Przez całe wieki Kościół katolicki, paneuropejska instytucja aspirująca do panowania nad światem, główna duchowa, moralna i nauczająca instancja cywilizacji europejskiej, była ostoją antysemityzmu, który stanowił integralną część jej doktryny, teologii i liturgii. Uzasadnienie zawarte było w Piśmie Świętym: to przecież Żydzi, słudzy diabła, zamordowali Chrystusa.

Chrześcijański antyjudaizm stał się podstawą dla rasistowskiego, ludobójczego antysemityzmu, nadał bowiem nie tylko judaizmowi, ale i samym Żydom piętno hańby i potępienia. Tak się tragicznie złożyło, że teorie nazistów znalazły żyzną glebę, z której wyrosła bezprecedensowa próba ludobójstwa.

Pierwsze oskarżenie Żydów o bogobójstwo - spowodowanie śmierci Chrystusa - zostało wyrażone przez Melito, biskupa Sardes w 167 roku. Legalizacja chrześcijaństwa przez cesarza Konstantyna (edykt mediolański w 313) i ustanowienie go religią państwową przez cesarza Teodozjusza (edykt tesaloński w 380) spowodowało, że stosunek chrześcijan do judaizmu stopniowo stawał się stosunkiem państwa do Żydów. Cesarz Konstantyn zakazał m.in. konwersji chrześcijan na judaizm. Położenie Żydów pogarszały antyżydowskie pisma i homilie autorstwa nauczycieli Kościoła z IV w. (m.in. świętych Hieronima, Grzegorza z Nysy, Hilarego z Poitiers, Jana Chryzostoma).

Kodeks Teodozjusza z 439 określał upośledzony pod względem prawnym status Żydów, potwierdzony później przez kodeks Justyniana (Servitus Judaeorum). Sankcjonował szykany, np. zamykanie synagog, odbierał znaczenie zeznaniom Żydów w sporach z chrześcijanami, ale też gwarantował prawa do odrębności religijnej, autonomię sądowniczą oraz prerogatywy obywatelskie.

W Syrii w 415 w wyniku oskarżeń o mord rytualny fala rozruchów doprowadziła do spalenia lub konfiskaty wielu synagog, konfiskaty majątków Żydów oraz przymusowej konwersji na chrześcijaństwo pod groźbą wypędzenia. Kulminacja prześladowań na Wschodzie nastąpiła za panowania cesarza Herakliusza. Antyżydowskie prawa wprowadzono także w państwach zachodniochrześcijańskich VI i VII wieku. Synody w Orleanie, Elvirze, Toledo (681, 694, 697) ustanawiały szereg restrykcji, dotyczących relacji żydowsko-chrześcijańskich, zalecały również przymusową konwersję oraz odbieranie Żydom dzieci i wychowywanie ich jako chrześcijan. Często prześladowania występowały w wyniku tzw. dysput, w których brali udział duchowni chrześcijańscy oraz zmuszeni do tego rabini. Po dyspucie w 1239 papież Grzegorz IX nakazał spalić księgę Talmudu. Efektem i symbolem uprzedzeń były przepisy ściśle separujące Żydów i chrześcijan oraz nakazujące Żydom noszenie odmiennych strojów lub oznaczeń, np. żółtych łat na strojach, spiczastych czapek etc. Nakaz noszenia wyróżniających ubiorów wprowadził w chrześcijaństwie zachodnim Sobór laterański IV w 1215. Żydom często zezwalano mieszkać tylko w wybranej dzielnicy miasta (getto - od nazwy dzielnicy w Wenecji); niektórym miastom wydawano przywileje o nietolerowaniu Żydów. Zakazywano im także kupowania ziemi i wyznaczano profesje, jakimi mogli się zajmować. Żydzi byli często wynajmowani jako poborcy podatków i pośrednicy między dziedzicem a ludnością wiejską, egzekwującymi powinności feudalne. Takie zajęcia sprzyjały budowie stereotypowego, zdemonizowanego obrazu Żyda w świadomości i kulturze ludowej.
W 1434 sobór w Bazylei zakazał chrześcijanom jakichkolwiek regularnych kontaktów z Żydami, nie wolno im było leczyć się u żydowskich lekarzy, korzystać z żydowskiej służby i mieszkania w tych samych domach. Żydom zabroniono wznoszenia nowych synagog, zmiany miejsca pobytu bez zezwolenia, sprawowania funkcji publicznych i pożyczania na procent.