Czy twój post nie jest przypadkiem okrojoną wersją tego z forum Wyborczej?
forum.gaze(*)tml?f=32&w=95675422&a=95675422

A czemu dla nas taki okrojony?

>Czy twój post nie jest przypadkiem okrojoną wersją tego z forum Wyborczej?
>forum.gaze(*)tml?f=32&w=95675422&a=95675422
>A czemu dla nas taki okrojony?
Okrojony,bo nie wiem,czy to,co piszę jest zrozumiałe na tym forum-być może piszę w sposób zbyt zawiły.Temat poruszałem najpierw na forum biolog.pl(tam zamarła dyskusja,ale nie z mojej winy),potem m.in na grupie dyskusyjnej biologia.sci.Niestety poza biolog.pl zagadnienie jest ignorowane,chociaż z poznawczego punktu widzenia-frapujące.Jak czytać inf.genetyczną u bakterii na jej pierwszym poziomie-transkrypcji?Im więcej o tym czytam(jestem laikiem w tej dziedzinie,gdyż z wykształcenia -chemikiem),tym odnoszę wrazenie,że nawet specjaliści (a przynajmniej na forum biolog.pl za takich sie podają)nie potrafią udzielić mi zadowalającej odpowiedzi,choćby na prostych przykładach typowych operonów konstytutywnych.Mam nadzieję,że tutaj znajdę grupę ludzi zainteresowanych biologią molekularną

>Okrojony,bo nie wiem,czy to,co piszę jest zrozumiałe na tym forum-być może piszę w sposób zbyt zawiły.(...)Mam nadzieję,że tutaj znajdę grupę ludzi zainteresowanych biologią molekularną
>
Ja się raczej komórkami ludzkimi i raczej na poziomie białek i wyżej zajmuję Mogę ewentualnie kibicować.

Zobacz:
www.pubmed(*)?tool=pubmed&pubmedid=18375176

Pozdrawiam

>Zobacz:
> www.pubmed(*)?tool=pubmed&pubmedid=18375176
>Pozdrawiam
Dziekuję za link,chociaż osobiście wolę dyskutować z osobami i ich wiedzą niż z linkami.Mam przykre doświadczenia z kreacjonistami-na moje argumenty odpowiadali linkami,które najczęściej nijak się miały do moich argumentów,bądź sami dyskutanci niewiele rozumieli z podawanych artykułów w linkach.
Artykuł jest ciekawy,ale tylko częściowo dot.mojej problematyki-porusza zależność miedzy podjednostką sigma 70 i alternatywnymi,a anty-sigma w wyniku których następuje regulacja transkrypcji w zależności od warunków środowiska.Zresztą artykuł jest ogólny i nie opisuje regulacji inicjacji transkrypcji konkretnych genów (operonów)w zależności od stężenia czynników anty-sigma-ta zależność jest niejasna np co reguluje aktywność anty-sigma(anty-anty-sigma?).
Wiadomo,że aby rozpocząć transkrypcję musi istnieć promotor,czyli specyficzna sekwencja rozpoznawana przez polimerazę .Więcej tutaj:

awe.mol.uj(*)4/genmol/wykl_nowe/Wyklad5.pdf
Dla sigma 70 podstawowego promotora sekwencja jest znana ,ale w wielu operonach takich alternatywnych sekwencji jest więcej,a mimo to enzym wybiera tą właściwa-czym sie kieruje?W wyborze promotora pomocny bywa program Bprom,ale radzi on sobie w miarę dobrze tylko blisko blisko startu transkrypcji,ale dalej wskazuje on również alternatywne promotory,które nie są odczytywane przez polimerazę jako sygnał startu transkrypcji:dlaczego-o to właśnie pytam?Alternatywne podjednostki nie dają jasnej odpowiedzi na to pytanie,ale tylko jeszcze komplikują obraz .
Zachęcam do analiz na konkretnych przykładach,artykuły niech będą tylko pomocą w dyskusji.

>Dla sigma 70 podstawowego promotora sekwencja jest znana ,ale w wielu operonach takich alternatywnych sekwencji jest więcej,a mimo to enzym wybiera tą właściwa-czym sie kieruje?

Niezupełnie sekwencja ta jest znana. Znane są sekwencje konsensusowe, takie jak kasety -10 i -35. Polimeraza wiąże większy od konsensusu region - ok. 75-80 bp. Konsensus oznacza zachowane w ewolucji sekwencje promotora, które wymagane są u większości promotorów danego typu do efektywnej inicjacji transkrypcji. Konsensus nie oznacza jednak, że sekwencje te są takie same wszędzie.
Po kolei, jak odbywa się rozpoznanie i zaczyna inicjacja (w skrócie):

(1) Rdzeń polimerazy (bez podjednostki sigma) posiada właściwość wiązania DNA - intrinsic DNA binding. W komórce bakteryjnej większość polimerazy jest związana z DNA, a niewiele jest wolnej (determinuje to stała równowagi wiązania DNA). Rdzeń nie wiąże się do konkretnej sekwencji, lecz wiąże jakiekolwiek DNA, na którym oczywiście nie ma już związanych innych białek. Wiązanie DNA przez rdzeń ma charakter luźny i nie implikuje inicjacji transkrypcji (kompleks zamknięty). Ponieważ wiązanie DNA przez rdzeń ma charakter równowagowy, polimeraza "skacze" z jednej sekwencji na drugą - inaczej nazywa się to szukaniem lub skanowaniem. Nie występuje natomiast "ślizganie się" enzymu wzdłuż sekwencji.
(2) Do związanego z DNA rdzenia polimerazy wiąże się podjednostka sigma, tworząc holoenzym. Ilość podjednostki sigma w komórce odpowiada 1/3 ilości polimerazy. Na skutek wiązania podjednostki sigma holoenzym ulega zmianom konformacyjnym (zarówno rdzeń, jak i sama sigma). Podj. sigma determinuje specyficzność, poprzez wiązanie się do regionów -10 i -35 w promotorach, tzn. bezpośredni kontakt z DNA. Wiązanie DNA przez holoenzym jest inne niż w wypadku samego rdzenia. Rdzeń wiąże każdą sekwencję luźno. Holoenzym wiąże w sposób sztywny specyficzną sekwencję (zależnie od podj. sigma). Jeżeli sekwencja związana wcześniej przez rdzeń nie jest promotorem, holoenzym szybko dysocjuje, na skutek braku sztywnego dopasowania do DNA. Jeżeli natomiast holoenzym i sekwencja DNA utworzą sztywny kompleks, dojdzie do stopienia podwójnej helisy DNA (kompleks otwarty) i rozpoczęcia inicjacji transkrypcji. Wiązanie rdzenia do DNA ma charakter równowagowy, natomiast wiązanie sigma doprowadza albo do dysocjacji holoenzymu, albo do reakcji "tylko w prawo". Dlatego rozpoznanie jest bardzo szybkie i niezawodne.

Podumowując. Podjednostka sigma determinuje, który ze związanych z DNA rdzeni polimerazy związał się do sekwencji promotorowej. Co jest promotorem nie decyduje sam promotor, lecz zdolność polimerazy do utworzenia z daną sekwencją kompleksu otwartego. Tu nie ma zależności wprost od sekwencji, ale od oddziaływania holoenzym-DNA. To odziaływanie decyduje o wyborze promotora. Dlatego nie można na podstawie sekwencji określić, który z obecnych w danym miejscu sekwencji zawierających konsensus będzie właściwym promotorem. Programy do szukania promotorów opierają się tylko na konsensusie sekwencyjnym, dlatego wskazują też na promotory alternatywne (takie określenie pozwala na wybranie miejsc do zmutowania i ekperymentalnego stwierdzenia, gdzie jest promotor). W komórce polimeraza (wraz z odpowienią podj. sigma) po prostu przetestuje oddziaływanie - jedynie na właściwym promotorze zajdzie reakcja "tylko w prawo".

Powyższy tekst napsałem na podstawie: Lewin Genes VIII (ebook, full edition)

Opisany przeze mnie sposób rozpoznania promotora ma pewne konsekwencje. O transkrypcji decyduje oddziaływanie w praktycznym wymiarze - zajdzie reakcja lub nie zajdzie. Uzależnienie transkrypcji od oddziaływania enzymu z DNA umożliwia wzajemną ewolucję promotorów i podjednostek sigma (mutacje powodować będą osłabienie lub wzmocnienie oddziaływania), a także regulację inicjacji transkrypcji przez elementy cis i trans (osłabianie lub wzmacnianie oddziaływania, blokowanie wiązania do sekwencji np. przez represor laktozowy) oraz ewolucję tej regulacji.

Zastanawia mnie pewna rzecz: Jaki cel mieli kreacjoniści w wyjasnieniu tej kwestii? Pewnie chcieli Cię zapędzić w kozi róg i stwierdzić "aha nauka wszystkiego nie wyjaśnia". Ale to przecież zalepianie luk kreatorem jak plasteliną. A może dopatrzyli się tam "nieredukowalnej złożoności"? Moim zdaniem niepotrzebnie dałeś się zapędzić w wyjaśnianie tej kwestii. Przecież doczepianie się do tego, jak działa polimeraza RNA jest strzałem daleko od celu - nie trafia to ani w ewolucję, ani nie udowadnia ewentualnej kreacji. Przecież nawet gdyby Bóg stworzył wszystko choćby osobno, musiałoby i tak samo później działać.

Pozdrawiam

>Niezupełnie sekwencja ta jest znana. Znane są sekwencje konsensusowe (...)

Mimo, że klikałem i klikałem, to posłałem tylko jednego plusa. No więcej się nie da!

---

jestem jednym z miliardów szczęściarzy pośród bilionów pechowców, któremu udało się zobaczyć świat...

>>Dla sigma 70 podstawowego promotora sekwencja jest znana ,ale w wielu operonach takich alternatywnych sekwencji jest więcej,a mimo to enzym wybiera tą właściwa-czym sie kieruje?
>Niezupełnie sekwencja ta jest znana. Znane są sekwencje konsensusowe, takie jak kasety -10 i -35. Polimeraza wiąże większy od konsensusu region - ok. 75-80 bp. Konsensus oznacza zachowane w ewolucji sekwencje promotora, które wymagane są u większości promotorów danego typu do efektywnej inicjacji transkrypcji. Konsensus nie oznacza jednak, że sekwencje te są takie same wszędzie.
Analiza promotorów E.coli dla podjednostki sigma 70 dawała pozwala ustalić 3 elementy:
1. blok -35 o konsensusie TTGACA
2. blok -10 o konsensusie TATAAT
3. odległość miedzy nimi 16-18 p.z
Więcej w Biochemistry 3107 - Fall 2003 :

www.mun.ca(*)Topics/promoter_bacterial.html

O tym jak istotne sa te elementy w transkrypcji potwierdzają badania,które pokazują wysoką ich zachowawczość :

nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/35/3/771.pdf
Np. w sekwencji -35 ttgaca pierwsze trzy nukleotydy występują z częstotliwością ponad 80%,a w bloku -10 TATAAT drugi i szósty prawie 100 %.
Poszczególne promotory różnią się często pozostałymi nukleotydami,ale to wpływa na ich siłę,czyli w praktyce na częstotliwość inicjacji transkrypcji.Dodatkowym elementem jest sekwencja UP wzmacniająca transkrypcję.
Problem jaki ja tu widzę jest taki:skoro istnieje rdzeń promotora rozpoznawany przez RNAP i kluczowy dla transkrypcji,to czym sie kieruje ten enzym wybierając ''własciwy"promotor.Gdyby kierował sie tylko siła promotora ,to niepotrzebnie by inicjował geny slabe,i na odwrót.Wciąż pozostaje otwarte pytanie:
-o zrodlo koniecznej i wystarczajacej inf. do inicjacji transkrypcji;
- naturę integracji tego procesu
Chciałbym,abysmy sobie najpierw to ustalili,aby potem rozważac dalej ten proces np.rolę sekwencji UP,białek aktywatorowych.Z tego widać ,że sekwencja jest konieczna,ale wybór odpowiedniej (selekcja )pozostaje zagadkowy.
pozdrawiam

>Analiza promotorów E.coli dla podjednostki sigma 70 dawała pozwala ustalić 3 elementy:
>1. blok -35 o konsensusie TTGACA
>2. blok -10 o konsensusie TATAAT
>3. odległość miedzy nimi 16-18 p.z

Blok -35 nie jest wymagany. Przy jego braku występuje rozszerzenie bloku -10. Najbardziej zachowany ewolucyjnie blok to: -10. Gdybyś dokładnie przeczytał podawane przez Ciebie źródło, to byś wiedział. Przeczytaj jeszcze raz:
nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/35/3/771.pdf

Cytat:(Ryan K. Shultzaberger, Zehua Chen, Karen A. Lewis and Thomas D. Schneider Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 3 771-788)

Cytat:(Ryan K. Shultzaberger, Zehua Chen, Karen A. Lewis and Thomas D. Schneider Nucleic Acids Research, 2007, Vol. 35, No. 3 771-788)

>Problem jaki ja tu widzę jest taki:skoro istnieje rdzeń promotora rozpoznawany przez RNAP i kluczowy dla transkrypcji

To nie jest żaden rdzeń promotora.

>to czym sie kieruje ten enzym wybierając ''własciwy"promotor.

Już napisałem w poprzednim poście. Przecztaj całość uważnie, a nie tylko pierwszy akapit.

>Gdyby kierował sie tylko siła promotora, to niepotrzebnie by inicjował geny slabe,i na odwrót.

Gen nie jest słaby lub silny sam z siebie. Silny lub słaby jest promotor. Siła promotora jest efektem oddziaływania polimerazy RNA z promotorem (+ oddziaływanie z regulatorami).

Dokonujesz tu jakiejś bezsensownej antropomorfizacji polimerazy RNA, która "musi odpowiednie promotory rozpoznać", "dokonuje wyboru". Rozpoznanie promotora jest efektem, a nie celem.

>Z tego widać ,że sekwencja jest konieczna,ale wybór odpowiedniej (selekcja )pozostaje zagadkowy.

Sekwencja nie jest konieczna. Konieczne jest oddziaływanie.

>Chciałbym,abysmy sobie najpierw to ustalili,aby potem rozważac dalej ten proces np.rolę sekwencji UP,białek aktywatorowych.

Najpierw, Szanowny Kolego, przeczytaj dokładnie mój poprzedni post. Następnie dokładnie przeczytaj artykuły przez Ciebie podane (zwłaszcza: Shultzaberger i in.).

Jeśli dalej interesuje Cię dyskusja, to podaj swój rzeczywisty cel. Inaczej nie będę jej kontynuował. Stwierdzenie, że "to jest ciekawe, frapujące" nie wystarczy. Wybacz, ale wątpię, abyś (tak jak twierdzisz) potrzebował tych informacji do walki z kreacjonistami. Z twoich wypowiedzi raczej wychodzi, że to Ty jesteś kreacjonistą

Pozdrawiam

>Blok -35 nie jest wymagany.

Dla większości promotorów sigma 70 jest wymagany,choć nie musi być idealny.Kluczowe znaczenie mają pierwsze 3 zasady.Mutacje w bloku -35 ograniczają wiązanie polimerazy z promotorem,,czyli wpływają negatywnie na tworzenie kompleksu zamkniętego.Potwierdzają to również eksperymenty genetyczne i biochemiczne.Żadna zasada nie jest absolutnie konieczna,raczej określone zasady są wykluczane z danego miejsca.(Biologia molekularna bakterii str 315).
O tym,że taki blok jest ważny dla większości promotorów świadczy konserwatyzm jego sekwencji T(82%)T(84%)G(78%)A(65%)C(54%)A(45%).

>Przy jego braku występuje rozszerzenie bloku -10.

To prawda,ale z reguły zamiast sekwencji kanonicznej w bloku -35 lub przed nim, występuje aktywator w postaci czynnika transkrypcyjnego(TF)i on pełni zastępczo taką rolę.O tym poziomie regulacji nie chciałbym na razie pisać,gdyż jest bardziej złożony.Wole skoncentrować sie na setkach promotorów,które obywają sie bez TF-należy moim zdaniem wyjaśnić prostsze przypadki,aby potem analizować trudniejsze i mniej liczne.Zauważ ,że w podanym przez Ciebie cytacie z Nucleic Acids Research zaledwie 84 promotory nie mają bloku -35 tzn nie jest on konieczny do inicjacji transkrypcji.Warto pamiętać,że E.cola dysponuje 1762 promotorami ,a potencjalnych ma aż 4010.

regulondb.(*)ml/Latest_database_summary.jsp
Z tego względu te przypadki promotorów bez bloku -35 stanowią zdecydowana mniejszość i nie można ich chyba uznawać za reprezentatywne dla całego genomu,choć ciekawe .

>>Problem jaki ja tu widzę jest taki:skoro istnieje rdzeń promotora rozpoznawany przez RNAP i kluczowy dla transkrypcji
>To nie jest żaden rdzeń promotora.
Pisząc o rdzeniu promotora miałem na myśli sekwencje kanoniczną i jego długość,również miedzy blokami -35 i -10.

>>to czym sie kieruje ten enzym wybierając ''własciwy"promotor.
>Już napisałem w poprzednim poście. Przecztaj całość uważnie, a nie tylko pierwszy akapit.

Napisałeś m.in.:
>Podj. sigma determinuje specyficzność, poprzez wiązanie się do regionów -10 i -35 w promotorach, tzn. bezpośredni kontakt z DNA. Wiązanie DNA przez holoenzym jest inne niż w wypadku samego rdzenia. Rdzeń wiąże każdą sekwencję luźno. Holoenzym wiąże w sposób sztywny specyficzną sekwencję (zależnie od podj. sigma).

Problem polega na tym,że promotor nie jest na tyle specyficzny ,aby jednoznacznie determinował transkrypcję .Dane miejsce, z którego nastepuje rzeczywista transkrypcje jest czesto tylko jednym z kilku potencjalnych obszarów inicjacji transkrypcji.Tamte obszary są nieaktywne transkrypcyjnie,mimo ,że zarówno sekwencja jak i odległość miedzy blokami powinna je teoretycznie faworyzowac(często są one nawet bardziej kanoniczne),jak potwierdzają analizy za pomocą programu np.Bprom
linux1.softberry.c...subgroup=gfindb .

Za przykład,jeden z wielu, niech posłuzy operon rfaQp1.:
biocyc.org/ECOLI/N...object=TU0-7161
Program idealnie przewiduje promotor dając wynik:
Promotor rzeczywisty: LDF- 4.60 -10 box at pos. 46 TGATACACT Score 56 -35 box at pos. 31 TTGCTG Score 47 (analizowałem 200pz od poczatku genu).
zgodny z rzeczywistym promotorem,z ktorego nastepuje start transkrypcji.Wielkość LDL(tutaj 4,60)opisuje zwiazek miedzy blokami -35 i -10 a dlugoscia miedzy nimi.Im wiekszy LDL tym silniejszy ,a scislej wieksze prawdopodobienstwo startu transkrypcji w tym miejscu.Z ciekawości sprawdziłem cały operon-zarowno nic kodujacą ,jak i komplementarną.Wynik okazał się zaskakujacy.Okazało się ,że w operonie są w sumie aż 24 potencjalne promotory o porownywalnym LDL jak rzeczywisty ,z czego kilkanascie wyraznie silniejszych
>Gen nie jest słaby lub silny sam z siebie. Silny lub słaby jest promotor. Siła promotora jest efektem oddziaływania polimerazy RNA z promotorem (+ oddziaływanie z regulatorami).

Pełna zgoda,ale pominmy na razie promotory "wspierane"TF.

>>Sekwencja nie jest konieczna. Konieczne jest oddziaływanie.
Troszkę chyba sobie zaprzeczasz,gdyż piszesz ,że blok -10 jest konieczny.Skoro sekwencja wplywa na wiązanie ,to logiczne wydaje mi się rozumowanie(sekwencja=oddziaływanie),tzn odpowiedzialna jest za oddzialywanie podjednostka sigma,bo inaczej skąd by pochodziła informacja konieczna do rozpoznania promotora i inicjacji transkrypcji.Potwierdzają to również mutacje w podjednostce sigma 70 np.subdomena 2.4 odpowiada za wiązanie z blokiem -10,a subdomena 4.2 z blokiem -35.Jasne ,że w regulacji samej transkrypcji biora czesto udział liczne czynniki np. TF, sRNA,cAMP,aminokwasy,itd.m,ale to juz jest dalszy etap regulacji ekspresji genu.Moim skromnym zadaniem jest wyjasnić czynniki konieczne do ekspresji na poziomie podstawowym promotorów konstytutywnych. Interesuje mnie w jaki sposób i za pomocą jakich mechanizmów nastepuje rekrutacja polimerazy do rzeczywistego promotora.To,że sama sekwencja nie wystarcza,to chyba juz ustalilismy,a więc skąd informacja konieczna do wyboru realnego promotora,spośród wielu.Skoro w operonie jest P1,P2,P3,Pn promotorów enzym musi mieć inf. nadrzedną(epigenetyczna?)do selekcji tego konkretnego-pytam o jej zródlo.
Piszesz:
>Ponieważ wiązanie DNA przez rdzeń ma charakter równowagowy, polimeraza "skacze" z jednej sekwencji na drugą - inaczej nazywa się to szukaniem lub skanowaniem. Nie występuje natomiast "ślizganie się" enzymu wzdłuż sekwencji.

Z tego co podaje "Biologia....'str315 model odnajdywania promotora polega na tym,że enzym ślizga sie po DNA aż napotka sekwencję promotorową .Nic tu nie ma o skakaniu z sekwencji jednej na drugą.

Moim celem jest poznanie prawdy.Tych inf. nie potrzebuje do walki z kreacjonistami-juz dałem sobie z tym spokój.Nie wiem na podstawie czego twierdzisz,że jestem kreacjonistą,chyba,że kazdy poszukiwacz prawdy naukowej nim jest.

>O tym,że taki blok jest ważny dla większości promotorów świadczy konserwatyzm jego sekwencji T(82%)T(84%)G(78%)A(65%)C(54%)A(45%).

Zachowawczość bloku (kasety) -35, podobnie jak bloku -10, jest określona przez statystykę. Jeżeli nukleotyd T występuje u 82% aktywnych promotorów, to znaczy, że u 18% nukleotydu tego nie ma, ale promotor nadal działa. Nie wiem, czego Ty chcesz przez to się dowiedzieć.

>>Przy jego braku występuje rozszerzenie bloku -10.
>To prawda,ale z reguły zamiast sekwencji kanonicznej w bloku -35 lub przed nim, występuje aktywator w postaci czynnika transkrypcyjnego(TF)i on pełni zastępczo taką rolę.

Nie jest to prawda. Prosiłem Cię, żebyś przeczytał dokładnie podane przez Ciebie źródła. Tam jest to bardzo jasno napisane. Ja nie mam zamiaru znowu wklejać czegoś, co Ty z łaski swojej pominąłeś.

>Zauważ ,że w podanym przez Ciebie cytacie z Nucleic Acids Research zaledwie 84 promotory nie mają bloku -35 tzn nie jest on konieczny do inicjacji transkrypcji.

Kolego, jeżeli tak jak mówisz:
>Interesuje mnie w jaki sposób i za pomocą jakich mechanizmów nastepuje rekrutacja polimerazy do rzeczywistego promotora.
to powinna interesować Cię analiza wszystkich promotorów, a nie większości. Wyjątki nie potwierdzają reguły.

>Z tego względu te przypadki promotorów bez bloku -35 stanowią zdecydowana mniejszość i nie można ich chyba uznawać za reprezentatywne dla całego genomu,choć ciekawe .

Popełniasz błąd. Promotory bez -35 są ewolucyjnie starsze. Znów odsyłam Cię do podawanych przez Ciebie artykułów. Tam jest to napisane.

>Problem polega na tym,że promotor nie jest na tyle specyficzny ,aby jednoznacznie determinował transkrypcję.

Sam sobie to wymyśliłeś. Sam więc masz problem i zagadkę.

>Dane miejsce, z którego nastepuje rzeczywista transkrypcje jest czesto tylko jednym z kilku potencjalnych obszarów inicjacji transkrypcji.Tamte obszary są nieaktywne transkrypcyjnie,mimo ,że zarówno sekwencja jak i odległość miedzy blokami powinna je teoretycznie faworyzowac(często są one nawet bardziej kanoniczne),jak potwierdzają analizy za pomocą programu np.Bprom

Napisałem już wcześniej, dlaczego sama analiza sekwencyjna nie da rady. Pomijasz to celowo, czy jak? Zresztą, w jednym z podanych przez Ciebie atykułów też jest to napisane.

>Okazało się ,że w operonie są w sumie aż 24 potencjalne promotory o porownywalnym LDL jak rzeczywisty ,z czego kilkanascie wyraznie silniejszych

Bo jest to przewidywanie, oparte tylko na analizie sekwencyjnej.

>Troszkę chyba sobie zaprzeczasz,gdyż piszesz ,że blok -10 jest konieczny.

Nie zaprzeczyłem sobie w żadnym wypadku. Podałem przykład. Zresztą jak sam mogłęś przeczytać później, blok -10 nie jest konieczny.

>Skoro sekwencja wplywa na wiązanie ,to logiczne wydaje mi się rozumowanie(sekwencja=oddziaływanie)

Nie jest to logiczne. Jest to nadinterpretacja z twojej strony.

>tzn odpowiedzialna jest za oddzialywanie podjednostka sigma,bo inaczej skąd by pochodziła informacja konieczna do rozpoznania promotora i inicjacji transkrypcji.

Za oddziaływanie z promotorem odpowiedzialny jest holoenzym, a nie sama podjednostka sigma.

>Moim skromnym zadaniem jest wyjasnić czynniki konieczne do ekspresji na poziomie podstawowym promotorów konstytutywnych.

> To,że sama sekwencja nie wystarcza,to chyba juz ustalilismy,a więc skąd informacja konieczna do wyboru realnego promotora,spośród wielu.Skoro w operonie jest P1,P2,P3,Pn promotorów enzym musi mieć inf. nadrzedną(epigenetyczna?)do selekcji tego konkretnego-pytam o jej zródlo.

Nie, nie jest to informacja epigenetyczna. Informacja jest "zaklęta" w oddziaływaniu z całym promotorem. Źródłem jest natura oddziaływania, którego szczegóły trudno przewidzieć na podstawie sekwencji.

>Z tego co podaje "Biologia....'str315 model odnajdywania promotora polega na tym,że enzym ślizga sie po DNA aż napotka sekwencję promotorową .Nic tu nie ma o skakaniu z sekwencji jednej na drugą.

Model "ślizgania się" po nici DNA już jest dawno nieaktualny.

Jeśli jako wyrocznię uznajesz tę książkę, to już nic na to nie poradzę. Ja specjalnie sięgnąłem do bardziej wiarygodnych źródeł, z większą ilością szczegółów i odnośników. Polecam: Lewin Genes VIII (lub Genes IX).

>Moim celem jest poznanie prawdy.

Z ograniczeniami, jakie sam na siebie narzucasz, będzie Ci raczej trudno.

>Nie wiem na podstawie czego twierdzisz,że jestem kreacjonistą,chyba,że kazdy poszukiwacz prawdy naukowej nim jest.

Bo stosujesz założenia i cele w kreacjonistycznym stylu. Zresztą, nie tylko ja to zauważyłem. Przeglądałem inne fora, gdzie pytasz o to samo.

Napisałeś wcześniej, że jesteś laikiem w tej dziedzinie. A jednak stawiasz dokonane przez Ciebie założenia i hipotezy wyżej nad wyjaśnieniami innych. Być może prawda Cię interesuje, ale do prawdy nie można dojść przez pomijanie wielu rzeczy, zwłaszcza w źródłach, które sam przytaczasz.
Jeśli jedynie poznanie prawdy Cię interesuje, to sam do niej dojdziesz. Ja napisałem, że dla mnie takie wyjaśnienie nie wystarczy. Dlatego jest to mój ostatni post w tej dyskusji. Dalej już nie będę w niej uczestniczył.

Życzę powodzenia!