15 lutego 1599 Bruno został wezwany przed Trybunał Inkwizycyjny do wyrzeczenia się tez uznanych za błędne i bluźniercze. Jeśliby się zgodził, czekałaby go uroczysta abiuracja publiczna oraz kara kanoniczna za porzucenie stanu duchownego. Bruno odrzucił tę sugestię sądu. Początkowo zgodził się na publiczne wyrzeczenie się swoich tez, ale jednocześnie złożył na ręce papieża Klemensa VIII obszerny memoriał uzasadniający twierdzenia, które miał publicznie odwołać. Jako więzień inkwizycji Bruno mógł "rozmawiać ze współwięźniami, miał prawo do zmiany bielizny (pościeli, obrusa i ręczników, których w więzieniach świeckich w ogóle nie było), dwa razy w tygodniu mógł korzystać z łaźni, pralni i fryzjera, przysługiwało mu prawo do naprawy i wymiany odzieży, jadłospis był urozmaicony, do posiłków podawano nawet wino. Każde święto kościelne wiązało się z przywilejami (więcej wina, dodatkowa łaźnia i wizyta administratora, któremu można było składać wnioski i skargi."[14] Pod koniec roku, podczas 22. spotkania Bruna z inkwizytorami sprawa się zamknęła. Wierny swoim poglądom Bruno nie chciał nic odwoływać. Został przekazany gubernatorowi Rzymu i skazany na spalenie na stosie (wyrok zatwierdził sam papież Klemens VIII). W ostatecznym akcie łaski pozostawiono mu osiem dni na odwołanie nauk i powrót do stanu duchownego w celu uniknięcia kary. Bruno z tego nie skorzystał. 17 lutego 1600 został publicznie spalony na stosie jako heretyk