Na pewno nie "mistycyzm", raczej dział teorii informacji.

> Przechodząc do sedna: otóż jakiś czas temu dowiedziałem się o istnieniu dziedziny zwanej
>biosemiotyką. Niestety dziedzina ta jest mocno osadzona w kontekście mistycznych rozważań

??? Mistyka dotyczy bezpośrednich doświadczeń religijnych. Nie ma żadnego związku z systemami biologicznymi, więc z tym 'kontekstem rozważań mistycznych' chyba coś Ci się pomyliło.

>Chodzi mi o stworzenie formalnych ram obejmujących zjawiska na wielu
>płaszczyznach i odnalezienie pewnych punktów wspólnych dla różnych procesów mających podobny
>charakter-nie tylko transkrypcja i translacja informacji genetycznej ale również np. komunikacja
>międzykomórkowa, regulacja hormonalna, rekcje na poziomie stada itp.

Przede wszystkim ramy pojęciowe biosemiotyki - jeżeli to określenie ma byc zgodne z pojęciem semiotyki (teorii znaku) - powinny ograniczać jej zakres do obszaru komunikacji międzyosobniczej. Znak jako forma sygnału czy komunikatu przekazywanego między osobnikami, nic więcej.

W takim zakresie pojęcia biosemiotyki mieszczą się: wypowiedzi w języku ludzkim, sygnały chemiczne, akustyczne i wszelkie inne przekazywane między osobnikami biologicznymi, język delfinów, śpiew wielorybów, znakowanie terenu przez zwierzęta, sygnały godowe itd. Nie mieszczą się natomiast: przetwarzanie informacji genetycznej (nie jest to komunikacja), sygnały międzykomórkowe (nie wykraczają poza osobnika), regulacja hormonalna (jw.). Nie wszystko do jednego worka.

> Niestety wielu biologów nie patrzy na obiekty swoich badań z punktu widzenia teorii informacji,

Specjalizacja...
-

1.Wspomniałem o mistycyzmie, bo znalazłem różne teksty wiążące biosemiotykę nawet z poszukiwaniem sensu życia itp. i kwestiami duchowymi, co idzie chyba trochę za daleko.
2.Dlaczego nie wrzucać do jednego worka, skoro mamy do czynienia z przetwarzaniem pewnej informacji, która ma pewne znaczenie, choćby z punktu widzenia obserwatora? Jako znaczenie rozumiem pewną ustaloną przez kontekst korelację, np. kodowanie aminokwasów przez trójki zasad kwasów nukleinowych-jest pewna ustalona korelacja między sekwencją zasad a sekwencją aminokwasów, oczywiście z nielicznymi wyjątkami w pewnych grupach organizmów. Również na poziomie komunikacji międzykomórkowej można mówić o odbiorze informacji o konkretnym znaczeniu np. komórka kompetentna do odbioru sygnału może się podzielić lub wejść na drogę różnicowania. Taki sygnał to pewien "znak". Teraz można się zastanowić z jaką wydajnością taki znak jest odczytywany i czy komórka posiada w ogóle "klucz" służący do odczytu-dekodowania-otrzymywanej wiadomości np. receptor, odpowiednia wartość potencjału błonowego. Można porozmawiać o kanale przekazu informacji i jego przepustowości-cytoplazma, błona komórkowa, koneksony, pory jądrowe, układ krwionośny w przypadku hormonów dokrewnych...
Co z kwestią organizmów jednokomórkowych? Śluzorośla np. Dictyostelium sp. odbierają cAMP jako sygnał do agregacji, rozłożony w pewnym gradiencie. W ramach organizmów wielokomórkowych neutrofile podążają za śladem pozostawianym przez bakterie w postaci N-formylometionyloleucylofenyloalaniny. Czy z punktu widzenia obserwatora nie można tego traktować jako kierowanie się pewnymi znakami?

>2.Dlaczego nie wrzucać do jednego worka,

Dla prostoty i precyzji. Dlatego żeby móc rozróżniać możliwie jednoznacznie różne z natury zjawiska, mimo że w pewnym aspekcie są podobne. Dla uniknięcia niepotrzebnej metaforyzacji. Jeżeli nie będziemy na to zważać, to w końcu powiemy, że Słońce 'daje znak' Ziemi wschodząc rano, żeby obudziła się ze snu. Poetyckie, być może, ale niezbyt naukowe.

Dlatego proponuję pozostać przy tym, że znak dotyczy wymiany sygnału między osobnikami, a nie każdej sytuacji, kiedy działa jakaś informacja lub występuje jakieś oddziaływanie.

>Jako znaczenie rozumiem pewną ustaloną przez kontekst korelację, np. kodowanie aminokwasów przez trójki zasad kwasów nukleinowych-jest pewna ustalona korelacja między sekwencją zasad a sekwencją aminokwasów, oczywiście z nielicznymi wyjątkami w pewnych grupach organizmów.

Podobnie jest ze słowem 'znaczenie', wziętym z semantyki, lingwistyki i języka potocznego, któremu przypisuje się niekiedy rolę oddziaływania czy relacji między obiektami biologicznymi albo i nie, tworząc metaforę, która niczego nie wyjaśnia. Między sekwencją zasad a budową powstających aminokwasów jest raczej relacja przyczynowo-skutkowa a nie korelacja.

>Również na poziomie komunikacji międzykomórkowej można mówić o odbiorze informacji o konkretnym znaczeniu

Jak wyżej. Kiedy próbujemy posługiwać się takimi mega-pojęciami jak znaczenie i informacja analizując oddziaływania takich mikropodzespołów, to niczego nie zyskujemy oprócz kłopotów z rozmywaniem się ustalonych znaczeń.

> Taki sygnał to pewien "znak".

Sygnał jest sygnałem a znak znakiem.

>W ramach organizmów wielokomórkowych neutrofile podążają za śladem pozostawianym przez bakterie w postaci N-formylometionyloleucylofenyloalaniny. Czy z punktu widzenia obserwatora nie można tego traktować jako kierowanie się pewnymi znakami?

Można, ale po co? Zyskujemy pewną obrazowość, ale tracimy precyzję i wchodzimy w antropomorfizację tych niewinnych żyjątek.
-

>>2.Dlaczego nie wrzucać do jednego worka,
>Dla prostoty i precyzji. Dlatego żeby móc rozróżniać możliwie jednoznacznie różne z natury zjawiska, mimo że w pewnym aspekcie są podobne. Dla uniknięcia niepotrzebnej metaforyzacji. Jeżeli nie będziemy na to zważać, to w końcu powiemy, że Słońce 'daje znak' Ziemi wschodząc rano, żeby obudziła się ze snu. Poetyckie, być może, ale niezbyt naukowe.
Słońce "nie daje znaka" Ziemi ale obserwatorowi
>Dlatego proponuję pozostać przy tym, że znak dotyczy wymiany sygnału między osobnikami, a nie każdej sytuacji, kiedy działa jakaś informacja lub występuje jakieś oddziaływanie.
Czy pantofelek to nie osobnik? Czy organizm wielokomórkowy to nie kolonia jednokomórkowców?
>>Jako znaczenie rozumiem pewną ustaloną przez kontekst korelację, np. kodowanie aminokwasów przez trójki zasad kwasów nukleinowych-jest pewna ustalona korelacja między sekwencją zasad a sekwencją aminokwasów, oczywiście z nielicznymi wyjątkami w pewnych grupach organizmów.
>Podobnie jest ze słowem 'znaczenie', wziętym z semantyki, lingwistyki i języka potocznego, któremu przypisuje się niekiedy rolę oddziaływania czy relacji między obiektami biologicznymi albo i nie, tworząc metaforę, która niczego nie wyjaśnia. Między sekwencją zasad a budową powstających aminokwasów jest raczej relacja przyczynowo-skutkowa a nie korelacja.

Relacja przyczynowo-skutkowo nie jest ścisła w tym wypadku. Wolę mówić o korelacji. Są wyjątki w kodowaniu aminokwasów zarówno w obrębie określonych grup organizmów jak i sytuacji odczytywania kodonów. W pewnych warunkach przy pewnej konformacji białek i RNA tworzących rybosom dany aminokwas może być przypisany innej trójce zasad niż "normalnie". Chyba w podręczniku do Genetyki molekularnej Węgleńskiego o tym czytałem

>>Również na poziomie komunikacji międzykomórkowej można mówić o odbiorze informacji o konkretnym znaczeniu
>Jak wyżej. Kiedy próbujemy posługiwać się takimi mega-pojęciami jak znaczenie i informacja analizując oddziaływania takich mikropodzespołów, to niczego nie zyskujemy oprócz kłopotów z rozmywaniem się ustalonych znaczeń.

A może zyskujemy nowy punkt widzenia?

>> Taki sygnał to pewien "znak".
>Sygnał jest sygnałem a znak znakiem.
>>W ramach organizmów wielokomórkowych neutrofile podążają za śladem pozostawianym przez bakterie w postaci N-formylometionyloleucylofenyloalaniny. Czy z punktu widzenia obserwatora nie można tego traktować jako kierowanie się pewnymi znakami?
>Można, ale po co? Zyskujemy pewną obrazowość, ale tracimy precyzję i wchodzimy w antropomorfizację tych niewinnych żyjątek.
>-
Nikt tu nie chce antropomorfizować neutrofili, które i tak "są człowiekiem" haha. A przynajmniej współtworzą człowieka Może ta obrazowość wcale nie rozmywa precyzji ale pomaga lepiej usystematyzować pewne zachowania określonych układów i podukładów? Dla obserwatora pewien sygnał może coś znaczyć. Czy nie można "podmiotu trzeciego" traktować jako interpretatora? Dla tegoż interpretatora szukanie pewnych sygnatur danych procesów może być wielce pomocne, służyć jako punkt wyjścia do dalszych rozważań.
>

>Nikt tu nie chce antropomorfizować neutrofili, które i tak "są człowiekiem" haha. A przynajmniej współtworzą człowieka

Zdecyduj się:
są człowiekiem - "są człowiekiem" - czy współtworzą człowieka?
Twoja logika jest zabójcza. Dla rozmowy.
-

>>Nikt tu nie chce antropomorfizować neutrofili, które i tak "są człowiekiem" haha. A przynajmniej współtworzą człowieka
>Zdecyduj się:
>są człowiekiem - "są człowiekiem" - czy współtworzą człowieka?
>Twoja logika jest zabójcza. Dla rozmowy.
Chciałem wprowadzić nutkę humoru. Nie moją winą jest, że ktoś to błędnie odczytał mimo wyraźnych sugestii Ale skoro to nie jest jasne-współtworzą...
Prosiłbym o odniesienie się do tych argumentów, które są bardziej "na poważnie". Bez urazy.
>-

XIII Reguła Kartezjusza mówi, że

Jeśli jakieś zagadnienie rozumiemy doskonale, to należy je oderwać od wszelkiego zbędnego pojęcia i sprowadzić do formy najprostszej

Obawiam się, że biosemiotyka, coś co rozumiemy, zamiast upraszczać i sprawiać, że rozumiemy lepiej, gmatwa.

Idzie lew i sika. Zaznacza teren. Daje o sobie znać innym lwom. One wyczuwają to i się mają na baczności lub z premedytacją wchodzą na terytorium.

To, co ważne, dotyczy tego, czym są cząsteczki w moczu, które podrażniają receptory w nosie drugiego i dlaczego to jest skuteczniejsze od jakiejś innej strategii.

Lew naszczał na krzak, a biosemiotyk odniósł to do śluzorośli i przeżyć mistyków

Nie jestem "biosemiotykiem" ani broń (przysłowiowy) panie boże (celowo z małej litery) mistykiem. Ale dlaczego nie szukać części wspólnych? Nie można trochę się pobawić mniej lub bardziej intelektualnie?

Jeszcze taka mi się nasunęła myśl: lew sika i wyczuwa zapach obcego moczu, tak? No i załóżmy , że to obcy zapach interpretowany jako "wróg". Neutrofil wykrywa ślad pozostawiony przez bakterię-też wróg. No i tu można się zastanowić nad klasyfikacją zachowań i powiązaniem ich z pewnymi sygnaturami. Dla badacza znajomość tych sygnatur mogłaby być podpowiedzią podczas poszukiwania rozwiązań różnych problemów. Jeśli pewne sygnały występują w pewnej sekwencji, można by je spróbować zapisać w jakiś bardziej sformalizowany sposób i stworzyć pewien ciąg znaków powiązanych logicznie, czemu nie? Nawet np. w przypadku różnicowania się linii rozwojowych komórek. Czemu nie spróbować tak zapisać ciągu sygnałów oddziałujących na komórkę i tych przez nią generowanych? Może się okaże, że pewne sekwencje o przypisanych określonych znaczeniach na różnych poziomach są powtarzalne. A może nie? Moim zdaniem warto sprawdzać różne podejścia.

No, to zrób to.
Podaj przykład. Opisz.

>No, to zrób to.
>Podaj przykład. Opisz.
>
Może kiedyś?... Póki co założyłem wątek na forum; żeby napisać pracę naukową, trza trochę posiedzieć i pozgłębiać. Pozdrawiam.