Dowody ewolucji nie tylko pokrewieństwo, tzw. JEDNOSC BIOCHEMICZNA - konieczne jest odtworzenie drzewa genealogicznego dziś żyjących stworzeń, sekwencji wspólnych przodków. Skoro jednak "program na organizm" to jego genom, zaś zmienność - wynik losowych mutacji, również w genach można szukać zapisu historii ewolucji. Jak? Zróbmy zatem eksperyment myślowy, wyobraźmy sobie że pewien tekst pisany wysyłamy do dwóch znajomych z prośbą by wprowadzili doń kilka "mutacji" (skreślenie, zmiana lub dopisanie paru losowych liter), potem każdy z nich rozsyła swe dzieło do kolejnych 2, ci dalej "mutują" otrzymany napis i rozsyłają kolejnym itd. Po kilku powtórkach zbieramy końcowe "pogmatwane" wersje tekstu. Czy jest możliwe odtworzenie "drzewa rodowego" tych napisów np. stwierdzenie które pochodzą od "niedawnej wspólnej wersji" a czyje drogi rozeszły się bardzo wcześnie? Otóż opracowano algorytmy analizy tekstów potrafiące (no ... przy pewnych rozsądnych warunkach) odcyfrowywać takie "historyczne" informacje na bazie samych tylko "wersji końcowych" (precyzyjne opisy niektórych metod można znaleźć w sieci i to nawet po polsku). Nie ma przeciwwskazań, by zastosować je do sekwencji DNA dzisiaj żyjących stworzeń i w ten sposób odczytać historię ich ewolucji. Dla grupy badanych danych gatunków wystarczy znaleźć dobrze zachowane ortologiczne geny kodujące w nich różne wersje tego samego białka (zwykle miejscami różne w wyniku dawnych mutacji) i na podstawie ich obecnych sekwencji (tj. genów albo gotowych białek) "odtworzyć" obejmujący te gatunki fragment drzewa rodowego. (w rzeczywistości jest to nieco bardziej złożone np. korzysta się jeszcze z tablic prawdopodobieństwa konkretnych mutacji punktowych w jednostce czasu itp.) Pierwsze takie eksperymenty wykonano już ze 40 lat temu, dotyczyły np. kodu cytochromu-c - enzymu białkowego (sto kilkadziesiąt aminokwasów) wspierającego oddychanie tlenowe. Zsekwencjonowano go (wtedy to była sztuka!) u m. in. człowieka, psa, ptaka, ryby, owada, pszenicy, drożdży i kilkudziesięciu inn. Struktura centrum aktywnego (aminokwasy bezpośrednio biorące udział w katalizowanej reakcji) okazała się być wspólna w całej przyrodzie (!) w pozostałych miejscach pojawiały się różnice, z analizy których uzyskano pierwsze biochemiczne drzewo rodowe. W swym kształcie okazało się być ... zgodne z wcześniejszymi przewidywaniami paleontologów na podstawie skamieniałości! Tak już jest do tej pory. Nie trzeba chyba tłumaczyć, że gdyby gatunki (jak chcą kreacjoniści) nie były spokrewnione, zostały stworzone niezależnie, wówczas szansa na to by przez przypadek sekwencje wspólnego (skąd się wziął!?) enzymu współtworzyły nieprawdziwą historię, pasowały do jakiegokolwiek sensownego "drzewa genealogicznego" byłyby marne. A szansa by dowolne inne wybrane z ich organizmów białko (o całkiem odmiennych funkcjach) przy podobnym eksperymencie w wyniku potwierdziło to samo lub choćby podobne "drzewo historii" - praktycznie znikome. W tym miejscu warto zdać sobie sprawę, że liczba możliwych topologii, "kształtów" drzewa rodowego rośnie błyskawicznie wraz z ilością badanych gatunków umieszczonych w jego "liściach" (zakończeniach) - dla 10 jest ok. 2mln różnych drzew, dla 15 zaś mamy już prawie 8 bilionów (!) możliwych odmiennych historii! Tymczasem kolejne sprawdzane sekwencje czegoś "całkiem innego" chciał nie chciał znów pasują zasadniczo do tej samej historii dawnych gatunków, nota bene kreślonej niezależnie czy to przez paleontologów czy porównania np. anatomiczne. Twierdzenie, że przy astronomicznej liczbie rozmaitych scenariuszy te dane przypadkowo zbiegają do jednej "fałszywej historii" są po prostu absurdalne.

Miast badać sekwencje poszczególnych białek warto też przyjrzeć się genomowi "z lotu ptaka". Jedynie kilka procent naszego DNA-oprogramowania to fragmenty kodujące białka, poza nimi leżą równie istotne i nie do końca zidentyfikowane motywy regulujące, sterujące itp. wiadomo jednak że przeważająca większość podwójnej nici stanowi mutacyjny śmietnik dawnych pomyłek, bezsensownych powtórek i zająknięć się tych samych fraz i liter, bezużyteczny śmietnik starych błędów jawnie kpiący sobie z hipotezy inteligentnego projektanta. Dla archeologa śmietnik może być jednak cennym źródłem informacji historycznej i tak jest również w tym przypadku. Wśród odpadków zwierzęcego (w tym i ludzkiego) DNA znajdziemy pseudogeny - popsute odcinki ongiś sprawnych genów, które w skutek utraty istotnego fragmentu nie mogą być odczytywane. O ile posiadanie podobnego zestawu sprawnych genów można by od biedy tłumaczyć "zbliżonym projektem", teza ta pada w kontekście np. nie działających pseudogenów np. ludzkich, których sprawne wersje znajdujemy w genomach naszych zwierzęcych krewniaków (np. pseudogeny nie występujących u człowieka enzymów z popsutego szlaku biochemicznego syntezującego witaminę - co potrafią niektóre zwierzaki dzięki funkcjonującym u nich wersjom tychże genów). Albo jak nieewolucyjnie wyjaśnić obecność całego tylko nieznacznie uszkodzonego genetycznego podprogramu obsługującego oko u ślepego (żyjącego pod ziemią) zwierzaka, którego (tj. i programu i oka ) używa widzący "bliski krewny"? Podobnie również i my ludzie, dzielimy z niektórymi ewolucyjnymi kuzynami dawno wbudowane w genom wspólnych przodków pasożytnicze wstawki pochodzenia wirusowego kopiowane z pokolenia na pokolenie jeszcze przed rozdzieleniem się naszych linii gatunkowych. To samo dotyczy innych (niekiedy niebezpiecznych) naszych "wewnątrzgenomowych" pasożytów np. transpozonów.

I znów rozważmy 3 przykładowe gatunki: 1, 2 i 3 oraz dwie ich cechy A i B, przy czym niech 1 i 2 mają tylko cechę A, a 3 - B. Widać, że układ ten "teoretycznie" mógłby pasować do historii w której linia wspólnego przodka X rozdzieliła się na gałąź 3 (wzdłuż której nabyto cechę B) oraz osobną gałąź przodka obu 1 i 2 gdzie pojawiła się A. Podobną historią można by wytłumaczyć sytuację gdy 1 i 2 mają cechę A, zaś 1 (zamiast 3) ma również B - tym razem cecha B w naszym modelu musiała pojawić się dopiero po oddzieleniu się historii gatunków 1 i 2. Łatwo jednak zauważyć, że układ cech: 1 - A, 2 - A i B, 3 - B nie pasuje do żadnej ewolucyjnej "drzewiastej" historii, nie sposób wytłumaczyć go w ramach wspólnego pochodzenia i niezależnych mutacji wprowadzających cechy. Sęk w tym, że warunki nakładane na hipotetyczne rozkłady cech wytłumaczalnych ewolucyjnie są bardzo restrykcyjne, a w miarę wzrostu liczby gatunków jedynie nikły ich procent może pasować do jakiejś darwinowskiej filogenezy. W tym drobnym zbiorze... siedzą sobie grzecznie dane pochodzące z żyjących organizmów! Pojawienie się w genomie nowego grubego błędu w postaci zbędnej wstawki (insercja wirusowa, nowa sekwencja powtórzeniowa itp.) występującej u wielu gatunków możemy potraktować jak pewną binarną cechę (takie nasze A, B, C), zaś wiele cech pozwala na weryfikację tego czy ich rozkład pasuje do jakiejś historii ewolucji gatunków. Oczywiście - ile by różnych danych nie sprawdzano - wciąż owszem pasują i to do tej samej postulowanej przez ewolucjonistów! Szansa by tak się stało "przypadkowo" wobec astronomicznej liczby innych alternatywnych "historii" (i jeszcze większej - rozkładów cech do żadnych historii nie pasujących) jest ... no po prostu zerowa!

Odczyt drzewa filogenetycznego z ortologicznych genów to już procedura standardowa. Sama dziedzina filogenezy molekularnej intensywnie rozwija się (np. próbuje się uzyskać informacje "historyczne" nie tylko z mutacji punktowych, ale również z np. rozległych rearanżacji, rewersji czy przeskoków dłuższych fragmentów chromosomów). Obecnie chętnie stosuje się odczyt historii ewolucji z sekwencji dla organizmów u których zapis śladów kopalnych jest niekompletny lub wręcz go brak. W rzeczywistości (tu nie jeden paleontolog powiesi mnie za pośrednie ziobro ) w dzisiejszych czasach ta rzekoma podstawa darwinizmu (co tak podnieca kreacjonistów) - skamieniałości, odciski ich datowanie ... są już zbędne jeśli chodzi o dowód ewolucji. Same genomy dokumentują jej historię w sposób ewidentny! Inaczej mówiąc: gdybyśmy nigdy nie znaleźli żadnych szczątków dinozaura czy innego małpoluda, już tylko dzięki DNA współczesnych istot wiedzielibyśmy o wspólnym pochodzeniu i genealogii przodków obecnych gatunków. Jedyna strata, to że nie znając szkieletów czy odcisków nie mielibyśmy pojęcia jak pradawne stwory wyglądały.

Geny to jednak nie tylko historia ewolucji ale i po raz pierwszy możliwość obserwowania jej działania "od środka". Dotąd widzieliśmy ewolucję "po owocach": kiedy organizmy na naszych oczach pokoleniami zmieniały się dostosowując do środowiska. Dziś można oglądać jej mechanizm - mutacje i selekcję naturalną "na żywo". Jeśli uda się porównać "długookresowo" DNA populacji oddalonych w czasie od wspólnego korzenia, widać że różne fragmenty genomu zmieniają się z różną szybkością. Odcinki istotne np. kodujące często dużo wolniej niż śmieciowe. Nawet wtrącane w gen introny zmieniają się szybciej niż ważne obszary "tuż obok". Oczywiście nie może to być mechanizm biochemiczny, replikacja DNA kopiuje "jak leci", nie wie czy czyta "coś ważnego", myli się równie często. Rzecz w tym, że mutacja w obszarze ważnym jest zwykle negatywna, selekcja dyskryminuje takiego osobnika zmniejszając szanse na upowszechnienie się mutacji w populacji. "Konserwatywne" zachowanie ważnych odcinków to przejaw presji darwinowskiej widziany na żywo! W ten sposób można szacować które geny w "ostatnich czasach" ewoluowały najszybciej u danego gatunku. Jeden z czadowych przejawów presji darwinowskiej to różnice (czasem nawet kilkukrotne) w liczbie mutacji we fragmencie kodującym (nie śmieciowym!) w zależności od pozycji nukleotydu w kodonie (trójka kolejnych nukleotydów opisująca jeden aminokwas) - środkowe zazwyczaj zmieniają się rzadziej niż trzecie! Replikacja przecież nie może mylić się celowo na co trzeciej literze, ona nawet nie wie jak położona jest ramka odczytu! Sprawę wyjaśnia Darwin: kod genetyczny jest nadmiarowy i zwykle zmiana środkowej litery podmienia aminokwas podczas gdy różnica na pozycji trzeciej to często mutacja "niema". Presja środowiska konserwuje więc literki środkowe kodonu bardziej niż trzecie. Presji darwinowskiej można ufać tak dalece, że badacze genów mając świeżo zsekwencjonowany fragment, w którym "nie wiadomo co napisano" namierzają fragmenty istotne m. in. na podstawie statystycznych różnic między obserwowanym podciągiem a pewnym "równowagowym stanem chaosu" typowym dla kawałków DNA nie poddanych naciskom ewolucyjnym.

To oczywiście jedynie krótki zarys pewnego świadectwa ewolucji. Jest ich wiele, gdyby chcieć je zgłębić, za każdym stoi dorobek specjalistów i tony literatury. Pierwsi pewnie byli paleontolodzy, co dzięki śladom kopalnym, skamieniałościom nakreślili gatunków drzewo rodowe. Gdzie indziej podobnych wniosków doprowadziły analizy porównawcze anatomii żyjących stworzeń. Również podobieństwa rozwoju zarodkowego. Dziś najważniejsze jest, że te niezależne badania wychodząc z całkiem odmiennych danych i przesłanek doszły do wniosków i znalazły potwierdzenia tej samej wspólnej historii życia, kreślą w zasadniczym kształcie jednakową filogenezę. W tej sytuacji trudno wyobrazić sobie fakt naukowy udokumentowany potężniejszymi dowodami niż bioewolucja, a zarazem taki wokół prawdziwości którego istniała by równie powszechna zgoda wśród znawców tematu.