Polskie Stowarzyszenie Racjonalistów zostało utworzone na bazie sympatyków portalu racjonalista.pl. Tym niemniej pojawiają się czasem w PSR głosy krytyczne wobec współpracy między PSR a "Racjonalistą", głównie na polu ujęcia spraw bliskowschodnich na łamach " Racjonalisty". Te głosy, choć nieliczne, bywają niekiedy bardzo donośne.