przebiegają granice tych organizmów?

Zwykle tam, gdzie błona komórkowa

>Zamieniam się słuch.

Wyobraź sobie, że jakaś bakteria symbiotyczna ośmiornicy wymienia się genami z bakterią symbiotyczną człowieka, i że jest to gen jądrowy ośmiornicy pozyskany przez nią wcześniej przy użyciu plazmidu czy bezpośrednio przez własne mechanizmy rabunkowe albo np. w czasie wojny symbiontów towarzyszącej zapłodnieniu.

>Nie tylko dlatego.

Pełna zgoda. Zauważ, że ja już wymieniłem przynajmniej cztery różne powody (biotechnologia, medycyna, ekologia, inżynieria genetyczna), dla których powinniśmy chronić zagrożone gatunki, dlatego Twoja ostania uwaga wygląda podejrzanie niegrzecznie - co Cię nagle skłoniło do tej insynuacji: "tylko"? Czyżbyś był wegetarianinem i masz mi za złe, że nie piszę o współczuciu?

Dobrze, podam ten piąty powód: tak, szkoda mi wymierających zwierząt - są miłe, piękne i jesteśmy im winni wdzięczność za to wszystko, czym nas obdarzają. Nie pisałem o tym, bo wydawało mi się to mało racjonalne, jak na to forum.

---

doku

>w czasie wojny symbiontów towarzyszącej zapłodnieniu.
Po tym zdaniu widzę, że dalsza dyskusja jest bez sensu.

Doku, ja naprawdę zupełnie nie złośliwe Ci radzę poczytać poważniejsze książki z dziedziny genetyki. Można zacząć od podręcznika biologii do liceum...

>>w czasie wojny symbiontów towarzyszącej zapłodnieniu.
> Po tym zdaniu widzę, że dalsza dyskusja jest bez sensu.

Naprawdę nie znasz tego zjawiska? To smutne, że z tą niewiedzą próbujesz być niegrzeczna. Agresja nie jest właściwą reakcją w zetknięciu z nową wiedzą.

Po co wchodzić na takie forum, jeśli się jest z założenia zamknięty na nową wiedzę? Zazdrościsz Margulis jej geniuszu? Co Cię gryzie?

---

doku

>>Należałoby także przypominać że ekologia to również dziedzina nauki zajmująca się badaniem relacji organizmów ze środowiskiem.
>Przypominajmy więc. Przy tej okazji pozwolę sobie zwrócić uwagę na dwa aspekty.
>Po pierwsze, wszystkie organizmy na Ziemi są organizmami symbiotycznymi w tym sensie, że są organizmami złożonymi z różnych genomów lub są składnikami takich organizmów złożonych. Na ten fakt zwracała uwagę Lynn Margulis - najgenialniejszy biolog w historii i zdaniem niektórych fizyków, jedna z najgenialniejszych osób w historii nauki w ogóle.
Że teoria endosymbiozy przewróciła nasze rozumienie wczesnych etapów ewolucji to się zgodzę ale co do reszty twych tez byłbym sceptyczny:

>Warto wiedzieć, że Margulis jest jak dotychczas autorką jedynej ścisłej definicji gatunku i jedynej ścisłej teorii powstawania nowych gatunków - teorii symbiogenezy.W uproszczeniu gatunek jest zdefiniowany poprzez zbiór organizmów posiadających tę samą kombinację organizmów symbiotycznych, a nowy gatunek powstaje wtedy, gdy powstanie nowa kombinacja składowych organizmów symbiotycznych, np. w wyniku udanej inwazji na organizm, który nie utraci zdolności rozmnażania się i matka potrafi przekazać dzieciom nowego symbionta.
Nie i nie. Dużo bardziej ścisłą i jasną definicją gatunku jest biologiczna koncepcja gatunku Mayra bazująca na wspólnych pulach genowych populacji składających się na dany gatunek. Można by się spytać jak określić które organizmy "są te same", wszak nie chodzi chyba o konkretne osobniki. Ale żeby wyróżniać grupy osobników (gatunki?) trzeba JUŻ mieć jakieś kryterium (definicję). A jeśli chodzi o powstawanie gatunków to teorie specjacji allopatrycznej, a nie symbiogenezy są dobrze udokumentowane.

>Po drugie, jednym z najważniejszym mechanizmów odpowiedzialnych za wynalazczość organizmów żywych w celu coraz lepszego dostosowania do warunków życia, jest kradzież technologii (w celu lepszego zobrazowania zagadnienia celowo używam antropomorfizacji). Istnieją wirusy i bakterie (a także inne organizmy i byty biologiczne), które potrafią skopiować lub wyciąć i ukraść komuś jakiś gen, a potem wkleić go do genomu innego organizmu, np. człowieka. Jest to mechanizm wielokrotnie efektywniejszy i bezpieczniejszy niż zwyczajne głupie mutacje - jest on głównym źródłem prawdziwych wynalazków w przyrodzie, a nie takich zwyczajnych wynalazków, które daje nam mechanizm crossing over - które niejako tylko czekają na swojego odkrywcę.
To jednak mutacje są źródłami nowości w przyrodzie. A same organizmy niczego sobie nie kradną dla własnych korzyści - to geny "włamują się" do maszyn przetrwania innych genów i nader często (jak pokazują na przykład retrowirusy takie jak HIV czy wirusy onkogenne) szkodzą im.
Jeżeli teraz pomyślimy o tym, ile gatunków zostało wytępionych przez człowieka i jak bardzo wzrosło niedawno (wskutek wycinania lasów pod plantacje biopaliwowe) tempo niszczenia kolejnych gatunków, możemy wyobrazić sobie, jak wiele genów wyginie, bez szansy sprawdzenia się w nowych kombinacjach z genami innych gatunków.
Transfer genów między odległymi taksonami rzeczywiście istnieje (co zresztą pokazuje idiotyczność argumentów o "nienaturalności" inżynierii genetycznej) to jednak istotne znaczenie w ewolucji odgrywa głównie u bakterii i wirusów, u dużych organizmów dużo mniejsze.
>Jestem pewien, że gdzieś tam, w genomie jakiejś żmii czy ośmiornicy, czeka na nas jakiś gen, który po wszczepieniu do naszego genomu, w kombinacji z genami, które już mamy, da nam zdolności, o jakich nam się nie śniło.
Możemy być prawie pewni że nie wystąpi to naturalnie, choć inżynieria genetyczna może to ułatwić.

Różnorodność biotyczna jest istotna o tyle, że ekosystemy stanowią złożone układy, i czasami wyginięcie zaledwie kilku gatunków kluczowych skutkuje zniszczeniem całego ekosystemu.

>Że teoria endosymbiozy przewróciła nasze rozumienie wczesnych etapów ewolucji to się zgodzę ale co do reszty twych tez byłbym sceptyczny

Ufam Margulis. Teoria symbiogenezy jest chyba najbardziej złożoną teorią w nauce, a przynajmniej tak mi się wydaje. Dlatego żadnej z tez w tym temacie nie nazwę "swoimi", gdyż nie łudzę się, że ogarniam całość zagadnienia. Ufam więc Margulis i tym nielicznym naukowcom, którzy ją rozumieją.

> Dużo bardziej ścisłą i jasną definicją gatunku jest biologiczna koncepcja gatunku Mayra bazująca na wspólnych pulach genowych populacji

To nie jest moim zdaniem ścisłe, prawdopodobnie różnimy się w rozumieniu znaczenia słowa "ścisły". Pojęcie "wspólna pula genowa populacji" nie określa podzbioru w nadzbiorze. Ta definicja jest poza tym niedobra, ponieważ nie nadaje się dla paleontologii.

Definicja symbiogenetyczna jest na tyle ścisła, że równie precyzyjnie definiuje gatunek w czasie jak i w przestrzeni.

>teorie specjacji allopatrycznej, a nie symbiogenezy są dobrze udokumentowane.

Teorie te nie są sprzeczne. Teoria symbiogenezy jest teorią nową, bardziej ogólną i bardziej ścisłą.

>To jednak mutacje są źródłami nowości w przyrodzie.

Mutacje są źródłem szkód. Źródłem nowości jest crossing over i analogiczne mechanizmy międzygatunkowe.

> A same organizmy niczego sobie nie kradną dla własnych korzyści

Idealnym przykładem, że nie masz racji, jest spotkanie dwóch bakterii i wymiana między nimi genów. A zdarza się, że nie jest to wymiana, tylko zwyczajny rabunek. Taki mechanizm rozbudowy genomu przez bakterie jest znany już od dość dawna. Jest to prosty pierwotny mechanizm "poszukiwania" nowości. Mechanizm ten ewoluował razem z bakteriami, organizmami jednokomórkowymi i wielokomórkowymi, komplikując się i różnicując w procesie ewolucji tak samo jak "zainteresowane" nim organizmy. Powstały skomlikowane relacje symbiotyczne między bakteriami a innymi organizmami, wykorzystującymi inne bakterie, wirusy, plazmidy i inne naturalne wektory.

Inżynieraia genetyczna nie została wymyślona przez człowieka, to naturalny mechanizm ewolucji. "Cel" jednak zawsze był ten sam - znaleźć nowy gen, który da przewagę nad konkurencją. Wszystkie tego rodzaju mechanizmy poszukiwania i wymiany genów były silnie wspierane przez proces selekcji naturalnej.

>Transfer genów między odległymi taksonami rzeczywiście istnieje (co zresztą pokazuje idiotyczność argumentów o "nienaturalności" inżynierii genetycznej) to jednak istotne znaczenie w ewolucji odgrywa głównie u bakterii i wirusów, u dużych organizmów dużo mniejsze.

To jest złudzenie wynikające z tego, jak mało jeszcze wiemy o związkach symbiotycznych i rzeczywistych rozmiarach strumienia genów w transferze międzytaksonowym. Ta najbardziej skomplikowana dyscyplina naukowa jest dopiero w powijakach, nawet nie mamy zsekwencjonowanych genomów choćby po jednym przedstawicielu każdego gatunku.

A nie zapominajmy, że taki np. genom człowieka składa się z tysięcy genomów wszystkich naszych symbiontów, a każdy gen każdego naszego symbionta może składać się na budowę fenotypu człowieka, np. jego inteligencji czy wrażliwości. Więc nawet gdybyś miał rację w kwestii wielkości strumienia transferu, to i tak zwyczajna wymiana genów między bakteriami - naszymi symbiontami - może skutkować dokładnie tak samo jak wymiana genów między człowiekiem i żabą, wystarczy że bakterie-symbionty człowieka wymienią się genami z bakteriami-symbiontami żaby.

Margulis stworzyła nowy paradygmat, który otwiera nam oczy na fakt, jak bardzo małe znaczenie mają mutacje jako źródło nowości. Model teorii ewolucji nabrał dzięki temu precyzji i spójności, gdyż mutacje można w modelu potraktować wyłącznie jako czynnik destrukcyjny, niszczący pracę dokonaną przez selekcję naturalną.

Ja jestem pełen pokory wobec ogromu naszej niewiedzy na temat nieznanych gatunków, związków symbiotycznych, transferu genów. Wiem także o tym, jak mało wiemy na temat naszych własnych symbiontów, szczególnie tych najmniejszych, najtrudniejszych do wykrycia symbiontów wewnątrzkomórkowych. Czytałem kiedyś artykuł w Świecie Nauki o odkryciu mechanizmu niektórych infekcji bakteryjnych z wysoką gorączką. Otóż gdy pierwsze linie obrony naszego układu odpornościowego zawiodą, okazuje się, ze niektóre nasze symbiotyczne bakterie mogą taką infekcję potraktować jak próbę inwazji na swoją ojczyznę (tak wygląda pojedynczy organizm z perspektywy symbiotycznych bakterii). Gwałtownie się wtedy mnożą i niszczą najeźdźców samą przewagą liczebną. Niestety, skutkiem ubocznym jest obarczenie organizmu gorączką i całym tym pobojowiskiem, co daje objawy chorobowe. Lekarz zauważa tylko tych naszych obrońców i sądzi, że to oni byli źródłem zakażenia. Odkrywcy tego mechanizmu przyznają, że nie wiemy ile jest takich populacji obrońców w naszym organizmie i ile chorób zakaźnych ma taki właśnie przebieg. Wciąż nie wiemy, czy bakterie, które uważamy za chorobotwórcze, nie są tylko po prostu naszymi symbiontami, które tworzą drugą, po układzie odpornościowym, linię obrony przed intruzami - nie rozumiemy nawet, w czyim interesie jest ta obrona: czy przegrana naszych symbiontów i opanowanie ich niszy przez najeźdców nie byłoby korzystne dla całego organizmu?

---

doku

>Idealnym przykładem, że nie masz racji, jest spotkanie dwóch bakterii i wymiana między nimi genów. A zdarza się, że nie jest to wymiana, tylko zwyczajny rabunek. Taki mechanizm rozbudowy genomu przez bakterie jest znany już od dość dawna. Jest to prosty pierwotny mechanizm "poszukiwania" nowości. Mechanizm ten ewoluował razem z bakteriami, organizmami jednokomórkowymi i wielokomórkowymi, komplikując się i różnicując w procesie ewolucji tak samo jak "zainteresowane" nim organizmy. Powstały skomlikowane relacje symbiotyczne między bakteriami a innymi organizmami, wykorzystującymi inne bakterie, wirusy, plazmidy i inne naturalne wektory.
Taka teleologia jest, w przeciwieństwie do doboru genowego niespójna. Skąd organizmy mają wiedzieć jakie geny im się przydadzą?
Powiem tak, o teorii endosymbiozy Margulis słyszał każdy biolog i jest ona najszerzej zaakceptowaną teorią powstania eukariontów. Ale jeśli faktycznie Margulis zaczęła wygadywać i pisać takie bzdury jak ty przedstawiasz to pobiła pod względem stężenia mistycyzmy Lovelocka z koncepcją Gai.

>>Transfer genów między odległymi taksonami rzeczywiście istnieje (co zresztą pokazuje idiotyczność argumentów o "nienaturalności" inżynierii genetycznej) to jednak istotne znaczenie w ewolucji odgrywa głównie u bakterii i wirusów, u dużych organizmów dużo mniejsze.
>To jest złudzenie wynikające z tego, jak mało jeszcze wiemy o związkach symbiotycznych i rzeczywistych rozmiarach strumienia genów w transferze międzytaksonowym. Ta najbardziej skomplikowana dyscyplina naukowa jest dopiero w powijakach, nawet nie mamy zsekwencjonowanych genomów choćby po jednym przedstawicielu każdego gatunku.
Po pierwsze skoro mało wiemy to skąd wiemy że to złudzenie? Po drugie nie trzeba sekwencjonować genomu każdego gatunku - gdyby przepływ genów był masowy, jego ślady byłyby obecne w każdym genomie - wszak każdy z nas ma miliardy przodków niektórzy musieliby doświadczyć tego transferu.

>Margulis stworzyła nowy paradygmat, który otwiera nam oczy na fakt, jak bardzo małe znaczenie mają mutacje jako źródło nowości. Model teorii ewolucji nabrał dzięki temu precyzji i spójności, gdyż mutacje można w modelu potraktować wyłącznie jako czynnik destrukcyjny, niszczący pracę dokonaną przez selekcję naturalną.
Endosymbioza była istotnym wydarzeniem. Ale bakterie maja kilkaset lub najwyżej kilka tysięcy genów, a my ich potomkowie dziesiątki tysięcy. Dziesiątki tysięcy nowych genów wytworzonych przez mutację, a nie kombinacje starych, wymienianych na różne sposoby genów naszych przodków.
>Ja jestem pełen pokory wobec ogromu naszej niewiedzy na temat nieznanych gatunków, związków symbiotycznych, transferu genów. Wiem także o tym, jak mało wiemy na temat naszych własnych symbiontów, szczególnie tych najmniejszych, najtrudniejszych do wykrycia symbiontów wewnątrzkomórkowych. Czytałem kiedyś artykuł w Świecie Nauki o odkryciu mechanizmu niektórych infekcji bakteryjnych z wysoką gorączką. Otóż gdy pierwsze linie obrony naszego układu odpornościowego zawiodą, okazuje się, ze niektóre nasze symbiotyczne bakterie mogą taką infekcję potraktować jak próbę inwazji na swoją ojczyznę (tak wygląda pojedynczy organizm z perspektywy symbiotycznych bakterii). Gwałtownie się wtedy mnożą i niszczą najeźdźców samą przewagą liczebną.
Matko!
>Niestety, skutkiem ubocznym jest obarczenie organizmu gorączką i całym tym pobojowiskiem, co daje objawy chorobowe.
Zawsze myślałem że gorączka to wynik aktywności odpowiednich modulatorów odpowiedzi odpornościowej.

>Taka teleologia jest, w przeciwieństwie do doboru genowego niespójna. Skąd organizmy mają wiedzieć jakie geny im się przydadzą?

A skąd wiedzą bakterie? Organizmy niczego takiego nie wiedzą. O tym, które się przydadzą decyduje selekcja, tak jak w przypadku mutacji. Matematycznie jest to ten sam mechanizm z tą różnicą, że w przypadku genu "ukradzionego", prawdopodobieństwo jego funkcjonalności wydaje się o wiele większe, niż w wypadku genu "zepsutego" przez mutację. Gdzie tu widzisz niespójność?

> pisać takie bzdury jak ty przedstawiasz to pobiła pod względem stężenia mistycyzmy Lovelocka z koncepcją Gai.

Pewnie tak naprawdę nie widzisz niespójności, dlatego uciekasz się do argumentów z niższej półki, zamiast wskazać niespójność.

>Po pierwsze skoro mało wiemy to skąd wiemy że to złudzenie?

To oczywiście przypuszczenie, wynikające z racjonalnego sceptycyzmu. Skoro mało wiemy, to zakładamy, że istnieje wiedza, której jeszcze nie znamy. Nie jest racjonalnym założenie, że to co wiemy, jest już wiedzą kompletną. Moim zdaniem złudzeniem podstawowym jest przekonanie, że obecna wiedza jest kompletna.

>ślady byłyby obecne w każdym genomie

Po pierwsze, istnieje mnóstwo tzw. śmieciowego DNA, które okazuje się coraz mniej śmieciowe - nie wolno zapominać, że większość genów nie koduje białek, ale RNA funkcjonalne (inne niż mRNA czy hnRNA). A nasza wiedza o funkcjach RNA jest o wiele uboższa niż o funkcjach białek.

Po drugie, sceptycyzm każe nam zakładać, że nasza wiedza o mechanizmach naprawczych genów i podobnych jest mocno niekompletna, nie wiemy jeszcze na ile sposobów genom może weryfikować przydatność i odrzucać zmutowane geny lub takie, które nie pasują w jakiś sposób.

> wszak każdy z nas ma miliardy przodków niektórzy musieliby doświadczyć tego transferu.

Przecież są ślady wielu transferów, czytałem o tym.

>Endosymbioza była istotnym wydarzeniem. Ale bakterie maja kilkaset lub najwyżej kilka tysięcy genów, a my ich potomkowie dziesiątki tysięcy. Dziesiątki tysięcy nowych genów wytworzonych przez mutację, a nie kombinacje starych, wymienianych na różne sposoby genów naszych przodków.

To jest najistotniejszy punkt niemal każdej głębszej dyskusji o teorii ewolucji: skąd się wzięła różnorodność genów w świecie i jaki jest długoterminowy trend - czy w wyniku mutacji różnorodność wzrasta, czy wskutek doboru naturalnego ta różnorodność maleje. Działają oczywiście obydwa mechanizmy, temu nikt nie zaprzecza, ale który z nich przeważa? Jedno jest pewne - nikt jeszcze nie przeliczył i nie udowodnił żadnej z odpowiedzi na to pytanie. Możemy więc wyrażać w tej materii tylko to, co nam podpowie intuicja. Wiemy jedynie, że z pewnością istniały okresy tzw. "wielkich wymierań", gdy różnorodność malała.

Ja w tej kwestii mam pogląd, że różnorodność genów w świecie bakterii jest większa niż w świecie eukariotów, a kiedyś była jeszcze większa, szczególnie w czasach, gdy na Ziemi nie było jeszcze tlenu i całą planetę pokrywał kilometrowej grubości kożuch kłębiącego się życia. Jeszcze większa była różnorodność genów w świecie RNA, w którym praktycznie dowolne kombinacje nukleotydów dowolnej długości mogły powstawać i ginąć.

Ewolucję zachodzącą na Ziemi postrzegam trochę tak, jak odbywa się rozwój mózgu u dziecka. Początkowo mózg jest przeładowany nadmiarem komórek nerwowych, ale z czasem większość nadmiarowych komórek ginie, dzięki czemu mózg staje się lepiej zorganizowany i uczy się nowych funkcji. Oczywiście wciąż pozostaje wielki nadmiar tych komórek.

Podobnie wygląda nadmiarowość różnorodności genetycznej na Ziemi. Moim zdaniem liczba różnych genów na Ziemi jest wciąż tak wielka, że możemy przetrwać jeszcze wiele takich zderzeń, jak to które zaszkodziło dinozaurom, i nadal ewolucja będzie mogła zachodzić bez pomocy mutacji, tylko przy pomocy nowych kombinacji genów i alleli już istniejących.

>>nasze symbiotyczne bakterie mogą taką infekcję potraktować jak próbę inwazji na swoją ojczyznę (tak wygląda pojedynczy organizm z perspektywy symbiotycznych bakterii). Gwałtownie się wtedy mnożą i niszczą najeźdźców samą przewagą liczebną.
>Matko!

Ten mechanizm jest już precyzyjnie opisany w przypadku niektórych chorób. Znowu sceptycyzm każe nam zakładać, że ta wiedza nie jest kompletna - z pewnością opisy jeszcze przynajmniej kilku chorób czeka taka sama rewolucja. I nie możemy wykluczyć, że w końcu okaże się, że większość chorób wywoływana jest przez wojny symbiontów Odrzucanie z góry takiej możliwości byłoby zwyczajną arogancją.

>Zawsze myślałem że gorączka to wynik aktywności odpowiednich modulatorów odpowiedzi odpornościowej.

Jednak ta odpowiedź wygląda różnie w przypadku różnych chorób. Czasem tego rodzaju odpowiedź kierowana jest przeciwko symbiontom, które wcześniej były tolerowane i znów będą tolerowane, gdy wrócą do swojej naturalnej niszy po zakończeniu choroby.

---

doku

>Wiem także o tym, jak mało wiemy na temat naszych własnych symbiontów, szczególnie tych najmniejszych, najtrudniejszych do wykrycia symbiontów wewnątrzkomórkowych.
Popraw mnie jeśli się mylę-
Symbionty, które sam definiujesz jako organizmy jedno- lub wielokomórkowe żyją wewnątrz naszych komórek?

>Symbionty, które sam definiujesz jako organizmy jedno- lub wielokomórkowe żyją wewnątrz naszych komórek?

Większość symbiontów to bakterie

---

doku

ja się pytam, GDZIE SIĘ ZNAJDUJĄ?

>ja się pytam, GDZIE SIĘ ZNAJDUJĄ?

Wszędzie. Żyją wewnątrz komórek i poza nimi, na skórze i w głębi ciała, tylko w jednym miejscu, np. w żołądku, a inne żyją rozproszone w całym organizmie.

Czy już wiesz, że słowo "organellum" zostało w zasadzie usunięte z terminologii opisującej eukarioty, tak samo jak Pluton został usunięty z grona planet. Współczesna biologia mówi o mitochondriach, plastydach, retikulach, witkach (np. plemników) itd. jako o symbiontach. Słowo "organellum" ma sens już tylko w odniesieniu do składników budowy bakterii i innych organizmów niezłożonych.

Najbardziej chyba spektakularnym tego przykładem jest zapłodnienie u tych organizmów, które nie wytwarzają plemników. Gdy takie różnopłciowe komórki się połączą, zaczyna się wojna między symbiontami - mitochondria walczą z mitochondriami, wakuolke z wakuolami, lizosomy z lizosomami... podczas gdy DNA jądrowe łączy się ze sobą w zgodzie. Dopóki biologowie nie odkryli wojen symbiontów, nie rozumieli, dlaczego plemnik jest taki malutki, a jajo takie wielkie - wojny symbiontów skutkowały bezpłodnością i były wielkim marnotrawstwem - plemnik jest genialnym wynalazkiem - to partner, który z góry mówi "poddaję się i poddaję moje symbionty, niech wszystkie zginą bezpotomnie". To oczywiście tylko pozorne poddanie, te same symbionty żyją w ciele matki i tą drogą zasiedlą jej potomstwo. Niestety, nie wszystkie plemniki są "uczciwe" i "uważne" i u różnych gatunków, częściej lub rzadziej, udaje się jakiemuś symbiontowi przemycić do komórki jajowej - badania tych zjawisk są jeszcze w powijakach.

---

doku

Organizm symbiotyczny, tym się różni od swojego partnera, że ma swoje własne DNA Jeśli ma identyczne, to jest częścią , a nie symbiontem.
Witka plemnika, lub inne części komórki, są właśnie częściami, a nie "symbiontami"
Jedynie mitochondria komórkowe mają własne DNA, co sugeruje, ze bardzo dawno temu doszło do jakieś symbiozy. Nie ma żadnych bakterii które w sposób stały przebywają w komórkach i są dziedziczone.
Dysproporcja między komórką jajową i plemnikiem bierze się z stąd, że jedne "pra-organizmy" postawiły na jakość a inne na ilość (i mobilność)
Zapewniam Cię, że ani wewnątrz, ani na zewnątrz komórki rozrodczej nie siedzi żadna symbiotyczna bakteria, która toczy boje w czasie zapłodnienia.

>Jedynie mitochondria komórkowe mają własne DNA, co sugeruje, ze bardzo dawno temu doszło do jakieś symbiozy. Nie ma żadnych bakterii które w sposób stały przebywają w komórkach i są dziedziczone.
>Dysproporcja między komórką jajową i plemnikiem bierze się z stąd, że jedne "pra-organizmy" postawiły na jakość a inne na ilość (i mobilność)

Przytaczasz starą i już w zasadzie nieaktualną wiedzę ubraną w nieaktualny paradygmat. Biologia jest nauką robiącą najszybsze postępy - warto być na bieżąco.

Pamiętam jak nasza geograficzka w liceum wykładała teorię geosynkliny, jako wyjaśnienie powstawania gór. Nic nie wspomniała ani o Wegenerze ani o tektonice płyt, która już od kilku lat się rozwijała. Kiedy poszedłem na studia, zainteresowałem się tym tematem, i do dziś się zastanawiam, czy moja geograficzka nie wiedziała o płytach, czy udawała, że nie wie, bo nie chciałą mieć kłopotów z wykraczaniem poza program i podręczniki, czy po prostu nie miała odwagi odrzucić swojej starej wiary.

Wiara w "stawianie na jakość" znikła (u odkrywców) wraz z odkryciem prymitywnych organizmów toczących wojny między symbiontami podczas zapłodnienia. Teraz już wiemy i rozumiemy, dlaczego plemnik jest tak starannie obierany ze wszystkich symbiontów podczas zapłodnienia. Nie rozumiem, jak można nie cieszyć się, gdy nowe odkrycie wyjaśnia nagle to, co wcześniej było niejasne.

---

doku

Plemnik jest czymś, co można obejrzeć pod mikroskopem.
Ani w środku ani na zewnątrz nie ma organizmów o obcym DNA

>Plemnik jest czymś, co można obejrzeć pod mikroskopem.
>Ani w środku ani na zewnątrz nie ma organizmów o obcym DNA

Oprócz mitochondriów.

Ponadto, z tego co czytałem, zidentyfikowano już sekwencje DNA witki, które w procesie symbiozy przeniosły się do jądra komórki, ale wciąż dają się odróżnić od pierwotnie jądrowego DNA - są to niemal dokładne kopie DNA jakiejś bakterii - spirocośtam - która kiedyś utworzyła symbiotyczny związek z inną bakterią, tworząc nową jakość w przyrodzie: komórkę z wicią. NIe zapominaj, że jądro też jest symbiontem, a przynajmniej kiedy nim było.

---

doku

>Ponadto, z tego co czytałem, zidentyfikowano już sekwencje DNA witki, które w procesie symbiozy przeniosły się do jądra komórki, ale wciąż dają się odróżnić od pierwotnie jądrowego DNA

Inaczej mówiąc, w jądrze komórkowym znaleziono fragmenty DNA odpowiadające za utworzenie witki.
Żyjesz w świecie sztucznego nazewnictwa i tyle.

To prawda matka natura miała miliony lat na znalezienie rozwiązań na różne problemy. Np rekiny ponoć w ogóle nie chorują na nowotwory. Prawdą jest również to , że jedne gatunki wymierają inne powstają. Przyłączyłbym się jednak do postulatu , żebyśmy my jako ludzie nie pomagali im w tym wymieraniu.

Eh, dokowski zwróceniem uwagi na skądinąd fascynująca teorię endosymbiozy sprowadził dyskusję na trochę inne tory, dodatkowo, skłonny jestem twierdzić odrobinę mistyczne.
Pozwolę sobie odrobinę uporządkować fakty, co by czytelnicy forum o niebiologicznym wykształceniu mieli pojecie jak się obecnie faktycznie w biologii rzeczy maja.
Organizmy to maszyny przetrwania dla genów, ergo są one bardzo rozbudowanymi narzędziami służącymi powielaniu genów. Kiedyś geny miały postać replikatorów swobodnie pływających w morzu (być może były to cząsteczki RNA o funkcji enzymów powielających inne cząsteczki RNA), powielały się, mutowały i poddawane były selekcji pod kątem ich zdolności do replikacji i szybkości z jaka zachodził ten proces. Z czasem mogły nabyć zdolności interakcji z innymi cząsteczkami, i ta zdolność jak każda inna ulegała zmianom w wyniku mutacji i selekcji pod kątem zwiększania dostosowania replikatora.
Jak doszło do powstania pierwszych komórek nie wiadomo. Przypuszcza się jednak, że przodek wszystkich dzisiejszych organizmów był jeden o czym świadczy fundamentalne podobieństwo życia na poziomie biochemicznym - na przykład geny bakterii da się nie jako w locie uruchomić w komórkach eukariontów, w drugą stronę co prawda tak łatwo nie pójdzie (ze względu na obecność intronów) ale wciąż geny eukariotyczne technicznie, po odpowiednich modyfikacjach da się eksprymować w komórkach bakterii (i robi się to jak pokazuje przykład ludzkiej insuliny produkowanej przez bakterie).
Trzy istnieją główne grupy organizmów: eubakterie, archeany i eukarioty. Pod względem struktury komórki eubakterie są podobne do archeanów, ale biochemicznie i ewolucyjnie archeany bliższe są eukariotom.
Co do kwestii symbioz: są one istotne, ale fakt ich zachodzenia jako taki w żaden sposób nie obala ani nawet nie modyfikuje ortodoksyjnego, genocentrycznego darwinizmu. Tak czy inaczej w przypadku każdej symbiozy (jak i pasożytnictwa) dochodzi do starcia się interesów różnych replikatorów.
Rozpatrzmy przykład transferu genów między bakteriami w wyniku koniugacji - tu nikt "nie pobiera" potencjalnie użytecznych genów, tu samolubny replikator włamuje się do cudzej maszyny przetrwania.
Oczywiści wiele plazmidów nosi na przykład geny odporności na antybiotyki - i w ich obecności komórka odnosi korzyść z obecności takiego plazmidu. Korzyść odnoszą też geny w chromosomie tej komórki dlatego, dopóty obecny jest antybiotyk będą one poddawane presji selekcyjnej w kierunku tolerowania obecności plazmidu, ale niech tylko antybiotyk zniknie, a natychmiast geny chromosomu zaczną być poddawane selekcji w kierunku nabycia (w drodze mutacji na przykład) umiejętności usuwania intruza. Czemu? Ano obecność plazmidu wiąże się z kosztami związanymi z energią zużywana na jego replikację czy ekspresję zawartych w im genów. Same plazmidy (jako że też są samolubnymi replikatorami) nie pozostają bierne - niektóre wykształciły zdolność do produkowania toksyn i szybko degradujących inhibitorów, usunięcie plazmidu zabija więc komórkę.
Wirusy z kolei (przynajmniej niektóre) mogą być fragmentami genomu, które uciekły z komórek i którym "przestało zależeć" na harmonijnej współpracy z dawnymi towarzyszami.
W każdym razie, kilka miliardów lat temu doszło do szeregu zdarzeń symbiozy między pierwotnymi eukariontami oraz różnymi bakteriami - powstały tak prawie na pewno mitochondria i plastydy (wciąż mają własne, odrębne genomy, chociaż wzbogacone o wiele genów gospodarzy, a także wiele ich genów przeniosło się do genomu jądrowego), oraz być może wici i centriole.
W każdym razie chodzi mi o pokazanie że symbiogeneza to nie jest jakieś niesamowite rewolucyjne novum przewracające do góry nogami biologię, tak jak to zdaje się sugerować dokowski.
Przyznam że nie rozumiem jego uwag o symbiologicznej definicji gatunku, wszak ona gołym okiem jest quasi-esencjalistyczną definicja pozbawiona rzeczywistej treści. Żeby nie było, iż nie daję argumentów, chciałbym wiedzieć jak pozwala określa ona "tą sama grupę organizmów symbiotycznych" która ma być konstytucyjna dla gatunku (definicja tradycyjna opiera się na wspólnocie puli genowej opartej o rozmnażanie płciowe - co za tym ma wady których nikt nie neguje, na przykład że nie obejmuje organizmów tradycyjnie bezpłciowych i jest lokalna w czasie).

>W każdym razie chodzi mi o pokazanie że symbiogeneza to nie jest jakieś niesamowite rewolucyjne novum przewracające do góry nogami biologię, tak jak to zdaje się sugerować dokowski.

Jednak jeśli uwzględnić "Fenotyp rozszerzony" robi się rewolucyjnie. Czy nie jesteśmy tylko miastami, manipulowanymi przez zamieszkujące je bakterie?

>Przyznam że nie rozumiem jego uwag o symbiologicznej definicji gatunku, wszak ona gołym okiem jest quasi-esencjalistyczną definicja pozbawiona rzeczywistej treści. Żeby nie było, iż nie daję argumentów, chciałbym wiedzieć jak pozwala określa ona "tą sama grupę organizmów symbiotycznych" która ma być konstytucyjna dla gatunku (definicja tradycyjna opiera się na wspólnocie puli genowej opartej o rozmnażanie płciowe - co za tym ma wady których nikt nie neguje, na przykład że nie obejmuje organizmów tradycyjnie bezpłciowych i jest lokalna w czasie).

Niezbyt jasny jest dla mnie ten akapit... czy formułuje on jakieś oczekiwania wobec mnie?

---

doku