Racjonalista - Strona głównaDo treści
ZAGADKA! Odgadnij jak zawinił...

Ten wątek jest przedawniony

Działy Forum » Nauka
NapisanoAutorTytuł
04-08-2014 05:31Marek Glazer (755 punktów)ZAGADKA! Odgadnij jak zawinił...
Ocena 6 na 6
Przygotowałem poniższą zagadkę, jako formę popularyzacji nauki. Jeśli moderatorzy uznają, że nie spełnia ona kryteriów tego forum, zrozumiem. Jeśli wam się jednak spodoba - też zrozumiem i mnie to...ucieszy!
-----



Ciekawa historyjka. W większej części prawdziwa. Czytaj dalej jeśli chcesz się poczuć jak w filmie CSI-Miami i odgadnąć samemu co się stało [uwaga na szczegóły!]

Pewni studenci znajdują się w laboratorium z proteomiki (nauce o białkach). Każdy student dostał za zadanie wyizolowanie jednego konkretnego białka jakie wylosował. Pewien etap tych badań trwa 4 godziny. Nie ma sensu aby wszyscy czekali, a z drugiej strony - nie można było tego wszystkiego zostawić samemu sobie (jak coś pójdzie nie tak, to 3 tygodnie badań przepadną!). Studenci wybierają więc "ochotnika", który pilnuje próbek każdej osoby.

W czasie tych czterech godzin, laborantka która opiekowała się grupą sprawdzała okresowo czy wszystko w porządku. Zobaczyła, że w laboratorium "ochotnik" wymachiwał rękami aby wygonić muchę za otwarte okno - jak twierdził.

Po czterech godzinach wszyscy się zbierają aby dokończyć doświadczenie. Jeden ze studentów zauważa opakowanie gumy do żucia, które zostało omyłkowo wyrzucone do kosza na niebezpiecznie odpadki (w każdym laboratorium biologicznym są przynajmniej dwa kosze - na śmieci normalne i potencjalnie groźne, które są regularnie opróżniane).

2 dni potem przychodzą wyniki ich izolacji białek. Próbki zostały poddane analizie w spektrometrze masowym. Z każdej przygotowanej przez studentów próbki, maszyna pobrała wyizolowaną substancję cząsteczka-po-cząstecze i rozpyliła ją w próżni, gdzie nadany został cząsteczkom ładunek elektrostatyczny (taki sam jak przy czesaniu włosów grzebieniem). Tak zjonizowane cząsteczki przygotowane przez studentów są rozpędzane i kierowane do detektora. Im cząsteczka lżejsza (albo im większy ładunek dostała) tym bardziej jej tor ruchu zostanie odchylony. Tak właśnie cząsteczki masywne/naładowane są rozdzielane od lżejszych/bardziej neutralnych. Potem oczywiście wszystkie cząsteczki trafiają do detektora który bada te odchylenia, na podstawie których można dokładni stwierdzić jaka to była substancja. Współczesne maszyny potrafią mierzyć ze zdumiewającą dokładnością takie odchylenia trajektorii - tak dużą, że bez problemu potrafią ustalić czy atom ma jeden neutron więcej czy mniej (tak właśnie działają techniki radioizotopowego datowania). Maszyna podaje suche dane, wszystkiego co znalazła w próbce (łącznie z zanieczyszczeniami - stąd tak ważna staranna izolacja). Studenci wspólnie analizują wyniki badania spektrometrem mas i odkrywają, że doświadczenie nie wyszło!

Jakaś substancja zanieczyściła wszystkie próbki!
Sabotaż Iluminatów? Atak terrorystyczny Talibów? A może to korporacje nie chciały aby studenci odkryli coś ważnego dla świata?!
Jeśli do tej pory nie domyślasz się czytelniku co takiego się stało...być może poniższa informacja wszystko tobie wyjaśni! Czytaj dalej.

Wśród masy zanieczyszczeń przypominających składem ścieki z najgorszej speluny (cyjanowodór, aldehyd akrylowy, amoniak, aceton, związki arsenu, formaldehyd, alkaloidy takie jak nikotyna, różnych fenoli i metali ciężkich) jedna substancja pojawiała się nadzwyczaj wyraźnie i nawet komputer nie miał kłopotu aby ją zidentyfikować. Składała się z 264 aminokwasów (cegiełek z których zbudowane są białka). Komputer wyświetlił poniższą sekwencję tych aminokwasów:

1 malvvkgkvn inefidlsks ekllpsmftp vksvmvskvd kimvhenesl sevnllkgvk
61 lieggyvclv glvvsgewnl pdncrggvsv cmvdkrmera deatlgsyyt aaakkrfqfk
121 vvpnygittk daekniwqvl vniknvkmsa gycplslefv svcivyknni klglrekvts
181 vndggpmels eevvdefmen vpmsvrlakf rtksssrgpk nnnnlgkgrs ggrpkpksfd
241 evekefdnli edeaetsvad sdsy


Aby sprawdzić co to jest, studenci udali się do jednej z bardziej znanych stron internetowych, która posiada bazę danych wszystkich znanych sekwencji białek. Strona nazywała się BLAST ( blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi ).

Na tej stronie studenci odnaleźli link do analizy białek który ich interesował (" protein blast"). W polu " Enter accession number(s), gi(s), or FASTA sequence(s)" wkleili oni powyższą sekwencję. Musieli poczekać kilkadziesiąt sekund (w końcu strona uzyskiwała dostęp do wszystkich białkowych baz danych na świecie!), ale wynik który uzyskali był tego wart!

Wszyscy od razu zrozumieli co takiego zrobił "ochotnik" w czasie tych 4-rech godzin czekania, co skutecznie zanieczyściło ich próbki. Wiedzieli, że białko które znaleźli nie pojawiło się nigdy wcześniej w laboratorium. Czy i ty już wiesz co zrobił?

Jeśli tak to GRATULUJĘ! Nie tylko rozwiązałeś zagadkę, ale posiadasz już wiedzę elementarną z Biologii Molekularnej!

---
Na tym forum zagadka padła pierwsza. Jutro pojawi się na serwisie: www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku więc jeśli dzisiaj nie odgadniesz co się stało, być może odpowiedzi udzieli ci jeden z użytkowników jutro. Powodzenia
Autor wątku ma uprawnienia do usuwania wypowiedzi, jeżeli łamią regulamin Forum lub znacznie odbiegają od tematu.

TyDraniu (6569 punktów)
Chyba znam tego studenta . Nie podaję mojej odpowiedzi, by inni też pomęczyli bazę danych.


Jacholek (5699 punktów)
Na pewno ma to związek z gumą do żucia i z pseudo-muchą. Ale więcej nie powiem...
Ojciec Lesiotr (6102 punktów)
>Przygotowałem poniższą zagadkę, jako formę popularyzacji nauki. Jeśli moderatorzy uznają, że nie
>spełnia ona kryteriów tego forum, zrozumiem.

Uważam, że pięknie spełnia kryteria. Fajna zabawa, świetny przykład, że internet to nie tylko fejsbuk.

Co za cholernik z tego studenta! Nic nie mówię więcej, niech inni tez się zabawią (tylko trzeba wykasować cyferki)

W imię Ojca i Syna, i Ducha Świętego. Amen.
Marek Glazer (755 punktów)
Jestem wam bardzo wdzięczny, że nie psujecie zagadki innym i widzę, że dla was wszystko już oczywiste.
Oprócz już wymienionych, istnieją w tekście inne podpowiedzi!
Mam nadzieję, że zagadka się podobała


Popularyzator nauki. www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku
J_Sakowski (133 punktów)
Witam,
>Jestem wam bardzo wdzięczny, że nie psujecie zagadki innym i widzę, że dla was wszystko już oczywiste.
>Oprócz już wymienionych, istnieją w tekście inne podpowiedzi!

No sa, konkretne. Bezposrednio przez ta strone do analizy jest troszke trudno zwlaszcza jak ktos nie zna tego narzedzia do protein i widzi w odpowiedzi ranking sekwencji pierwszy raz w zyciu.

>Mam nadzieję, że zagadka się podobała
>
Popularyzator nauki. www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku


Dobre to jest
Swoja droga spodziewalem sie ze mogla byc chemia nieorganiczna, organiczna tez ale takie rzeczy w tej sekwencji No no.

Jak juz wszyscy zgadna tp moglbys skomentowac.
Pare pytan mam tez.

ps
Fizycy wstyd, taki program jak ten i to za darmo a preprinty prac takich ciekawszych oryginalnych (np. rozpady czastek w atmosferze potwierdzajace szczegolna teorie wzglednosci) za oplata sa. Przynajmniej byly jak sie pare lat temu tym interesowalem.
Marek Glazer (755 punktów)
>Jak juz wszyscy zgadna tp moglbys skomentowac.
>Pare pytan mam tez.

Zagadkę ujrzało już orientacyjnie 5 tysięcy osób i dwa tuziny osób odpowiedziało poprawnie, więc chyba już można mówić śmiało.

Popularyzator nauki. www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku
J_Sakowski (133 punktów)
Witam,

>Zagadkę ujrzało już orientacyjnie 5 tysięcy osób i dwa tuziny osób odpowiedziało poprawnie, więc chyba już można mówić śmiało.
>
Popularyzator nauki. www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku


1. Jestem zdziwiony, że w tytoniu takim typowym znajduje się wirus
mozaiki tytoniowej. Bo mi program rozpoznał ten wirus od razu
(pierwszy na rankingu, z tym miałem troche problem). Podpowiedź była
ogólnie wcześniej ("Wśród masy zanieczyszczeń przypominających składem
ścieki z najgorszej speluny (cyjanowodór, aldehyd akrylowy, amoniak,
aceton, związki arsenu, formaldehyd, alkaloidy takie jak nikotyna,
różnych fenoli i metali ciężkich)", otwarcie okna i żucie gumy Ale
ten wirus to mnie zaskoczył.

2. Ten wirus chyba nie jest szkodliwy dla ludzi, tak?

3. Jak go uzyskać? W ten sposób wykaże się eksperymentalnie istnienie
wirusów (tytoń można w miare łatwo uprawiać w domowym ogródku). Widzę
tu 3 próbki, bez niczego, polana sokiem rośliny zarażonej (bakterie +
wirus mozaiki) i polana sokiem bez bakterii (też się powinna
zarazić). To były doświadczenia z poczatku wieku XX, raczej proste do
wykonania.

3. Jak odsączyć bakterie od wirusów? Wata starczy?

4. Jak zabarwić bakterie w typowej próbce z soku rośliny (a może je
widać bezpośrednio i proces barwienia nie jest konieczny)?

Coś tam czytałem na necie ale powiększenie 100x jakoś mnie nie
przekonało, bawiłem się kiedyś (nie z tytoniem) i nic nie było
widać. Mikroskop kiepski ale mimo wszystko. Z czego konkretnie mogą
być barwniki do barwienia bakterii (takie do zabawy, nie do komercji),
to coś prostego czy jakieś skomplikowane związki, trudne do zdobycia,
nawet te najprostsze?

Obawiam się też że biologia w szkołach średnich bardzo niedobrze
jest wykładana. coś musi tłumaczyć to że niektórzy na portalu nie
ogarniają np. zjawiska dziedziczenia.
Marek Glazer (755 punktów)
Zachęcam do dzielenia się tą zagadką z innymi. Śmiało możecie ją skopiować i wkleić gdzie chcecie. Z całą pewnością rozwiązanie tej zagadki będzie bardziej produktywnym zajęciem niż przeglądanie filmów z kotami

>1. Jestem zdziwiony, że w tytoniu takim typowym znajduje się wirus
>mozaiki tytoniowej. Bo mi program rozpoznał ten wirus od razu
>(pierwszy na rankingu, z tym miałem troche problem).
Taką sekwencję dobrałem, aby jej wynik dopasowania był bardzo dobry. Czasami nie jest tak łatwo i trzeba sobie radzić z fragmentami białka, które trzeba składać w całość. To tutaj właśnie wymagana jest wiedza i umiejętność w analizie danych. Wirusa mozaiki tytoniowej bardzo często się znajduje, gdzieś tam z zanieczyszczeniach. Najczęstszym zanieczyszczeniem są chyba keratyna i rubisco - dwa najpospolitsze białka na Ziemi.

>Podpowiedź była ogólnie wcześniej ("Wśród masy zanieczyszczeń przypominających składem
>ścieki z najgorszej speluny (cyjanowodór, aldehyd akrylowy, amoniak,
>aceton, związki arsenu, formaldehyd, alkaloidy takie jak nikotyna,
>różnych fenoli i metali ciężkich)", otwarcie okna i żucie gumy
A jednak po wypowiedziach ludzi widzę, że nie każdy skojarzył iż te zanieczyszczenia to substancje z dymu papierosowego.

>2. Ten wirus chyba nie jest szkodliwy dla ludzi, tak?
Nie, a nawet można debatować nad tym, że ocalił tysiące ludzi...zwiększając ceny wyrobów tytoniowych

>3. Jak go [wirusa] uzyskać?
>3. Jak odsączyć bakterie od wirusów? Wata starczy?
>4. Jak zabarwić bakterie w typowej próbce z soku rośliny (a może je
>widać bezpośrednio i proces barwienia nie jest konieczny)?
Nie pomogę Panu zbudować broni biologicznej!

>Z czego konkretnie mogą być barwniki do barwienia bakterii (takie do zabawy, nie do komercji),
>to coś prostego czy jakieś skomplikowane związki, trudne do zdobycia,
>nawet te najprostsze?
Takie odczynniki najprościej kupić w sklepie. Buteleczka jednego roztworu (wystarczająca na setki obserwacji) kosztuje zwykle kilkanaście złotych. Np. www.kolchem.sklepna5.pl/pkat/3/mikrobiologia.html

>Obawiam się też że biologia w szkołach średnich bardzo niedobrze
>jest wykładana. coś musi tłumaczyć to że niektórzy na portalu nie
>ogarniają np. zjawiska dziedziczenia.

Ciekawe doświadczenie. Studenci hodują muszki owocówki w kolbce na pożywce z papki jabłek/bananów. Co kilka dni z kolbki wybierają parę samic i samców, którą umieszczają w nowej kolbce. Dobierając w pary osobniki o wybranych cechach metodą prób i obserwacji, starają się uzyskać muszkę o odmiennym wyglądzie.



Popularyzator nauki. www.facebook.com/CiekawostkiOPoranku

Wróć do listy wątków działu Nauka
Aby pisać w tym wątku, musisz się zalogować

  

Zaloguj przez OpenID..
Jeżeli nie jesteś zarejestrowany/a - załóż konto..

Szukaj na Forum  Przewodnik  Regulamin i instrukcja obsługi Forum  Kolegium Moderatorów

 


[ Regulamin publikacji ] [ Bannery ] [ Mapa portalu ] [ Reklama ] [ Sklep ] [ Zarejestruj się ] [ Kontakt ]
Racjonalista © Copyright 2000-2018 (e-mail: redakcja | administrator)
Fundacja Wolnej Myśli, konto bankowe 101140 2017 0000 4002 1048 6365